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- PDB-6qkr: 2-Naphthoyl-CoA Reductase-2-Naphthoyl-CoA complex(NCR-NCoA-soaked... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qkr
タイトル2-Naphthoyl-CoA Reductase-2-Naphthoyl-CoA complex(NCR-NCoA-soaked complex)
要素NCR
キーワードFLAVOPROTEIN / Reductase / 2-Naphthoyl-CoA / 2-Naphthoyl-CoA Reductase / Naphthalene / FAD / FMN / 4Fe-4S / Hydride transfer / Monomer
機能・相同性
機能・相同性情報


catabolic process / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...: / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-J5H / IRON/SULFUR CLUSTER / NADH oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種bacterium enrichment culture clone N47 (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kayastha, K. / Ermler, U.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationRTG 1976, SPP 1927 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Low potential enzymatic hydride transfer via highly cooperative and inversely functionalized flavin cofactors.
著者: Willistein, M. / Bechtel, D.F. / Muller, C.S. / Demmer, U. / Heimann, L. / Kayastha, K. / Schunemann, V. / Pierik, A.J. / Ullmann, G.M. / Ermler, U. / Boll, M.
履歴
登録2019年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NCR
B: NCR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,87110
ポリマ－155,8412
非ポリマー5,0308
水4,396244
1
A: NCR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4365
ポリマ－77,9201
非ポリマー2,5154
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NCR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4365
ポリマ－77,9201
非ポリマー2,5154
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.670, 86.050, 96.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NCR


分子量: 77920.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF4, FAD, FMN, LIG
由来: (組換発現) bacterium enrichment culture clone N47 (環境試料)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1YD54

-
非ポリマー , 5種, 252分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#5: 化合物 ChemComp-J5H / ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] naphthalene-2-carbothioate


分子量: 921.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H42N7O17P3S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.7 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000/3350, NaF, Silver bullet solution A12/BioD4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 67546 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 53.66 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 6488 / CC1/2: 0.875 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
PHASER位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX精密化
BUSTER精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6qkg

6qkg


解像度: 2.2→30.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.258 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.248 / SU Rfree Blow DPI: 0.186 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.191
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 3405 5.04 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.18 67546 99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 62.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.4287 Å20 Å20.2751 Å2
2---7.0087 Å20 Å2
3---11.4374 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→30.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10151 0 304 244 10699
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0110692HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.114506HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3756SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes259HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1649HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10692HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.11
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.35
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1399SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12604SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 234 5.03 %
Rwork0.243 4415 -
all0.243 4649 -
obs--93.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.85420.4354-0.40540.5074-0.4951.67730.0444-0.044-0.0251-0.0769-0.00930.00690.168-0.0636-0.03510.00380.04350.0413-0.0844-0.0178-0.1987-22.6089-4.0623-5.4382
20.94080.47950.40560.65440.25371.00040.1439-0.1128-0.0033-0.0606-0.1166-0.0666-0.1187-0.1132-0.0272-0.05560.0495-0.0222-0.01110.0192-0.1736-17.6154-44.6579-46.1379
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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