PDB-6qj6: The structure of Trehalose-6-phosphatase from Burkholderia pseudo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qj6

タイトル

The structure of Trehalose-6-phosphatase from Burkholderia pseudomallei

要素

Trehalose 6-phosphate phosphatase

キーワード

HYDROLASE / Trehalose-6-phosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

trehalose-phosphatase / trehalose-phosphatase activity / trehalose biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Gourlay, L.J.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Functional and structural analysis of trehalose-6-phosphate phosphatase from Burkholderia pseudomallei: Insights into the catalytic mechanism.
著者: Suthisawat, S. / Gourlay, L.J. / Bolognesi, M. / Boonyuen, U. / Vanaporn, M.

履歴

登録	2019年1月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.2	2020年2月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2020年3月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qj6.cif.gz	208.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qj6.ent.gz	167.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qj6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qj6_validation.pdf.gz	432.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qj6_full_validation.pdf.gz	434.9 KB	表示
XML形式データ	6qj6_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	6qj6_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/6qj6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/6qj6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rczC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3v83-3 3v83-6 3v83-2 3v83-1 3ow4-d 3siy-d 4l9m-d 1ly9-d 1s9r-d 3bqr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Trehalose 6-phosphate phosphatase

E: Trehalose 6-phosphate phosphatase

ヘテロ分子

57.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Trehalose 6-phosphate phosphatase

ヘテロ分子

E: Trehalose 6-phosphate phosphatase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
57.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.926, 83.843, 84.978
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Trehalose 6-phosphate phosphatase 分子量: 28651.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (strain K96243) (類鼻疽菌) 株: K96243 / 遺伝子: otsB, BPSL2411 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63SB3, trehalose-phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: condition G1 from the Morpheus Screen (Molecular Dimensions)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→59.683 Å / Num. obs: 35129 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 13 % / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 1.74→1.946 Å / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 1.776 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1757 / % possible all: 69

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.74→59.683 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.22

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2328	1788	5.09 %
R_work	0.191	-	-
obs	0.1931	35122	62.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→59.683 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3883	0	3	173	4059

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3968
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.679	5397
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.911	3299
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	610
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	730

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7403-1.7874	0.2574	8	0.2609	97	X-RAY DIFFRACTION	2
1.7874-1.84	0.4439	10	0.331	302	X-RAY DIFFRACTION	7
1.84-1.8994	0.3185	30	0.2843	597	X-RAY DIFFRACTION	15
1.8994-1.9673	0.2771	40	0.2662	1046	X-RAY DIFFRACTION	26
1.9673-2.046	0.3175	80	0.2473	1621	X-RAY DIFFRACTION	40
2.046-2.1391	0.287	149	0.2551	2394	X-RAY DIFFRACTION	60
2.1391-2.2519	0.2961	170	0.2331	3071	X-RAY DIFFRACTION	75
2.2519-2.393	0.2629	175	0.2237	3489	X-RAY DIFFRACTION	85
2.393-2.5778	0.2747	213	0.2321	3955	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5778-2.8372	0.2702	210	0.2264	4133	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8372-3.2477	0.2503	247	0.2065	4107	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2477-4.0917	0.233	220	0.1645	4175	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0917-59.7183	0.1594	236	0.141	4347	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.056	0.0832	-0.211	1.3043	-1.6204	2.083	0.0102	-0.1799	-0.0314	0.4229	-0.0769	0.0071	0.1502	-0.0723	0.1128	0.2488	0.0257	-0.0196	0.2969	0.012	0.282	90.7379	-19.1305	-4.4506
2	2.3737	-0.7574	-1.26	0.7604	0.6571	1.6664	-0.0068	-0.3129	-0.0021	0.0441	0.0529	0.058	0.0301	0.1868	-0.0364	0.1045	-0.0002	-0.024	0.1441	0.0047	0.0963	70.8353	-1.2882	-4.6442
3	2.292	0.516	-0.3342	0.8825	0.4222	2.2594	-0.0826	0.0166	0.0725	0.1146	-0.0657	0.2081	0.0315	-0.3489	-0.0094	0.1421	0.0135	0.0134	0.0997	-0.0105	0.17	71.5241	-46.0339	0.3967
4	3.4772	-0.4674	0.232	3.0673	0.0572	2.156	0.0315	-0.4305	0.806	0.2824	0.1394	-0.1838	-0.4178	0.3555	0.0856	0.2632	-0.0431	0.0166	0.3746	-0.0868	0.3235	62.5242	-26.8106	19.3072
5	2.6135	0.3871	0.1077	1.0623	0.4229	2.2944	-0.0313	-0.0454	0.1487	0.1068	-0.0212	0.1301	-0.1964	-0.0227	-0.0486	0.1138	0.0164	0.0066	0.0805	0.0206	0.1075	80.4942	-42.6846	0.9393

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 21 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 266 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'E' and (resid 12 through 117 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'E' and (resid 118 through 192 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 193 through 265 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)