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万見
- PDB-6qnx: Structure of the SA2/SCC1/CTCF complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qnx
タイトルStructure of the SA2/SCC1/CTCF complex
要素
  • 64-kDa C-terminal product
  • Cohesin subunit SA-2
  • Transcriptional repressor CTCF
キーワードGENE REGULATION / Cohesin / CTCF / TAD / Chromatin folding / genome regulation / SA2
機能・相同性
機能・相同性情報


chromatin loop anchoring activity / chromatin insulator sequence binding / negative regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of sister chromatid cohesion / Cohesin Loading onto Chromatin / meiotic cohesin complex / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / cohesin complex / mitotic cohesin complex ...chromatin loop anchoring activity / chromatin insulator sequence binding / negative regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of sister chromatid cohesion / Cohesin Loading onto Chromatin / meiotic cohesin complex / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / cohesin complex / mitotic cohesin complex / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / negative regulation of glial cell apoptotic process / genomic imprinting / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / protein localization to chromosome, centromeric region / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / chromatin looping / reciprocal meiotic recombination / sister chromatid cohesion / negative regulation of interleukin-1 beta production / lncRNA binding / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / mitotic spindle pole / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / chromosome, centromeric region / mitotic spindle assembly / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / condensed chromosome / protein localization to chromatin / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Meiotic synapsis / epigenetic regulation of gene expression / condensed nuclear chromosome / male germ cell nucleus / meiotic cell cycle / transcription coregulator binding / chromosome segregation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / fibrillar center / spindle pole / nuclear matrix / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Separation of Sister Chromatids / sequence-specific double-stranded DNA binding / double-strand break repair / chromosome / midbody / DNA-binding transcription factor binding / DNA recombination / Estrogen-dependent gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / sequence-specific DNA binding / response to hypoxia / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
STAG / Stromalin conservative domain / Cohesin subunit Scc3/SA / STAG domain / Stromalin conservative domain / Stromalin conservative (SCD) domain profile. / : / C2H2-type zinc-finger domain / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal ...STAG / Stromalin conservative domain / Cohesin subunit Scc3/SA / STAG domain / Stromalin conservative domain / Stromalin conservative (SCD) domain profile. / : / C2H2-type zinc-finger domain / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein / Conserved region of Rad21 / Rec8 like protein / N terminus of Rad21 / Rec8 like protein / ScpA-like, C-terminal / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Armadillo-type fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Double-strand-break repair protein rad21 homolog / Transcriptional repressor CTCF / Cohesin subunit SA-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Li, Y. / Muir, K.W. / Panne, D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: The structural basis for cohesin-CTCF-anchored loops.
著者: Li, Y. / Haarhuis, J.H.I. / Sedeno Cacciatore, A. / Oldenkamp, R. / van Ruiten, M.S. / Willems, L. / Teunissen, H. / Muir, K.W. / de Wit, E. / Rowland, B.D. / Panne, D.
履歴
登録2019年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
置き換え2020年4月29日ID: 6QNY
改定 1.22020年4月29日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02024年10月16日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / exptl_crystal / pdbx_entity_src_syn / pdbx_entry_details / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight ..._atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _exptl_crystal.density_Matthews / _exptl_crystal.density_percent_sol / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cohesin subunit SA-2
B: 64-kDa C-terminal product
C: Transcriptional repressor CTCF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,8913
ポリマ－130,8913
非ポリマー00
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8270 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area48680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.029, 107.255, 176.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Cohesin subunit SA-2 / SCC3 homolog 2 / Stromal antigen 2


分子量: 113610.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STAG2, SA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N3U4
#2: タンパク質 64-kDa C-terminal product / 64-kDa carboxy-terminal product / 65-kDa carboxy-terminal product


分子量: 16049.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAD21, HR21, KIAA0078, NXP1, SCC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60216
#3: タンパク質・ペプチド Transcriptional repressor CTCF / 11-zinc finger protein / CCCTC-binding factor / CTCFL paralog


分子量: 1231.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49711
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.06M Morpheus Divalents mix, 0.1M Morpheus buffer system 1, 48% (v/v) Morpheus EOD_P8K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→45.8 Å / Num. obs: 41804 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.4 % / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.7→2.76 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→45.8 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE /
反射数%反射
obs41803 99.6 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→45.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8223 0 0 6 8229

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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