PDB-6qo7: Crystal structure of ribonucleotide reductase NrdF from Bacillus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qo7

タイトル

Crystal structure of ribonucleotide reductase NrdF from Bacillus anthracis aerobically soaked with ferrous ions (photo-reduced)

要素

Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Metal binding / Oxidation reduction process / 2'-Deoxyribonucleotide metabolism / DNA replication

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis str. Sterne (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.628 Å

データ登録者

Grave, K. / Hogbom, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2019
タイトル: Redox-induced structural changes in the di-iron and di-manganese forms of Bacillus anthracis ribonucleotide reductase subunit NrdF suggest a mechanism for gating of radical access.
著者: Grave, K. / Lambert, W. / Berggren, G. / Griese, J.J. / Bennett, M.D. / Logan, D.T. / Hogbom, M.

履歴

登録	2019年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年10月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qo7.cif.gz	351.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qo7.ent.gz	294.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6qo7_validation.pdf.gz	429.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qo7_full_validation.pdf.gz	431 KB	表示
XML形式データ	6qo7_validation.xml.gz	24.2 KB	表示
CIF形式データ	6qo7_validation.cif.gz	35.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qo7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qo7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6qo5C 6qo8C 6qo9C 6qobC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qo5-d 4bmr-d 6qo8-d 6tqw-d 6tqv-d 3gye-d 3w76-d 4bmt-d 4ef9-d 6ebo-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
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ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
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光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
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ロドプシン (Rhodopsin)
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#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

B: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

ヘテロ分子

74.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.293, 59.958, 95.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.11, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta 分子量: 37055.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. Sterne (炭疽菌) 遺伝子: nrdF, GBAA_1372 / Variant: pXO1-/pXO2- deficient / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 参照: UniProt: Q81TB4, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.77 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.8 - 2.0 M ammonium sulphate, 0.1 M Bis-Tris methane, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.628→41.819 Å / Num. obs: 77191 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 19.44 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 1.628→1.69 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.628 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 7581 / CC_1/2: 0.778 / R_pim(I) all: 0.366 / R_rim(I) all: 0.729 / % possible all: 98.35

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.628→41.819 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.7

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1916	3860	5 %	Random selection
R_work	0.1589	-	-	-
obs	0.1605	77191	99.62 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.628→41.819 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4698	0	5	317	5020

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	4850
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.185	6567
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.262	1792
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	730
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	838

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6281-1.6479	0.3414	129	0.2921	2464	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6479-1.6688	0.2685	139	0.2798	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6688-1.6907	0.3004	136	0.2581	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6907-1.7139	0.2779	138	0.2495	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7139-1.7384	0.2558	138	0.2353	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7384-1.7643	0.2275	138	0.2277	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7643-1.7919	0.2433	137	0.2154	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7919-1.8213	0.2516	138	0.214	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8213-1.8527	0.2163	136	0.1968	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8527-1.8864	0.2124	138	0.1866	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8864-1.9227	0.2125	138	0.1918	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9227-1.9619	0.1984	137	0.1785	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9619-2.0046	0.1981	137	0.1653	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0046-2.0512	0.1835	140	0.1655	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0512-2.1025	0.1698	135	0.1571	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1025-2.1593	0.2124	139	0.1473	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1593-2.2229	0.1701	140	0.1431	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2229-2.2946	0.1978	137	0.1412	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2946-2.3766	0.167	137	0.1355	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3766-2.4718	0.1574	138	0.1387	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4718-2.5843	0.1869	139	0.1459	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5843-2.7205	0.2057	139	0.1475	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7205-2.8909	0.2055	139	0.1575	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8909-3.114	0.1952	137	0.1542	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
3.114-3.4273	0.1843	139	0.145	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4273-3.9229	0.1513	140	0.1212	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9229-4.9412	0.1532	140	0.1192	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9412-10	0.2071	142	0.1843	2681	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2032	-0.1308	-1.9833	1.4837	-1.2253	4.0806	0.2728	-0.5174	-0.1723	0.2659	-0.2827	-0.4827	-0.0932	0.7616	-0.0006	0.2046	0.01	-0.0712	0.337	-0.0102	0.2432	75.752	-0.2051	37.2486
2	0.5157	-0.4756	0.5962	0.579	-0.8148	5.5044	-0.0252	0.0645	0.1699	-0.0475	-0.0212	-0.0483	-0.5771	-0.303	0.0494	0.234	0.0026	-0.0011	0.181	0.0105	0.2197	68.6154	12.8512	10.9005
3	1.0885	0.0764	-0.6218	3.1314	-3.4757	6.5026	0.0756	0.1952	0.0651	-0.4159	-0.0692	0.0914	0.2371	-0.0684	0.0079	0.1851	0.0298	-0.0211	0.1904	0.0113	0.1688	67.5685	1.2131	0.1509
4	1.0611	-0.2689	0.2535	1.2516	-0.437	1.9785	0.0552	0.141	-0.0017	-0.1665	0.0067	0.0381	0.048	-0.0574	-0.0843	0.1415	-0.0017	-0.0048	0.1924	-0.0019	0.1626	65.0165	-0.1395	11.3792
5	1.9793	-0.4994	0.6673	2.1059	-1.8973	2.2086	0.0995	0.2036	-0.2132	-0.2847	-0.1012	0.0007	0.6321	-0.2448	0.0199	0.1757	-0.0002	-0.0033	0.1481	-0.03	0.1874	71.5593	-13.6649	9.1677
6	2.9186	0.5269	-0.252	1.8734	-0.4276	1.6843	-0.0196	-0.2349	-0.1752	0.08	0.0284	0.0252	0.0786	0.066	-0.0059	0.1286	0.0265	0.0108	0.1435	0.0081	0.1731	77.1552	-12.5544	19.6125
7	0.9828	-0.6311	0.2903	1.6096	-0.9518	2.1698	-0.0061	0.0585	0.1063	-0.0717	0.0139	-0.0511	-0.1876	-0.0085	-0.0188	0.1319	-0.0149	0.0182	0.1312	0.004	0.1469	77.6641	3.8826	10.4146
8	2.5274	-1.9803	2.6944	3.1294	-3.151	6.2348	0.1324	0.0745	-0.1625	-0.2819	-0.0228	-0.0244	0.1596	0.1301	-0.1286	0.1743	0.0152	0.0412	0.1501	-0.0152	0.1748	82.4701	-10.9809	4.6393
9	2.1288	-1.282	1.7792	2.3883	-2.6847	7.7337	0.1391	0.285	0.1958	-0.2516	-0.2496	-0.2095	-0.0847	0.4259	0.0945	0.1658	0.0093	0.0428	0.1759	0.0248	0.1839	85.4321	0.1276	2.9072
10	1.0415	-2.2479	1.6888	4.8942	-3.715	2.8437	-0.0883	0.1359	0.2559	0.3323	-0.0936	-0.2049	-0.3638	0.3327	0.1875	0.2284	-0.052	0.0301	0.2111	0.0516	0.2802	86.593	6.7578	6.103
11	2.601	0.3333	-1.7183	1.7015	0.6206	3.5887	0.1565	0.4886	-0.2558	-0.2075	-0.1317	0.1735	-0.0235	-0.5412	-0.0396	0.177	0.0065	-0.0575	0.3205	-0.0045	0.2138	53.9058	-1.0791	7.943
12	0.5068	0.4129	0.749	0.577	1.7624	6.9645	-0.0551	-0.0455	0.1236	-0.0858	0.0496	0.0629	-0.5738	0.299	0.0309	0.2164	0.002	-0.0186	0.1765	-0.0183	0.2183	60.0068	12.9336	34.2127
13	1.3227	-0.4682	-0.5742	3.0911	3.0674	5.6059	0.0115	-0.1972	0.0929	0.4454	0.1538	-0.1398	0.3316	0.1698	-0.1435	0.1914	0.0075	-0.0146	0.1664	-0.0214	0.1564	61.8922	1.7543	45.2349
14	4.274	-1.9481	0.0923	4.8313	-2.0792	1.2428	0.0722	-0.0171	-0.251	-0.124	0.0834	0.2522	0.219	-0.0929	-0.1748	0.1296	-0.0245	-0.0255	0.1642	-0.0036	0.1917	59.3108	-9.2477	20.9792
15	1.5016	0.5468	1.7671	1.4007	1.6203	5.7166	-0.0269	-0.0507	0.0931	0.0341	0.0544	0.0069	0.0077	0.1068	-0.0313	0.1202	0.0012	0.0033	0.168	-0.0126	0.1605	63.0156	4.4054	30.4962
16	3.2744	2.7076	0.3907	8.2999	1.469	3.3371	0.2009	-0.4157	-0.0674	0.8597	-0.1938	-0.589	0.3882	0.4123	0.0187	0.3289	0.0585	-0.0934	0.3455	-0.0227	0.2184	70.5372	-0.3131	48.912
17	1.1899	0.5244	0.5863	2.359	2.4201	2.4848	0.0809	-0.176	-0.1765	0.3147	-0.045	-0.074	0.5875	0.1963	-0.0552	0.1945	0.0062	-0.0055	0.1719	0.0113	0.1836	58.8673	-13.769	36.8792
18	3.5085	-0.6793	-0.386	2.5103	0.5411	1.4846	0.0483	0.1615	-0.1615	-0.0466	-0.048	0.027	0.0724	-0.0343	-0.0005	0.1178	-0.0158	0.0059	0.1379	-0.0034	0.1468	53.4438	-13.36	26.3278
19	1.1285	0.8252	0.7184	2.1247	0.9867	1.6284	-0.086	-0.0678	0.108	0.0678	0.0111	0.1688	-0.0534	0.0112	0.0735	0.1061	0.0133	0.0136	0.123	-0.0146	0.1494	51.6212	3.2804	35.0354
20	2.0609	1.8252	2.201	3.6211	3.4615	5.7335	0.1465	-0.0675	-0.0835	0.4653	-0.0179	0.1001	0.3518	-0.0269	-0.1294	0.221	-0.0214	0.039	0.1564	0.0198	0.168	47.9694	-11.8112	41.2396
21	1.657	0.8924	2.288	1.9193	2.5692	8.0199	0.1089	-0.2427	0.1234	0.2925	-0.1429	0.3102	0.0316	-0.4529	0.0485	0.1841	-0.0158	0.0737	0.1895	-0.0391	0.1943	44.2933	-0.652	42.8398
22	0.3938	1.1417	0.8829	3.3059	2.5578	1.9784	0.0006	-0.3896	0.3324	0.205	-0.4544	0.956	0.045	-0.5745	0.391	0.202	-0.0119	0.0429	0.2956	-0.1	0.354	40.7203	4.0694	41.5267

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 13 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 14 through 44 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 45 through 67 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 68 through 123 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 124 through 140 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 141 through 162 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 163 through 214 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 215 through 247 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 248 through 268 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 269 through 297 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 1 through 13 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 14 through 44 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 45 through 67 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 68 through 79 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 80 through 107 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 108 through 123 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 124 through 140 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 141 through 162 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 163 through 214 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 215 through 247 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 248 through 268 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 269 through 289 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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