PDB-6qo5: Crystal structure of apo (metal-free) ribonucleotide reductase Nr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qo5

タイトル

Crystal structure of apo (metal-free) ribonucleotide reductase NrdF from Bacillus anthracis

要素

Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Metal binding / Oxidation reduction process / 2'-Deoxyribonucleotide metabolism / DNA replication

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.511 Å

データ登録者

Grave, K. / Hogbom, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2019
タイトル: Redox-induced structural changes in the di-iron and di-manganese forms of Bacillus anthracis ribonucleotide reductase subunit NrdF suggest a mechanism for gating of radical access.
著者: Grave, K. / Lambert, W. / Berggren, G. / Griese, J.J. / Bennett, M.D. / Logan, D.T. / Hogbom, M.

履歴

登録	2019年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年10月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qo5.cif.gz	234.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qo5.ent.gz	192 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qo5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qo5_validation.pdf.gz	441.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qo5_full_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示
XML形式データ	6qo5_validation.xml.gz	23.9 KB	表示
CIF形式データ	6qo5_validation.cif.gz	35 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qo5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qo5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qo7C 6qo8C 6qo9C 6qobC 1kgnS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6qo7-d 6qo8-d 6tqx-d 4bmr-d 3w76-d 6qo9-d 5e93-d 3w7l-d 6tqz-d 6tqw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

B: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

ヘテロ分子

74.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.185, 59.806, 95.234
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.08, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta 分子量: 37055.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: nrdF, GBAA_1372 / Variant: pXO1-/pXO2- deficient / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 参照: UniProt: Q81TB4, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.44 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.8 - 2.0 M ammonium sulphate, 0.1 M Bis-Tris methane pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.51→40.35 Å / Num. obs: 95759 / % possible obs: 99.46 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 18.59 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.044 / R_pim(I) all: 0.0261 / R_rim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 16.35
反射シェル	解像度: 1.51→1.57 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.622 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Num. unique obs: 9403 / CC_1/2: 0.805 / R_pim(I) all: 0.365 / R_rim(I) all: 0.723 / % possible all: 97.94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1KGN

1kgn

解像度: 1.511→40.35 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.69

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1932	4788	5 %	Random selection
R_work	0.1651	-	-	-
obs	0.1665	95759	99.46 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.511→40.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4722	0	6	302	5030

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	4883
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.092	6611
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.29	2917
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	733
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	843

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5112-1.5284	0.2948	150	0.2779	2862	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5284-1.5464	0.3075	160	0.2664	3031	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5464-1.5652	0.2979	160	0.2587	3040	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5652-1.585	0.3131	159	0.2452	3016	X-RAY DIFFRACTION	100
1.585-1.6059	0.3085	157	0.2283	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6059-1.6279	0.2568	161	0.2241	3046	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6279-1.6512	0.2739	160	0.2197	3038	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6512-1.6758	0.2584	159	0.2185	3034	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6758-1.702	0.2306	159	0.2117	3015	X-RAY DIFFRACTION	100
1.702-1.7299	0.2362	160	0.1997	3034	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7299-1.7597	0.2319	160	0.1944	3047	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7597-1.7917	0.2623	159	0.1894	3025	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7917-1.8262	0.2376	157	0.1884	2982	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8262-1.8635	0.2194	161	0.1795	3058	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8635-1.904	0.2376	159	0.1781	3026	X-RAY DIFFRACTION	100
1.904-1.9483	0.223	159	0.1818	3008	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9483-1.997	0.1943	160	0.1666	3049	X-RAY DIFFRACTION	100
1.997-2.051	0.1952	161	0.1604	3045	X-RAY DIFFRACTION	100
2.051-2.1113	0.1811	160	0.1588	3041	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1113-2.1795	0.1946	159	0.1499	3028	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1795-2.2574	0.1688	158	0.1432	3009	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2574-2.3477	0.1872	161	0.143	3061	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3477-2.4546	0.183	161	0.1491	3050	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4546-2.584	0.1703	160	0.1446	3048	X-RAY DIFFRACTION	100
2.584-2.7458	0.1682	161	0.149	3045	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7458-2.9578	0.1623	160	0.1651	3037	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9578-3.2554	0.1788	159	0.1672	3035	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2554-3.7262	0.1681	162	0.1417	3079	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7262-4.6935	0.1502	162	0.1279	3066	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6935-41.7799	0.2065	164	0.1848	3119	X-RAY DIFFRACTION	98

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)