PDB-6qis: Crystal structure of CAG repeats with synthetic CMBL3a compound (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qis

タイトル

Crystal structure of CAG repeats with synthetic CMBL3a compound (model II)

要素

RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

キーワード

RNA / CAG repeats / CMBL / RNA complex with ligand

機能・相同性

CMBL3a / RNA

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Kiliszek, A. / Blaszczyk, L. / Rypniewski, W. / Nakatani, K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into synthetic ligands targeting A-A pairs in disease-related CAG RNA repeats.
著者: Mukherjee, S. / Blaszczyk, L. / Rypniewski, W. / Falschlunger, C. / Micura, R. / Murata, A. / Dohno, C. / Nakatani, K. / Kiliszek, A.

履歴

登録	2019年1月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6qis.ent.gz	80.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6qis_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qis_full_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示
XML形式データ	6qis_validation.xml.gz	7.2 KB	表示
CIF形式データ	6qis_validation.cif.gz	9.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/6qis ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/6qis	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6qiqC 6qirC 6qitC 6qivC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qit-2 6qiv-1 6qit-1 6qir-2 6qiq-d 2jn0-d 5t8r-2 2kuh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

B: RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

C: RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

D: RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

E: RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

F: RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

G: RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

H: RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

ヘテロ分子

24.6 kDa, 8 ポリマー
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1

A: RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

B: RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
6.13 kDa, 2 ポリマー
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2

C: RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

D: RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
6.23 kDa, 2 ポリマー
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3

E: RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

F: RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
6.13 kDa, 2 ポリマー
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4

G: RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

H: RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
6.13 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	45.810, 51.154, 118.463
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

#1: RNA鎖	RNA (5'-R(GPCPAPGPCPAPGPC)-3') 分子量: 2564.617 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物	ChemComp-J48 / CMBL3a 分子量: 500.529 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₆N₇O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.64 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 10mM MgCl2, 1M Li2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.917143 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.917143 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→42.73 Å / Num. obs: 19670 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.1 % / B_iso Wilson estimate: 42.8 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 1.99→2.11 Å / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3110 / CC_1/2: 0.92 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.99→42.73 Å / SU ML: 0.2605 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.9747

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2767	969	4.98 %
R_work	0.2393	-	-
obs	0.2412	19465	98.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→42.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	1360	301	126	1787

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	2029
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1865	3090
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0504	347
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	367
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.0229	1161

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.99-2.1	0.3715	134	0.3217	2576	X-RAY DIFFRACTION	98.58
2.1-2.23	0.3193	138	0.3128	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.23-2.4	0.369	137	0.2957	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.4-2.64	0.3166	138	0.2902	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.64-3.03	0.3107	138	0.2747	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.15
3.03-3.81	0.2383	139	0.203	2641	X-RAY DIFFRACTION	98.06
3.81-42.74	0.2385	145	0.1995	2770	X-RAY DIFFRACTION	97.98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.25265491757	-2.17929678601	-4.93959514994	5.72504824487	2.95344078007	6.61622313707	-0.130894285915	0.584532799763	-1.32296664434	0.255976843937	-0.437740175595	0.0585750756458	0.599152802808	0.512588973209	0.570438932474	0.320335085672	0.126664737293	0.0395259125099	0.439349501494	-0.023606671231	0.489094584783	-2.93342862831	7.14561696737	-26.4505097867
2	1.59503431133	-0.358151477175	0.282471987113	1.33652529455	0.214985181083	2.67820765641	-0.72049299586	0.0345785813976	-0.310671291894	1.64222361389	0.655597772309	0.576892788047	0.413533704006	-1.66303535593	0.0205831404234	0.728804014167	0.134202907274	0.186298590561	0.607981211491	0.0971363009798	0.543615660622	-13.2779071261	6.77942138822	-18.0441236812
3	9.48619091874	-4.229427661	1.56393541489	8.01376072714	-4.02605828773	4.10851402885	-0.916414357083	-0.268455441087	-0.646934452937	0.762265883025	1.05184253794	1.02756231961	0.383015028501	-1.34124299687	-0.205766413715	0.385414896436	0.0173234104477	0.068539222779	0.367869508001	0.0286612999972	0.411117538605	-18.0595941592	17.9992144127	-21.6962623845
4	5.19917497403	1.2959391916	0.570893617857	4.25817193448	-0.00125700168099	2.89176332495	-0.228757518851	0.570703016836	-0.0855877048496	-0.455607479924	0.139781331913	-0.348453421814	-0.0104711161495	-0.134760816559	0.0362402994685	0.266147340321	-0.0688558814155	0.0495019625058	0.451302261632	-0.0498255543607	0.356694928067	-12.6465829175	18.173552152	-29.9885372831
5	2.09889545975	-3.44440568844	0.0449582705031	6.80728822318	-0.334205948663	0.0510157097568	-0.393469047492	-0.197418197278	-0.170458830723	0.718444350065	0.437499056896	1.12049946963	0.164353389259	0.111242256754	-0.0431740870046	0.440355593287	0.011635819992	0.0111043247538	0.420404375071	0.0742811722906	0.574776948921	-4.72173373795	21.9647337965	-20.5125217249
6	4.40382742185	2.77655108655	4.89330493018	3.29972576882	1.81426584988	6.48005078874	-0.657473582704	-0.0683166357075	0.946312910657	0.503470178876	0.961236475878	-0.131912743741	-0.187731583789	0.88729333645	-0.15394796264	0.390118964016	0.131426370299	0.0470807687576	0.458365884553	0.00452572749655	0.420585385073	2.99751533868	11.5955396685	-19.2643608208
7	8.40440063568	-0.104439095493	2.45244185719	5.45349670875	-6.69433145582	8.90290515097	0.348067278155	-2.24262784571	-1.53518582841	-0.62484489863	-0.689294126428	-0.0963465661836	1.41508355245	-0.387967190535	0.343076069278	0.516535451647	-0.175500230015	0.0689891284637	0.492402548602	-0.0524970182518	0.6593621243	-21.3438524027	-17.8567805504	-2.46456398124
8	8.6145131969	-1.72212445301	0.757354907661	1.65567742489	-1.9911799314	2.64563052018	-0.0574080113479	0.53540682568	-0.045543509866	0.46190111841	0.855877820668	-0.123713567471	1.93509854936	0.981305145491	-0.677584697904	1.02473504788	-0.0373914412678	0.15083500402	0.476130807187	-0.0810264640284	0.652192234261	-12.9804210141	-17.9958870384	-11.6805525638
9	3.66660846205	-1.30421735819	-3.81036688019	5.34528341632	-0.472311902537	4.63074970764	-0.1087901355	-0.511721110043	-1.28207178828	0.130314470123	0.315835475975	-0.419414847392	0.538479958388	1.79867326317	-0.159064485071	0.341131243987	0.0323060837433	0.0767939125518	0.512984503202	-0.0499479920925	0.472309635255	-5.81638882806	-7.97392546554	-7.86401709415
10	5.70800970865	-2.47324907966	4.62893526349	5.65110540042	-1.47453458029	3.81926312219	-0.414900330708	-1.55290260557	-0.503643102339	0.713530561776	0.666587473503	-0.216102130055	-0.349890112078	-0.211835124715	-0.295687041621	0.408664822952	0.101596363025	0.0896710536713	0.534087917436	0.0356773969131	0.29345302705	-11.3404174597	-7.68611249991	0.457090458488
11	2.90225323753	2.87076587564	1.54498397071	3.35088371825	2.33912252686	2.10891249059	-0.358538670122	0.565312691783	-0.507491981495	-0.134191974266	0.442442421149	-0.429468619322	0.527683330789	-0.195722980091	0.0322025330569	0.408964432369	-0.0409781863196	0.0818028317529	0.385478887293	-0.0726660153986	0.354165977718	-18.9259487809	-3.72234367495	-9.29636634589
12	4.00274394559	-2.19077750361	3.98647902144	3.38069106459	-0.198005946102	5.83481347269	0.00428927803963	-0.250609681735	1.02846702627	-0.295364221208	0.299366236745	0.498696002388	1.02012013283	-0.725448775387	-0.328873363151	0.535995865763	-0.192617054345	0.107316860583	0.630945378083	0.0374995714725	0.548852045856	-26.9459307222	-13.8828464603	-10.2924492332
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
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2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 4 through 6 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 7 through 8 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 3 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 4 through 6 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 7 through 8 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1 through 3 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 4 through 6 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 7 through 8 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 1 through 3 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 4 through 6 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 7 through 8 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 1 through 3 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 4 through 6 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 7 through 8 )
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18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 7 through 8 )
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24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'H' and (resid 7 through 8 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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