PDB-6qlb: Calpain small subunit 1, RNA-binding protein Hfq

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qlb

タイトル

Calpain small subunit 1, RNA-binding protein Hfq

要素

Calpain small subunit 1
RNA-binding protein Hfq

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Calpain-1 / PEF(S) / Hfq / E.coli / Chaperone / Calcium binding / EF-Hand / Complex / 3D Structure Determination / Contamination / Contaminant / RNA binding / DNA binding / Cysteine / Protease / Nucleotide

機能・相同性

機能・相同性情報

sRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / positive regulation of translation, ncRNA-mediated / calpain complex / bacterial nucleoid / regulation of translation, ncRNA-mediated / RNA folding chaperone / bent DNA binding / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / regulation of RNA stability / Formation of the cornified envelope ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Rizkallah, P.J. / Cresser-Brown, J.O.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Calpain small subunit 1, RNA-binding protein Hfq
著者: Rizkallah, P.J. / Cresser-Brown, J.O.

履歴

登録	2019年1月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.year / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qlb.cif.gz	407.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qlb.ent.gz	334.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qlb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/6qlb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/6qlb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4phjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5oo6-4 3spa-d 5ftu-1 3qcu-d 6gvg-d 6gvf-d 6gvh-d 6gvi-d 5xae-d 3hul-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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#32 - 2002年8月
シャペロン (Chaperones)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
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伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Calpain small subunit 1

B: Calpain small subunit 1

C: Calpain small subunit 1

D: Calpain small subunit 1

E: RNA-binding protein Hfq

F: RNA-binding protein Hfq

G: RNA-binding protein Hfq

H: RNA-binding protein Hfq

ヘテロ分子

110 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.607, 147.607, 147.607
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	MET	MET	A	A	2 - 171	2 - 171
2	1	GLU	GLU	MET	MET	B	B	2 - 171	2 - 171
1	2	GLU	GLU	TYR	TYR	A	A	2 - 172	2 - 172
2	2	GLU	GLU	TYR	TYR	C	C	2 - 172	2 - 172
1	3	GLU	GLU	TYR	TYR	A	A	2 - 172	2 - 172
2	3	GLU	GLU	TYR	TYR	D	D	2 - 172	2 - 172
1	4	GLU	GLU	MET	MET	B	B	1 - 171	1 - 171
2	4	GLU	GLU	MET	MET	C	C	1 - 171	1 - 171
1	5	GLU	GLU	MET	MET	B	B	1 - 171	1 - 171
2	5	GLU	GLU	MET	MET	D	D	1 - 171	1 - 171
1	6	GLU	GLU	SER	SER	C	C	1 - 173	1 - 173
2	6	GLU	GLU	SER	SER	D	D	1 - 173	1 - 173
1	7	GLY	GLY	ALA	ALA	E	E	1 - 63	1 - 63
2	7	GLY	GLY	ALA	ALA	F	F	1 - 63	1 - 63
1	8	GLY	GLY	ALA	ALA	E	E	1 - 63	1 - 63
2	8	GLY	GLY	ALA	ALA	G	G	1 - 63	1 - 63
1	9	GLY	GLY	ALA	ALA	E	E	1 - 63	1 - 63
2	9	GLY	GLY	ALA	ALA	H	H	1 - 63	1 - 63
1	10	GLY	GLY	ALA	ALA	F	F	1 - 63	1 - 63
2	10	GLY	GLY	ALA	ALA	G	G	1 - 63	1 - 63
1	11	GLY	GLY	ALA	ALA	F	F	1 - 63	1 - 63
2	11	GLY	GLY	ALA	ALA	H	H	1 - 63	1 - 63
1	12	GLY	GLY	ALA	ALA	G	G	1 - 63	1 - 63
2	12	GLY	GLY	ALA	ALA	H	H	1 - 63	1 - 63

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Calpain small subunit 1 / CSS1 / Calcium-activated neutral proteinase small subunit / CANP small subunit / Calcium-dependent ...CSS1 / Calcium-activated neutral proteinase small subunit / CANP small subunit / Calcium-dependent protease small subunit / CDPS / Calcium-dependent protease small subunit 1 / Calpain regulatory subunit 分子量: 19997.648 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CAPNS1-deltaGR gene / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAPNS1, CAPN4, CAPNS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04632
#2: タンパク質	RNA-binding protein Hfq 分子量: 7065.178 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hfq, NCTC13125_02619 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A376T1I0, UniProt: P0A6X3*PLUS

#1: タンパク質

Calpain small subunit 1 / CSS1 / Calcium-activated neutral proteinase small subunit / CANP small subunit / Calcium-dependent ...

分子量: 19997.648 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CAPNS1-deltaGR gene / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAPNS1, CAPN4, CAPNS / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04632

#2: タンパク質

RNA-binding protein Hfq

分子量: 7065.178 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hfq, NCTC13125_02619 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A376T1I0, UniProt: P0A6X3*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 183分子

#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-GUN / GUANINE / グアニン分子量: 151.126 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅O
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-P4G / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / ジエチレングリコ-ルジエチルエ-テル分子量: 162.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: Molecular Dimensions Pact premier screen condition D06: 0.1 M MMT, 25% PEG1500, pH 9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.32→66.02 Å / Num. obs: 46565 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.1 % / B_iso Wilson estimate: 42.7 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.114 / R_rim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 19.2
反射シェル	解像度: 2.32→2.38 Å / 冗長度: 22.2 % / R_merge(I) obs: 1.115 / Num. unique obs: 3416 / CC_1/2: 0.632 / R_rim(I) all: 1.141 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4PHJ

4phj

解像度: 2.32→66.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 18.513 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.382 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2474	2337	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20093	-	-	-
obs	0.20328	43741	99.02 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.223 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.32→66.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7591	0	90	156	7837

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	7851
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7227
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.855	1.639	10582
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.393	1.587	16731
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.306	5	944
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.188	22.417	451
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.456	15	1399
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.942	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	8820
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.955	2.719	3788
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.952	2.719	3787
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.067	4.067	4728
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.067	4.068	4729
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.404	3.076	4063
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.4	3.075	4061
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.768	4.484	5855
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.849	31.807	8889
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.841	31.756	8879
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	5352	0.12
1	2	B	5352	0.12
2	1	A	5313	0.13
2	2	C	5313	0.13
3	1	A	5376	0.12
3	2	D	5376	0.12
4	1	B	5470	0.1
4	2	C	5470	0.1
5	1	B	5387	0.12
5	2	D	5387	0.12
6	1	C	5386	0.13
6	2	D	5386	0.13
7	1	E	1675	0.13
7	2	F	1675	0.13
8	1	E	1719	0.12
8	2	G	1719	0.12
9	1	E	1705	0.13
9	2	H	1705	0.13
10	1	F	1697	0.14
10	2	G	1697	0.14
11	1	F	1756	0.1
11	2	H	1756	0.1
12	1	G	1692	0.14
12	2	H	1692	0.14

LS精密化シェル

解像度: 2.32→2.38 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.36	161	-
R_work	0.321	3167	-
obs	-	-	97.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9947	0.5949	0.2325	1.5363	0.4489	4.0179	-0.1286	-0.1032	0.4067	0.1872	0.0958	-0.0602	-0.6018	0.143	0.0329	0.2897	0.0605	-0.0837	0.0807	-0.0461	0.2623	177.822	10.7681	108.3851
2	2.9621	-0.6428	-0.0288	0.9096	-0.603	2.3767	-0.0144	-0.0888	-0.0187	0.1134	0.0498	0.0938	0.1665	-0.1084	-0.0354	0.1586	0.0206	-0.0484	0.0544	-0.0385	0.1526	181.6366	-11.89	104.3382
3	2.3426	0.5019	0.7635	3.3144	-0.2575	1.6083	-0.0011	0.1096	-0.2329	0.1499	0.1409	0.1237	0.3483	0.0457	-0.1398	0.1864	-0.0405	0.0144	0.222	0.081	0.2089	146.5436	-40.8449	97.1324
4	1.5186	-0.5962	0.3347	3.0775	-1.2418	3.8803	-0.218	-0.2589	0.0365	0.7384	0.5009	0.3463	-0.1889	0.1202	-0.2829	0.28	0.1202	0.0656	0.2365	0.0782	0.2082	148.0824	-24.0302	113.9579
5	6.1541	-1.1608	2.0693	7.0964	0.7088	3.7203	-0.0592	-0.205	-0.367	0.0455	0.171	-0.7105	0.1289	0.7007	-0.1118	0.0559	-0.0387	-0.0344	0.34	0.1074	0.1642	174.1041	-9.9652	73.7431
6	3.8367	-0.9963	1.5688	7.411	0.0241	4.1403	0.165	-0.3855	-0.8034	0.1173	-0.0249	-0.0763	0.5888	0.5344	-0.1401	0.1352	0.024	-0.0509	0.2595	0.1906	0.266	162.0381	-24.2397	75.996
7	4.9822	0.698	0.2998	5.4709	0.6631	6.1226	-0.0168	-1.0366	-0.3989	0.7421	0.0082	0.485	0.1108	-0.1863	0.0086	0.1182	-0.0111	0.0692	0.3203	0.1421	0.1423	132.8127	-2.2306	97.875
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24	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.4661	0.4422	-0.2884	0.7673	-0.2029	0.4443	165.289	-31.525	118.246
25	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.3351	0.1553	0.0955	0.3958	0.2434	0.3133	141.265	-35.062	116.37
26	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.4113	-0.0034	0.0256	0.6817	-0.114	0.1167	163.043	-23.904	110.467
27	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.7378	0.2806	0.4107	0.3476	0.2539	0.48	130.689	-26.844	122.091
28	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.9022	-0.1463	0.3904	0.7335	0.3132	1.0086	147.178	-8.888	93.112

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 173
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 173
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 173
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 173
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 65
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 65
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 65
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 65
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	201
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	206
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	211
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	216
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	221
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	201
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	206
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	211
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	216
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	221
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	201
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	206
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	211
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	216
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	221
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	201
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26	X-RAY DIFFRACTION	26	D	211
27	X-RAY DIFFRACTION	27	D	216
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	221

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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