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- PDB-6ql4: Crystal structure of nucleotide-free Mgm1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ql4
タイトルCrystal structure of nucleotide-free Mgm1
要素Putative mitochondrial dynamin protein
キーワードMOTOR PROTEIN / Mitochondrial genome maintenance 1 protein / Dynamin superfamily / Dynamin-like protein / mitochondrial inner membrane / membrane remodeling
機能・相同性
機能・相同性情報


dynamin GTPase / mitochondrial fusion / microtubule binding / defense response to virus / microtubule / GTPase activity / GTP binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dynamin, GTPase region, conserved site / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Dynamin stalk domain / Dynamin central region / GTPase effector domain / GED domain profile. / Dynamin, GTPase domain / Dynamin, GTPase / Dynamin / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain ...Dynamin, GTPase region, conserved site / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Dynamin stalk domain / Dynamin central region / GTPase effector domain / GED domain profile. / Dynamin, GTPase domain / Dynamin, GTPase / Dynamin / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Dynamin, N-terminal / Dynamin family / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynamin-like GTPase MGM1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Faelber, K. / Dietrich, L. / Noel, J.K. / Wollweber, F. / Pfitzner, A.-K. / Muehleip, A. / Sanchez, R. / Kudryashev, M. / Chiaruttin, N. / Lilie, H. ...Faelber, K. / Dietrich, L. / Noel, J.K. / Wollweber, F. / Pfitzner, A.-K. / Muehleip, A. / Sanchez, R. / Kudryashev, M. / Chiaruttin, N. / Lilie, H. / Schlegel, J. / Rosenbaum, E. / Hessenberger, M. / Matthaeus, C. / Noe, F. / Roux, A. / vanderLaan, M. / Kuehlbrandt, W. / Daumke, O.
資金援助 ドイツ, オーストリア, 3件
組織認可番号
European Research CouncilERC-2013-CoG-616024 ドイツ
German Research FoundationSFB958 ドイツ
Austrian Science Fund オーストリア
引用ジャーナル: Nature / : 2019
タイトル: Structure and assembly of the mitochondrial membrane remodelling GTPase Mgm1.
著者: Katja Faelber / Lea Dietrich / Jeffrey K Noel / Florian Wollweber / Anna-Katharina Pfitzner / Alexander Mühleip / Ricardo Sánchez / Misha Kudryashev / Nicolas Chiaruttini / Hauke Lilie / ...著者: Katja Faelber / Lea Dietrich / Jeffrey K Noel / Florian Wollweber / Anna-Katharina Pfitzner / Alexander Mühleip / Ricardo Sánchez / Misha Kudryashev / Nicolas Chiaruttini / Hauke Lilie / Jeanette Schlegel / Eva Rosenbaum / Manuel Hessenberger / Claudia Matthaeus / Séverine Kunz / Alexander von der Malsburg / Frank Noé / Aurélien Roux / Martin van der Laan / Werner Kühlbrandt / Oliver Daumke /
要旨: Balanced fusion and fission are key for the proper function and physiology of mitochondria. Remodelling of the mitochondrial inner membrane is mediated by the dynamin-like protein mitochondrial ...Balanced fusion and fission are key for the proper function and physiology of mitochondria. Remodelling of the mitochondrial inner membrane is mediated by the dynamin-like protein mitochondrial genome maintenance 1 (Mgm1) in fungi or the related protein optic atrophy 1 (OPA1) in animals. Mgm1 is required for the preservation of mitochondrial DNA in yeast, whereas mutations in the OPA1 gene in humans are a common cause of autosomal dominant optic atrophy-a genetic disorder that affects the optic nerve. Mgm1 and OPA1 are present in mitochondria as a membrane-integral long form and a short form that is soluble in the intermembrane space. Yeast strains that express temperature-sensitive mutants of Mgm1 or mammalian cells that lack OPA1 display fragmented mitochondria, which suggests that Mgm1 and OPA1 have an important role in inner-membrane fusion. Consistently, only the mitochondrial outer membrane-not the inner membrane-fuses in the absence of functional Mgm1. Mgm1 and OPA1 have also been shown to maintain proper cristae architecture; for example, OPA1 prevents the release of pro-apoptotic factors by tightening crista junctions. Finally, the short form of OPA1 localizes to mitochondrial constriction sites, where it presumably promotes mitochondrial fission. How Mgm1 and OPA1 perform their diverse functions in membrane fusion, scission and cristae organization is at present unknown. Here we present crystal and electron cryo-tomography structures of Mgm1 from Chaetomium thermophilum. Mgm1 consists of a GTPase (G) domain, a bundle signalling element domain, a stalk, and a paddle domain that contains a membrane-binding site. Biochemical and cell-based experiments demonstrate that the Mgm1 stalk mediates the assembly of bent tetramers into helical filaments. Electron cryo-tomography studies of Mgm1-decorated lipid tubes and fluorescence microscopy experiments on reconstituted membrane tubes indicate how the tetramers assemble on positively or negatively curved membranes. Our findings convey how Mgm1 and OPA1 filaments dynamically remodel the mitochondrial inner membrane.
履歴
登録2019年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative mitochondrial dynamin protein
B: Putative mitochondrial dynamin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,3664
ポリマ-208,2422
非ポリマー1242
00
1
A: Putative mitochondrial dynamin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,1832
ポリマ-104,1211
非ポリマー621
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative mitochondrial dynamin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,1832
ポリマ-104,1211
非ポリマー621
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)147.400, 147.400, 344.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 225 through 253 or resid 501 through 546 or resid 880 through 908))
21(chain B and (resid 225 through 253 or resid 501 through 546 or resid 880 through 908))
12(chain A and (resid 547 through 595 or resid 622 through 713 or resid 818 through 879))
22(chain B and (resid 547 through 595 or resid 622 through 713 or resid 818 through 879))
13(chain A and resid 254 through 500)
23(chain B and resid 254 through 500)
14(chain A and resid 714 through 817)
24(chain B and resid 714 through 817)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 225 through 253 or resid 501 through 546 or resid 880 through 908))A225 - 253
121(chain A and (resid 225 through 253 or resid 501 through 546 or resid 880 through 908))A501 - 546
131(chain A and (resid 225 through 253 or resid 501 through 546 or resid 880 through 908))A880 - 908
211(chain B and (resid 225 through 253 or resid 501 through 546 or resid 880 through 908))B225 - 253
221(chain B and (resid 225 through 253 or resid 501 through 546 or resid 880 through 908))B501 - 546
231(chain B and (resid 225 through 253 or resid 501 through 546 or resid 880 through 908))B880 - 908
112(chain A and (resid 547 through 595 or resid 622 through 713 or resid 818 through 879))A547 - 595
122(chain A and (resid 547 through 595 or resid 622 through 713 or resid 818 through 879))A622 - 713
132(chain A and (resid 547 through 595 or resid 622 through 713 or resid 818 through 879))A818 - 879
212(chain B and (resid 547 through 595 or resid 622 through 713 or resid 818 through 879))B547 - 595
222(chain B and (resid 547 through 595 or resid 622 through 713 or resid 818 through 879))B622 - 713
232(chain B and (resid 547 through 595 or resid 622 through 713 or resid 818 through 879))B818 - 879
113(chain A and resid 254 through 500)A254 - 500
213(chain B and resid 254 through 500)B254 - 500
114(chain A and resid 714 through 817)A714 - 817
214(chain B and resid 714 through 817)B714 - 817

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 Putative mitochondrial dynamin protein


分子量: 104120.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0065850 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SGC7
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 8% PEG400, 3% isopropanol, 100 mM Na-citrate buffer (pH 5.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→49.133 Å / Num. obs: 44814 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 113.61 Å2 / Net I/σ(I): 7.96
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.6-3.696.7611.8391.0761180.3521.99298.4
3.69-3.797.0331.4221.4160510.4951.53699.9
3.79-3.96.8841.1161.7958640.6051.20799.9
3.9-4.026.6760.8842.2657150.7050.95999.9
4.02-4.166.2890.6732.7855640.7740.73499.7
4.16-4.37.2370.5243.8853250.8870.565100
4.3-4.477.1980.4284.6552240.9180.461100
4.47-4.657.1530.3295.8449420.9550.35599.9
4.65-4.857.0970.2587.3447910.9660.279100
4.85-5.097.0180.232845760.9720.25199.9
5.09-5.376.5480.2357.6443360.9710.255100
5.37-5.696.8180.2517.3541140.9670.272100
5.69-6.097.3010.2467.8438500.9690.265100
6.09-6.577.1860.1889.9735940.9820.20399.9
6.57-7.27.0780.1381333130.990.14999.9
7.2-8.056.2980.08817.6529800.9950.09799.7
8.05-9.37.0110.05627.6926200.9980.061100
9.3-11.387.0540.04234.4522410.9990.046100
11.38-16.16.2490.0434.9817090.9980.04499.7
16.1-49.1335.9990.03436.748960.9990.03894.7

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AutoSol位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.6→49.133 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.62 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2523 2242 5 %
Rwork0.2435 42572 -
obs0.244 44814 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 403.87 Å2 / Biso mean: 146.1573 Å2 / Biso min: 63.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.6→49.133 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10322 0 8 0 10330
Biso mean--101.4 --
残基数----1320
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610502
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97614182
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581617
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061847
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2626500
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプ
11A637X-RAY DIFFRACTION17.07TORSIONAL
12B637X-RAY DIFFRACTION17.07TORSIONAL
21A1729X-RAY DIFFRACTION17.07TORSIONAL
22B1729X-RAY DIFFRACTION17.07TORSIONAL
31A0X-RAY DIFFRACTION17.07TORSIONAL
32B0X-RAY DIFFRACTION17.07TORSIONAL
41A889X-RAY DIFFRACTION17.07TORSIONAL
42B889X-RAY DIFFRACTION17.07TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.6-3.67830.35151340.34952547268199
3.6783-3.76380.29471380.32426122750100
3.7638-3.85790.32241380.307926242762100
3.8579-3.96220.291370.291926082745100
3.9622-4.07870.29241390.285726372776100
4.0787-4.21030.28461380.275326242762100
4.2103-4.36070.25271390.251426352774100
4.3607-4.53520.28431390.251926342773100
4.5352-4.74140.25821390.229226462785100
4.7414-4.99120.23921390.228726432782100
4.9912-5.30350.22931400.23126622802100
5.3035-5.71250.26261400.255426612801100
5.7125-6.28630.31021420.271326872829100
6.2863-7.19350.28651430.278427192862100
7.1935-9.05380.20011440.205827382882100
9.0538-49.13790.19781530.18922895304899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.97730.27311.67732.6494-0.66414.0476-0.1805-0.68330.37210.34510.04170.4294-0.9973-0.2487-0.00360.94050.0312-0.07580.93940.07380.8467-102.505565.6927-16.3741
23.3637-2.64890.7423.55271.44115.11810.265-0.17150.5316-0.3267-0.2242-1.2379-1.2403-0.05970.0040.8318-0.04020.06911.4538-0.01231.5827.429546.723819.1837
32.40350.20270.01582.5735-0.45082.74840.08390.7843-0.1933-0.1661-0.24610.38080.4319-0.2706-0.00030.65310.1757-0.05651.4158-0.31430.9696-32.829919.9049-29.4821
40.5314-0.2003-1.26991.59721.14344.7732-0.1628-0.02640.06060.15260.11160.03460.33990.0638-0.00010.7809-0.0387-0.01730.9661-0.12920.8708-54.705929.73339.8708
55.8875-2.45590.0982.457-0.58881.34120.01750.09040.0761-0.17870.15190.05160.1009-0.02810.00130.544-0.0499-0.06370.8982-0.07330.596-53.18138.3981-9.0556
65.70970.739-0.22210.59010.09272.68650.13670.28690.21770.23440.0239-0.05140.14890.40550.00070.58130.0329-0.10860.8473-0.13580.7389-27.886836.835817.3392
72.5776-0.99210.69833.6209-1.88764.3242-0.00120.62450.081-0.3453-0.0865-1.031-1.10110.7653-0.00891.6436-0.1953-0.11481.02530.15921.2466-97.043487.3665-33.9959
80.7848-0.3880.73380.2866-1.01465.9470.58160.2764-0.11681.37210.7667-0.2951-2.5244-1.2879-0.05092.1383-0.12510.26081.70020.39414.012125.407168.945222.1761
90.1647-0.1468-0.12580.60860.08340.0907-0.80040.01191.97893.2410.69321.809-2.38110.2067-0.05074.2129-0.3396-1.07882.08940.2954.111941.953371.414932.4381
100.7452-0.23730.00610.1943-0.15270.1713-0.7788-0.43993.06842.86370.015-0.9597-2.01250.75260.00653.9669-0.1202-1.04122.1718-0.33874.093339.748275.892732.6993
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 223:253 or resseq 879:910 or resseq 516:549)A223 - 253
2X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 223:253 or resseq 879:910 or resseq 516:549)A879 - 910
3X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 223:253 or resseq 879:910 or resseq 516:549)A516 - 549
4X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resseq 223:253 or resseq 879:911 or resseq 516:549)B223 - 253
5X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resseq 223:253 or resseq 879:911 or resseq 516:549)B879 - 911
6X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resseq 223:253 or resseq 879:911 or resseq 516:549)B516 - 549
7X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 598:624 or resseq 710:820)A598 - 624
8X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 598:624 or resseq 710:820)A710 - 820
9X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 598:624 or resseq 710:820)B598 - 624
10X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 598:624 or resseq 710:820)B710 - 820
11X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 550:597 or resseq 625:709 or resseq 821:878)A550 - 597
12X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 550:597 or resseq 625:709 or resseq 821:878)A625 - 709
13X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 550:597 or resseq 625:709 or resseq 821:878)A821 - 878
14X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 550:597 or resseq 625:709 or resseq 821:878)B550 - 597
15X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 550:597 or resseq 625:709 or resseq 821:878)B625 - 709
16X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 550:597 or resseq 625:709 or resseq 821:878)B821 - 878
17X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 254:515)A254 - 515
18X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 289:358 or resseq 505:515)B289 - 358
19X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 289:358 or resseq 505:515)B505 - 515
20X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 376:392 or resseq 407:423 or resseq 438:444 or resseq 468:490)B376 - 392
21X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 376:392 or resseq 407:423 or resseq 438:444 or resseq 468:490)B407 - 423
22X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 376:392 or resseq 407:423 or resseq 438:444 or resseq 468:490)B438 - 444
23X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 376:392 or resseq 407:423 or resseq 438:444 or resseq 468:490)B468 - 490
24X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 254:288 or resseq 359:375 or resseq 393:406 or resseq 424:437 or resseq 445:467 or resseq 491:504)B254 - 288
25X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 254:288 or resseq 359:375 or resseq 393:406 or resseq 424:437 or resseq 445:467 or resseq 491:504)B359 - 375
26X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 254:288 or resseq 359:375 or resseq 393:406 or resseq 424:437 or resseq 445:467 or resseq 491:504)B393 - 406
27X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 254:288 or resseq 359:375 or resseq 393:406 or resseq 424:437 or resseq 445:467 or resseq 491:504)B445 - 467
28X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 254:288 or resseq 359:375 or resseq 393:406 or resseq 424:437 or resseq 445:467 or resseq 491:504)B491 - 504

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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