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- PDB-6qk4: Lytic transglycosylase, LtgG, of Burkholderia pseudomallei. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qk4
タイトルLytic transglycosylase, LtgG, of Burkholderia pseudomallei.
要素Membrane-bound lytic murein transglycosylase A
キーワードLYASE / lytic transglycosylase / peptidoglycan / cell division / bacterial pathogenesis / Burkholderia pseudomallei
機能・相同性
機能・相同性情報


: / peptidoglycan lytic transglycosylase activity / peptidoglycan turnover / outer membrane / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization
類似検索 - 分子機能
Lytic transglycosylase MltA, domain B / Membrane-bound lytic murein transglycosylase A / MltA specific insert domain / MltA specific insert domain / 3D domain / 3D domain / RlpA-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
peptidoglycan lytic exotransglycosylase / peptidoglycan lytic exotransglycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Jenkins, C.H. / Wallis, R. / Allcock, N. / Barnes, K.B. / Richards, M.I. / Auty, J.M. / Galyov, E.E. / Harding, S.V. / Mukamolova, G.V.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: The lytic transglycosylase, LtgG, controls cell morphology and virulence in Burkholderia pseudomallei.
著者: Jenkins, C.H. / Wallis, R. / Allcock, N. / Barnes, K.B. / Richards, M.I. / Auty, J.M. / Galyov, E.E. / Harding, S.V. / Mukamolova, G.V.
履歴
登録2019年1月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Membrane-bound lytic murein transglycosylase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6841
ポリマ－37,6841
非ポリマー00
水4,270237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.570, 59.570, 168.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Membrane-bound lytic murein transglycosylase A / MltA specific insert domain protein / Murein transglycosylase


分子量: 37684.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
遺伝子: mltA, CXQ84_03095, DP49_5753, ERS013345_03240 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A069B8V2, UniProt: Q63QH7*PLUS, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.22 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Bis-tris propane (pH 7.5), containing 0.2 M potassium sodium tartrate and 14% PEG 8K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→56.1 Å / Num. obs: 37097 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 16.3 % / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.73→1.78 Å / 冗長度: 8.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2G5D, 2GAE

2g5d

2gae


解像度: 1.73→56.093 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2088 1919 5.17 %
Rwork0.176 --
obs0.1777 37102 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 34.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→56.093 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2534 0 0 237 2771
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0172600
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3643540
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.9721525
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089373
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01473
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7301-1.77340.27721520.21182435X-RAY DIFFRACTION100
1.7734-1.82130.24081100.19772493X-RAY DIFFRACTION100
1.8213-1.87490.22641480.19312486X-RAY DIFFRACTION100
1.8749-1.93540.24521240.18622475X-RAY DIFFRACTION100
1.9354-2.00460.20051240.17812468X-RAY DIFFRACTION100
2.0046-2.08490.20731300.17292484X-RAY DIFFRACTION100
2.0849-2.17980.21441510.17632473X-RAY DIFFRACTION100
2.1798-2.29470.22471130.17532547X-RAY DIFFRACTION100
2.2947-2.43850.24931210.18312474X-RAY DIFFRACTION100
2.4385-2.62670.23191530.18612513X-RAY DIFFRACTION100
2.6267-2.89110.20641470.19142505X-RAY DIFFRACTION100
2.8911-3.30940.23011490.18352546X-RAY DIFFRACTION100
3.3094-4.16930.18281250.16422579X-RAY DIFFRACTION100
4.1693-56.12280.18581720.16392705X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.1261 Å / Origin y: -17.5627 Å / Origin z: 14.09 Å
111213212223313233
T0.0665 Å20.0561 Å20.0357 Å2-0.4164 Å2-0.0076 Å2--0.2007 Å2
L0.1916 °2-0.1096 °2-0.0039 °2-0.291 °20.0204 °2--0.0348 °2
S0.1009 Å °0.0638 Å °0.0152 Å °-0.1716 Å °-0.1214 Å °-0.0499 Å °-0.0512 Å °0.0515 Å °-0.0244 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain B and resseq 10:348)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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