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- PDB-6qkk: Aplysia californica AChBP in complex with 2-Fluoro-(carbamoylpyri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qkk
タイトルAplysia californica AChBP in complex with 2-Fluoro-(carbamoylpyridinyl)deschloroepibatidine analogue (1)
要素Soluble acetylcholine receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / AChBP / Acetylcholine
機能・相同性
機能・相同性情報


excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / postsynapse / neuron projection / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H92 / OXALATE ION / PHOSPHATE ION / Soluble acetylcholine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Aplysia californica (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Davis, S. / Bueno, R.V. / Dawson, A. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2022
タイトル: Interactions between 2'-fluoro-(carbamoylpyridinyl)deschloroepibatidine analogues and acetylcholine-binding protein inform on potent antagonist activity against nicotinic receptors
著者: Bueno, R.V. / Davis, S. / Dawson, A. / Ondachi, P.W. / Carroll, F.I. / Hunter, W.N.
履歴
登録2019年1月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22022年3月2日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble acetylcholine receptor
B: Soluble acetylcholine receptor
C: Soluble acetylcholine receptor
D: Soluble acetylcholine receptor
E: Soluble acetylcholine receptor
F: Soluble acetylcholine receptor
G: Soluble acetylcholine receptor
H: Soluble acetylcholine receptor
I: Soluble acetylcholine receptor
J: Soluble acetylcholine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)290,78675
ポリマ－283,26810
非ポリマー7,51965
水20,5011138
1
A: Soluble acetylcholine receptor
B: Soluble acetylcholine receptor
C: Soluble acetylcholine receptor
D: Soluble acetylcholine receptor
E: Soluble acetylcholine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,43738
ポリマ－141,6345
非ポリマー3,80333
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21790 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area40510 Å2
手法PISA
2
F: Soluble acetylcholine receptor
G: Soluble acetylcholine receptor
H: Soluble acetylcholine receptor
I: Soluble acetylcholine receptor
J: Soluble acetylcholine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,34937
ポリマ－141,6345
非ポリマー3,71532
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21600 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area40440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)210.995, 131.583, 131.825
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.77, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 14分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
Soluble acetylcholine receptor


分子量: 28326.750 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: all disulfide bonds have been represented as oxidised, as due to radiation damage the exact oxidation state of the disulfides in some chains is unclear. The sequence conflicts are because we ...詳細: all disulfide bonds have been represented as oxidised, as due to radiation damage the exact oxidation state of the disulfides in some chains is unclear. The sequence conflicts are because we have used the AChBP gene sequence provided in the Aplysia californica genome (http://genome-euro.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway?hgsid=589127391_t0Vv5jEv8KyWGt7MjPEaZKNxTL3u&redirect=manual&source=genome.cse.ucsc.edu), which differs from the UniProt Q8WSF8 Sequence by identifying both ALA 60 and and ALA 155 as VAL
由来: (組換発現) Aplysia californica (無脊椎動物)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8WSF8
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 1199分子

#2: 化合物
ChemComp-H92 / 4-[5-[(1~{R},2~{R},4~{S})-7-azabicyclo[2.2.1]heptan-2-yl]-2-fluoranyl-pyridin-3-yl]benzamide


分子量: 311.353 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18FN3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細all disulfide bonds have been represented as oxidised, as due to radiation damage the exact ...all disulfide bonds have been represented as oxidised, as due to radiation damage the exact oxidation state of the disulfides in some chains is unclear

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.68 % / 解説: Block
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: Reservoir: 0.2 M NaCl, 0.1 M Phosphate/citrate pH 4.2 12% PEG 8000 Buffer: 50 mM Tris, 250 mM NaCl pH 7.5 Protein concentration 4 mg/ml Microseeded

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96858 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96858 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.88 Å / Num. obs: 177603 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 15.5 Å2 / CC1/2: 0.95 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.888 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 8766 / CC1/2: 0.43 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XYS

2xys


解像度: 2.2→48.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 5.562 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.167 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22828 8867 5 %RANDOM
Rwork0.19872 ---
obs0.2002 168732 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.569 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.4 Å20 Å2-0.61 Å2
2--2.37 Å20 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→48.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16442 0 502 1138 18082
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01517366
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01715008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.971.76623656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3541.73635243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg17.3165.3272111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.63419.82611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.72152340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5761594
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.22293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02221788
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9761.8478225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9761.8488226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7832.76210272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7842.76310272
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9791.9999139
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.97929140
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.7432.93913384
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.8422.1617862
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.76222.04217688
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 681 -
Rwork0.283 12384 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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