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万見
- PDB-6qje: Structure of human galactokinase 1 bound with 4-{[2-(Methylsulfon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qje
タイトルStructure of human galactokinase 1 bound with 4-{[2-(Methylsulfonyl)-1H-imidazol-1-yl]methyl}-1,3-thiazole
要素Galactokinase
キーワードTRANSFERASE / GALK1 / fragment / fragment-bound / galactokinase 1 / sugar kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


glycolytic process from galactose / Defective GALK1 causes GALCT2 / galactitol metabolic process / galactokinase / galactokinase activity / Galactose catabolism / galactose binding / galactose metabolic process / galactose catabolic process via UDP-galactose / extracellular exosome ...glycolytic process from galactose / Defective GALK1 causes GALCT2 / galactitol metabolic process / galactokinase / galactokinase activity / Galactose catabolism / galactose binding / galactose metabolic process / galactose catabolic process via UDP-galactose / extracellular exosome / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Galactokinase, N-terminal domain / Galactokinase, conserved site / Galactokinase galactose-binding signature / Galactokinase signature. / Galactokinase / Mevalonate/galactokinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal ...Galactokinase, N-terminal domain / Galactokinase, conserved site / Galactokinase galactose-binding signature / Galactokinase signature. / Galactokinase / Mevalonate/galactokinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-galactopyranose / Chem-HFK / Chem-J4Q / Galactokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Mackinnon, S.R. / Bezerra, G.A. / Zhang, M. / Foster, W. / Krojer, T. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bountra, C. ...Mackinnon, S.R. / Bezerra, G.A. / Zhang, M. / Foster, W. / Krojer, T. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bountra, C. / Brennan, P. / Lai, K. / Yue, W.W.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust092809/Z/10/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human galactokinase 1 bound with 4-{[2-(Methylsulfonyl)-1H-imidazol-1-yl]methyl}-1,3-thiazole
著者: Mackinnon, S.R. / Bezerra, G.A. / Zhang, M. / Foster, W. / Krojer, T. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bountra, C. / Brennan, P. / Lai, K. / Yue, W.W.
履歴
登録2019年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galactokinase
B: Galactokinase
C: Galactokinase
D: Galactokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,25814
ポリマ－168,8404
非ポリマー2,41810
水3,099172
1
A: Galactokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9844
ポリマ－42,2101
非ポリマー7743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Galactokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9844
ポリマ－42,2101
非ポリマー7743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Galactokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8374
ポリマ－42,2101
非ポリマー6273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Galactokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4532
ポリマ－42,2101
非ポリマー2431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.703, 114.873, 121.044
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.560, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 ABCD

#1: タンパク質
Galactokinase / Galactose kinase


分子量: 42209.973 Da / 分子数: 4 / 変異: K252A, E253A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GALK1, GALK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P51570, galactokinase
#2: 糖 ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 179分子

#3: 化合物 ChemComp-HFK / 2-(1,3-benzoxazol-2-ylamino)spiro[1,6,7,8-tetrahydroquinazoline-4,1'-cyclohexane]-5-one


分子量: 350.414 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N4O2
#4: 化合物 ChemComp-J4Q / 4-[(2-methylsulfonylimidazol-1-yl)methyl]-1,3-thiazole


分子量: 243.306 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9N3O2S2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MOPS/sodium HEPES pH 7.0-7.5, 40-50 % Morpheus Precipitant Mix 4 (50% mix = 12.5% MPD, 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350), 0.1 M Morpheus Carboxylic acids mix (0.02M each of:sodium formate, ...詳細: 0.1 M MOPS/sodium HEPES pH 7.0-7.5, 40-50 % Morpheus Precipitant Mix 4 (50% mix = 12.5% MPD, 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350), 0.1 M Morpheus Carboxylic acids mix (0.02M each of:sodium formate, ammonium acetate, sodium citrate tribasic dehydrate, sodium potassium tartrate tetrahydrate and sodium oxamate).
PH範囲: 7-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→82.65 Å / Num. obs: 126441 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.04-2.153.41.9184160.4741.2062.25699.8
6.44-82.653.30.02640820.9990.0170.03199

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.2データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1wuu

1wuu


解像度: 2.4→82.646 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 3918 5.08 %
Rwork0.217 --
obs0.2196 77082 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 153.58 Å2 / Biso mean: 60.7607 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→82.646 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10717 0 164 172 11053
Biso mean--71.62 51.76 -
残基数----1518
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00411091
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8815142
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031787
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041982
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5033880
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.42930.31281240.269125792703100
2.4293-2.460.31781570.2632604276199
2.46-2.49240.29371500.25812608275899
2.4924-2.52650.30051530.262225832736100
2.5265-2.56260.34191350.250425752710100
2.5626-2.60090.28931450.26172585273099
2.6009-2.64150.30991410.256326202761100
2.6415-2.68480.35851410.258426212762100
2.6848-2.73110.30951300.253126552785100
2.7311-2.78080.32841320.259425602692100
2.7808-2.83430.33331390.250126402779100
2.8343-2.89220.28621250.243626082733100
2.8922-2.9550.3051620.251526212783100
2.955-3.02380.28471580.240725732731100
3.0238-3.09940.30311350.238726342769100
3.0994-3.18320.29091300.23582612274299
3.1832-3.27690.24941400.236525952735100
3.2769-3.38270.28571490.23742610275999
3.3827-3.50360.26521500.24032624277499
3.5036-3.64380.28311370.22422579271699
3.6438-3.80970.241280.21942620274899
3.8097-4.01050.26291390.20362608274799
4.0105-4.26180.22061270.18852634276199
4.2618-4.59080.23531340.178526272761100
4.5908-5.05280.19461370.169626482785100
5.0528-5.78370.28891420.20092637277999
5.7837-7.28620.25951450.22372616276199
7.2862-82.6950.27671330.18662688282199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.55260.04020.48951.05290.17383.12070.10140.0804-0.07930.09430.0635-0.15690.39670.01310.07760.29290.0319-0.0140.2598-0.02420.3874-20.9369-13.2607-20.5507
23.05631.79760.43231.79520.33331.36660.5064-0.6075-0.44750.3007-0.3764-0.07410.0641-0.26440.11510.5946-0.1722-0.07350.5180.07260.4801-15.2698-18.234637.76
31.23980.4940.8860.97770.92933.2154-0.1750.2809-0.1372-0.07870.2746-0.2389-0.19140.39870.08370.528-0.11570.07430.4834-0.02630.472910.93212.87844.948
42.8811.4373-0.08861.886-0.95261.8420.0063-0.7155-0.0692-0.0865-0.1940.1310.3126-0.2784-0.68440.2073-0.00420.09030.41380.0020.296918.6945-7.1456-24.7839
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 3:392)A3 - 392
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 1:392)B1 - 392
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 3:392)C3 - 392
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resseq 6:392)D6 - 392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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