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- PDB-6qp7: Drosophila Semaphorin 2a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qp7
タイトルDrosophila Semaphorin 2a
要素Semaphorin-2A
キーワードSIGNALING PROTEIN / axon guidance cue / developmental protein / cell signalling / semaphorin / signalling protein
機能・相同性
機能・相同性情報


flight behavior / olfactory bulb axon guidance / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / CRMPs in Sema3A signaling / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / synaptic target inhibition / dendrite guidance / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / Other semaphorin interactions / semaphorin receptor binding ...flight behavior / olfactory bulb axon guidance / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / CRMPs in Sema3A signaling / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / synaptic target inhibition / dendrite guidance / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / Other semaphorin interactions / semaphorin receptor binding / visual behavior / sensory neuron axon guidance / drinking behavior / chemorepellent activity / negative chemotaxis / adult behavior / semaphorin-plexin signaling pathway / endomembrane system / axon guidance / positive regulation of cell migration / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Semaphorin / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...Semaphorin / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Robinson, R.A. / Rozbesky, D. / Harlos, K. / Siebold, C. / Jones, E.Y.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Cancer Research UKC375/A17721 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/M000141/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Diversity of oligomerization in Drosophila semaphorins suggests a mechanism of functional fine-tuning.
著者: Rozbesky, D. / Robinson, R.A. / Jain, V. / Renner, M. / Malinauskas, T. / Harlos, K. / Siebold, C. / Jones, E.Y.
履歴
登録2019年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Semaphorin-2A
B: Semaphorin-2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,49935
ポリマ－150,7362
非ポリマー8,76433
水14,286793
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, analytical ultracentrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18610 Å2
ΔGint147 kcal/mol
Surface area53290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.804, 109.977, 134.793
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Semaphorin-2A / Semaphorin-II / Sema II


分子量: 75367.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Sema2a, Sema-2a, CG4700 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S-GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q24323

-
糖 , 6種, 11分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1_g2-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 815分子

#8: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 793 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.51 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5) and 20% (w/v) PEG 5000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→57.464 Å / Num. obs: 110704 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 14.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Net I/σ(I): 11.51
反射 シェル解像度: 1.96→1.9823 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3386: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OLZ

1olz


解像度: 1.96→57.464 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2178 5611 5.07 %
Rwork0.1829 --
obs0.1847 110627 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→57.464 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10004 0 576 793 11373
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310789
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61314587
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5156508
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461673
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031828
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.96-1.98230.37911730.34733383X-RAY DIFFRACTION97
1.9823-2.00560.34061840.30253423X-RAY DIFFRACTION99
2.0056-2.03010.34272040.30313431X-RAY DIFFRACTION100
2.0301-2.05580.30131840.27183425X-RAY DIFFRACTION99
2.0558-2.08280.28142170.25663427X-RAY DIFFRACTION99
2.0828-2.11130.28982120.24063451X-RAY DIFFRACTION100
2.1113-2.14150.28541690.23753459X-RAY DIFFRACTION100
2.1415-2.17350.28551840.22883520X-RAY DIFFRACTION99
2.1735-2.20740.2411850.22133457X-RAY DIFFRACTION99
2.2074-2.24360.28421680.2163461X-RAY DIFFRACTION100
2.2436-2.28230.24732000.21983465X-RAY DIFFRACTION100
2.2823-2.32380.27371830.20653494X-RAY DIFFRACTION100
2.3238-2.36850.24291950.21133463X-RAY DIFFRACTION100
2.3685-2.41690.27991970.2113464X-RAY DIFFRACTION100
2.4169-2.46940.25791830.19963508X-RAY DIFFRACTION100
2.4694-2.52690.2541930.20583470X-RAY DIFFRACTION100
2.5269-2.59010.22031740.1953486X-RAY DIFFRACTION100
2.5901-2.66010.23381690.18863532X-RAY DIFFRACTION100
2.6601-2.73840.24121730.1863517X-RAY DIFFRACTION100
2.7384-2.82670.2171750.18413498X-RAY DIFFRACTION100
2.8267-2.92780.20181970.18293500X-RAY DIFFRACTION100
2.9278-3.0450.22821930.18063514X-RAY DIFFRACTION100
3.045-3.18360.21981810.17663522X-RAY DIFFRACTION100
3.1836-3.35140.18641990.16593545X-RAY DIFFRACTION100
3.3514-3.56130.20571690.15863553X-RAY DIFFRACTION100
3.5613-3.83630.19931760.15463541X-RAY DIFFRACTION100
3.8363-4.22220.17212030.14553563X-RAY DIFFRACTION100
4.2222-4.83290.1411770.13443589X-RAY DIFFRACTION100
4.8329-6.08790.18632010.16083613X-RAY DIFFRACTION100
6.0879-57.48910.21481930.18773742X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.0994-0.6829-4.17070.42530.80492.5651-1.15160.8917-0.3347-0.61060.55440.12320.5111-0.50690.58871.2105-0.1777-0.07670.94030.11930.8551-0.7296-9.8452-31.5253
20.940.0495-0.10660.65140.12821.0825-0.0103-0.0601-0.09510.00570.03390.01670.0026-0.0633-0.01940.15430.0135-0.00940.1690.03650.1939-16.3418-24.54360.352
36.29352.4989-0.94668.53111.03468.1938-0.260.58630.0721-0.32730.21280.08670.07080.07680.06540.15540.0020.00010.24250.05780.230310.6935-17.2874-23.3056
43.1192-0.7651-0.16016.3353-3.46816.36080.19160.02310.39590.0855-0.0657-0.1051-0.35570.0735-0.16830.38490.0177-0.00190.20870.04770.361110.50653.9147-32.528
53.57134.70363.79996.23445.03134.05680.6377-0.97380.1820.7982-0.3476-0.51170.26530.15-0.28750.7678-0.04730.06520.9284-0.00560.53951.023525.2939-21.1239
60.91990.3191-0.24231.07290.07382.59720.0394-0.08210.1219-0.08080.0204-0.0504-0.5120.3119-0.02830.2722-0.06970.04310.2449-0.03820.2264-6.328324.203815.0988
73.7051.81721.11327.29340.23196.6735-0.16090.3240.2391-0.03420.1968-0.0174-1.0368-0.269-0.06870.44830.05950.05880.30510.03290.254-13.333231.3922-19.8491
83.5095-0.84930.17386.99941.26394.7730.06970.6221-0.4767-0.2971-0.09470.3010.3113-0.11780.04220.3106-0.03680.04960.4462-0.05910.3324-9.725113.7821-35.2614
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resseq 31:41)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resseq 58:524 or resseq 1000:1001 or resseq 2000 or resseq 3000:3008 or resseq 4000:4008)
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resseq 525:570 or resseq 5000)
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resseq 571:662)
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and (resseq 32:41)
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and (resseq 56:524 or resseq 1000 or resseq 2000:2008 or resseq 3000:3002 or resseq 4000 or resseq 5000:5008)
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and (resseq 525:570 or resseq 6000:6001)
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and (resseq 571:663)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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