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- PDB-6qmm: Crystal structure of Synecochoccus Spermidine Synthase in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qmm
タイトルCrystal structure of Synecochoccus Spermidine Synthase in complex with putrescine, spermidine and MTA
要素(Polyamine aminopropyltransferase) x 2
キーワードTRANSFERASE / Synthase / Homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


spermidine synthase / spermidine synthase activity / spermidine biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyamine biosynthesis domain, conserved site / Polyamine biosynthesis (PABS) domain signature. / Spermidine/spermine synthases / Polyamine biosynthesis domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain superfamily / Spermidine synthase tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis (PABS) domain profile. / Spermine/spermidine synthase domain / Vaccinia Virus protein VP39 ...Polyamine biosynthesis domain, conserved site / Polyamine biosynthesis (PABS) domain signature. / Spermidine/spermine synthases / Polyamine biosynthesis domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain superfamily / Spermidine synthase tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis (PABS) domain profile. / Spermine/spermidine synthase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / 1,4-DIAMINOBUTANE / Chem-PXN / SPERMIDINE / Polyamine aminopropyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Guedez, G. / Pothipongsa, A. / Incharoensakdi, A. / Salminen, T.A.
資金援助 フィンランド, 1件
組織認可番号国
Sigrid Juselius Foundation フィンランド
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of dimericSynechococcusspermidine synthase with bound polyamine substrate and product.
著者: Guedez, G. / Pothipongsa, A. / Siren, S. / Liljeblad, A. / Jantaro, S. / Incharoensakdi, A. / Salminen, T.A.
履歴
登録2019年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyamine aminopropyltransferase
B: Polyamine aminopropyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6976
ポリマ－62,7972
非ポリマー8994
水4,612256
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, crystal structure
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5110 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area20200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.640, 63.820, 73.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.720, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Polyamine aminopropyltransferase / Putrescine aminopropyltransferase / PAPT / Spermidine synthase / SPDSY


分子量: 31451.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942 / 遺伝子: speE, Synpcc7942_0628 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q31QK9, spermidine synthase
#2: タンパク質 Polyamine aminopropyltransferase / Putrescine aminopropyltransferase / PAPT / Spermidine synthase / SPDSY


分子量: 31346.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942 / 遺伝子: speE, Synpcc7942_0628 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q31QK9, spermidine synthase

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非ポリマー , 5種, 260分子

#3: 化合物 ChemComp-PUT / 1,4-DIAMINOBUTANE / PUTRESCINE / プトレシン


分子量: 88.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン


分子量: 297.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PXN / (2S)-1-[3-{[(2R)-2-hydroxypropyl]oxy}-2,2-bis({[(2R)-2-hydroxypropyl]oxy}methyl)propoxy]propan-2-ol / PENTAERYTHRITOL PROPOXYLATE (5/4 PO/OH)


分子量: 368.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H36O8
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 45 % v/v Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→48.17 Å / Num. obs: 27391 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.0721 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 16.18
反射 シェル解像度: 2.18→2.27 Å / Rmerge(I) obs: 0.226 / CC1/2: 0.956 / Rrim(I) all: 0.261

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YUV

4yuv


解像度: 2.18→48.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.181
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1911 1375 5 %RANDOM
Rwork0.1416 ---
obs0.1441 26118 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 83.54 Å2 / Biso mean: 17.36 Å2 / Biso min: 6.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.21 Å20 Å20.43 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3----1.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.18→48.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4411 0 61 256 4728
Biso mean--38.54 24.34 -
残基数----557
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0134590
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.0174154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4891.6536252
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.6181.5879588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4235554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.97121.679262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.8815685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.3291536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2573
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.025184
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0320.021040
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2621.6992225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2631.6992224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0932.542776
LS精密化 シェル解像度: 2.181→2.238 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 91 -
Rwork0.178 1724 -
all-1815 -
obs--88.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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