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- PDB-6qil: The complex structure of hsRosR-S1 (VNG0258H/RosR-S1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qil
タイトルThe complex structure of hsRosR-S1 (VNG0258H/RosR-S1)
要素
  • (DNA (28-MER)) x 2
  • DNA binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Halophiles / wHTH DNA binding protein / RosR / High salt medium / Protein-DNA interactions
機能・相同性Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / metal ion binding / : / DNA / DNA (> 10) / PadR family transcription regulator RosR
機能・相同性情報
生物種Halobacterium salinarum (好塩性)
Halobacterium salinarum NRC-1 (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shaanan, B. / Kutnowski, N.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation1382/13 イスラエル
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Specificity of protein-DNA interactions in hypersaline environment: structural studies on complexes of Halobacterium salinarum oxidative stress-dependent protein hsRosR.
著者: Kutnowski, N. / Shmulevich, F. / Davidov, G. / Shahar, A. / Bar-Zvi, D. / Eichler, J. / Zarivach, R. / Shaanan, B.
履歴
登録2019年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA binding protein
B: DNA binding protein
C: DNA binding protein
D: DNA binding protein
E: DNA (28-MER)
F: DNA (28-MER)
G: DNA (28-MER)
H: DNA (28-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,28034
ポリマ－87,1368
非ポリマー2,14426
水1,838102
1
A: DNA binding protein
B: DNA binding protein
E: DNA (28-MER)
F: DNA (28-MER)
ヘテロ分子


  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, SAXS results indicating that one protein dimer bound a single sequence., gel filtration, The elution volume of the complex indicated that hsRosR binds one DNA molecule as a dimer., ...根拠: SAXS, SAXS results indicating that one protein dimer bound a single sequence., gel filtration, The elution volume of the complex indicated that hsRosR binds one DNA molecule as a dimer., isothermal titration calorimetry, The binding stoichiometry was approximately one, indicating that one protein dimer bound a single sequence.
  • 45.1 kDa, 4 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,06722
ポリマ－43,5684
非ポリマー1,49918
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13130 Å2
ΔGint-202 kcal/mol
Surface area18430 Å2
手法PISA
2
C: DNA binding protein
D: DNA binding protein
G: DNA (28-MER)
H: DNA (28-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,21312
ポリマ－43,5684
非ポリマー6458
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11580 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area18310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.824, 84.304, 89.372
Angle α, β, γ (deg.)96.240, 93.750, 106.980
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
DNA binding protein


分子量: 13179.443 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (strain ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1) (好塩性)
株: ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1 / 遺伝子: VNG_0258H / 発現宿主: Haloferax volcanii (古細菌) / 株 (発現宿主): WR341 / 参照: UniProt: Q9HSF4

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 EGFH

#2: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 8666.585 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Halobacterium salinarum NRC-1 (好塩性)
#3: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 8542.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Halobacterium salinarum NRC-1 (好塩性)

-
非ポリマー , 4種, 128分子

#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: The complex crystallized from a buffer containing 20 mM HEPES, pH 7, 2 M KCl and 0.02% azide. Crystals grown with S1 (DNA/hsRosR ratio = 1.46) appeared after 3 days in wells containing 2.77 M ...詳細: The complex crystallized from a buffer containing 20 mM HEPES, pH 7, 2 M KCl and 0.02% azide. Crystals grown with S1 (DNA/hsRosR ratio = 1.46) appeared after 3 days in wells containing 2.77 M (NH4)2SO4, 50 mM MnCl2 and 0.02% azide.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→44.548 Å / Num. obs: 57497 / % possible obs: 90.9 % / 冗長度: 3.5 % / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.88→2.124 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3338精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
STARANISOデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: The starting model for molecular replacement was VNG0258H/RosR (from KCl; PDB code 6FDH) and a DNA model derived from Mycobacterium tuberculosis MosR (PDB code 4FX4) but with the S1 sequence.

6fdh

4fx4


解像度: 2→44.548 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 33.4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 2781 4.97 %
Rwork0.2075 --
obs0.2089 55939 64.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 174.85 Å2 / Biso mean: 66.5378 Å2 / Biso min: 11.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→44.548 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3659 2296 106 102 6163
Biso mean--84.03 46.75 -
残基数----569
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0001-2.03460.3583210.31844146210
2.0346-2.07160.3231280.300761163915
2.0716-2.11150.338440.298978282619
2.1115-2.15460.288520.2917964101623
2.1546-2.20140.3168670.2971293136031
2.2014-2.25260.3177840.29411607169139
2.2526-2.3090.3471750.28141889196445
2.309-2.37140.3151170.28232094221151
2.3714-2.44120.28551550.28392388254358
2.4412-2.51990.31371500.27592707285765
2.5199-2.610.26871790.27852959313872
2.61-2.71450.3031890.28783334352381
2.7145-2.8380.33621880.30093825401393
2.838-2.98760.29532240.27194108433298
2.9876-3.17470.26692060.24884034424098
3.1747-3.41980.22712020.21864068427097
3.4198-3.76380.22842270.18924049427698
3.7638-4.3080.18632060.15864081428798
4.308-5.42610.19691690.16144042421197
5.4261-44.55910.18851980.16283882408093
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.20563.9098-3.16599.5112-2.13473.7636-0.1023-0.18380.45010.1261-0.2432-0.3809-0.15880.24650.3551.12270.2894-0.27471.0356-0.00210.7857-20.2816.2505-23.4692
26.1261-5.63611.83265.76150.97632.0083-0.1441.4466-0.0103-1.32370.19761.5053-0.3959-1.2452-0.03430.4763-0.1116-0.1760.61440.13030.4518-9.517216.624-18.1708
32.1876-1.18320.9175.4247-0.27871.1266-0.1087-0.27180.29680.27980.36220.045-0.3258-0.2288-0.23590.36270.05310.03520.28110.04890.4097-7.628821.2567-6.1706
43.4254.3259-3.90431.99821.98342.00230.3021-0.53240.4273-0.3943-0.1216-0.9259-0.30190.8728-0.18390.3757-0.09150.1250.38230.0170.47853.181720.0562-9.8397
53.6281-0.02430.710.34260.63521.51780.26040.46340.7183-1.07010.14350.5855-1.0057-0.391-0.32540.7120.0334-0.02950.44690.24910.6646-8.592126.3457-17.7449
65.42122.75510.40663.91880.67893.1683-0.2720.59111.2597-0.40240.24450.5071-1.0347-0.36830.03660.61020.1378-0.04490.47660.19590.7135-14.637327.9013-11.7426
73.2554-0.0812-0.99172.58881.75996.0313-0.18680.3429-0.0611-0.0538-0.01920.3380.3863-0.69910.20290.1654-0.0343-0.02330.3424-0.02850.3692-23.08992.3233-6.8708
82.01252.73984.47999.5093-6.87792.00280.0442-1.26011.33240.68670.39740.357-1.5115-0.1756-0.37280.36810.09620.04540.4898-0.10370.5598-20.677514.61676.4017
96.39871.3636-3.17425.07292.83985.57690.0319-0.5779-0.41950.36790.4438-0.87060.62041.0688-0.48790.33710.0762-0.09120.3325-0.04590.3216-4.61594.6886-11.6576
103.0463-2.7466-1.84925.49271.36714.1971-0.07150.5055-0.4686-0.4539-0.11260.72560.4974-0.79840.10270.4208-0.1005-0.03460.4448-0.03140.3029-15.5983-2.2551-22.0735
119.0935-1.7121.61849.16124.24738.73930.39281.2384-0.3464-0.9235-0.00530.4047-0.3313-1.1543-0.37210.5584-0.001-0.05830.6385-0.03140.3238-17.13386.0356-28.1139
122.77020.1616-2.37825.5624-2.18318.4275-0.12630.4007-0.0807-0.8128-0.0245-0.6160.33950.62240.15020.3756-0.00280.08340.4561-0.09080.3086-4.6367-1.2898-23.4703
136.59012.8833.22439.21195.61422.0048-0.20960.1589-0.9005-0.6184-0.64470.72861.5984-0.11070.81270.7416-0.01450.08430.4969-0.12490.6146-9.5046-14.3149-25.7249
142.6613-0.7988-1.66381.88160.62972.0441-0.0092-0.11080.45270.01010.2538-0.21090.1015-0.2906-0.26870.18890.0186-0.0310.3249-0.01190.3125-13.93125.5781-7.3169
150.46291.00080.30192.85970.08290.7469-0.00580.2481.0397-0.1674-0.01981.0271-0.086-0.59020.01060.28640.0423-0.00120.8520.10290.6625-28.591612.4758-5.2526
167.9991.96421.71485.49812.71582.00750.40261.1618-1.9738-0.48470.20190.3810.7122-0.6889-0.58770.4653-0.2377-0.14110.8892-0.05460.7989-32.51630.4282-12.8149
179.9316.4178-4.18596.71920.73696.38180.03850.75031.1536-0.97710.36750.8614-0.023-0.5617-0.40490.4813-0.00330.00480.55850.05580.3184-9.768810.776315.8338
189.42530.5042-0.44628.79961.86684.7664-0.09930.0412-0.25320.75470.2837-0.58360.52170.1074-0.1650.24140.0125-0.0460.19050.03210.2165-4.0432-0.104510.742
198.36142.89623.43285.89263.34335.6975-0.0855-0.5431-0.9680.79150.1128-0.74630.71850.4841-0.07380.45070.0622-0.08490.34580.08880.4229-1.8371-8.723414.7449
203.34620.89870.06466.9586-0.67454.97030.1722-1.0343-0.58061.0339-0.38920.22820.7843-0.29550.25210.4598-0.08160.04940.4690.09230.2963-12.2092-4.965717.1154
212.05255.1742.30942.03285.92277.46990.10820.55870.09670.1458-0.25471.2960.6912-1.01860.01360.3208-0.0478-0.01370.4462-0.02650.399-16.0656-0.7226.7474
227.3132-2.9398-0.86792.0053-2.73577.0103-0.29510.6593-0.2354-0.62720.58150.33871.1274-0.3807-0.24970.633-0.2117-0.04860.4735-0.08370.5201-14.7104-14.0694.2186
232.51280.7791-0.92054.03310.7312.29590.0542-0.18050.89250.10290.1923-0.0764-0.08290.1249-0.23740.18310.0604-0.01180.2774-0.01760.31144.364411.44767.6404
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382.1620.2062-1.99035.0949-0.90314.3145-0.24650.5642-0.3715-1.4533-0.1491-0.4197-0.5044-0.03050.42580.9184-0.10380.19060.7889-0.23670.5039-5.168-6.4463-34.2431
395.1151-4.6921-2.72664.53631.19429.8198-0.24780.91130.4065-1.66490.3075-1.5615-1.00720.0606-0.2180.7921-0.24210.29520.6030.04920.69654.679216.2512-26.9613
401.8307-1.5042-1.38025.32860.99572.53030.7353-0.26420.37850.41940.1044-1.1765-1.02780.5114-0.77611.242-0.28310.01270.50260.00041.23475.646539.7952-6.9833
412.7964-0.28181.12113.70570.09981.51490.4222-0.5060.18080.76070.26550.02460.0186-0.2143-0.25491.5569-0.3445-0.00871.159-1.55571.2103-5.715240.941840.3779
423.00830.1327-0.25961.69-0.07082.36250.3049-0.840.35880.8423-0.11050.08030.09-0.3997-0.18310.9672-0.1810.0771.0393-0.38060.6624-4.438322.066638.395
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464.24531.5492.35212.7062-0.45866.70440.289-1.287-0.34051.4717-0.41830.28930.7328-1.05530.07650.9288-0.23250.12060.68410.06120.5356-17.0955-11.450621.8898
472.04950.6494-0.95480.32-1.54338.32990.2821-1.89280.76981.4667-0.5672-0.0840.3659-1.11090.24450.6918-0.20030.01021.0284-0.22220.592-11.724110.46133.3475
481.95970.85550.96862.31530.89990.59950.5424-0.60720.2120.3717-0.65930.2127-0.4151-0.72480.15481.4888-0.19990.15471.2614-0.57550.8595-1.971632.81141.2042
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 7:13)A7 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 14:20)A14 - 20
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 21:44)A21 - 44
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 45:51)A45 - 51
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 52:67)A52 - 67
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 68:92)A68 - 92
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 93:115)A93 - 115
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 116:121)A116 - 121
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 6:19)B6 - 19
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 20:38)B20 - 38
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 39:48)B39 - 48
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 49:66)B49 - 66
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 67:77)B67 - 77
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 78:103)B78 - 103
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 104:114)B104 - 114
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 115:121)B115 - 121
17X-RAY DIFFRACTION17(chain C and resid 10:16)C10 - 16
18X-RAY DIFFRACTION18(chain C and resid 17:30)C17 - 30
19X-RAY DIFFRACTION19(chain C and resid 31:47)C31 - 47
20X-RAY DIFFRACTION20(chain C and resid 48:60)C48 - 60
21X-RAY DIFFRACTION21(chain C and resid 61:70)C61 - 70
22X-RAY DIFFRACTION22(chain C and resid 71:77)C71 - 77
23X-RAY DIFFRACTION23(chain C and resid 78:114)C78 - 114
24X-RAY DIFFRACTION24(chain C and resid 115:121)C115 - 121
25X-RAY DIFFRACTION25(chain D and resid 8:40)D8 - 40
26X-RAY DIFFRACTION26(chain D and resid 41:47)D41 - 47
27X-RAY DIFFRACTION27(chain D and resid 48:56)D48 - 56
28X-RAY DIFFRACTION28(chain D and resid 57:67)D57 - 67
29X-RAY DIFFRACTION29(chain D and resid 68:79)D68 - 79
30X-RAY DIFFRACTION30(chain D and resid 80:91)D80 - 91
31X-RAY DIFFRACTION31(chain D and resid 92:112)D92 - 112
32X-RAY DIFFRACTION32(chain D and resid 113:121)D113 - 121
33X-RAY DIFFRACTION33(chain E and resid 1:4)E1 - 4
34X-RAY DIFFRACTION34(chain E and resid 5:10)E5 - 10
35X-RAY DIFFRACTION35(chain E and resid 11:20)E11 - 20
36X-RAY DIFFRACTION36(chain E and resid 21:28)E21 - 28
37X-RAY DIFFRACTION37(chain F and resid 1:4)F1 - 4
38X-RAY DIFFRACTION38(chain F and resid 5:10)F5 - 10
39X-RAY DIFFRACTION39(chain F and resid 11:20)F11 - 20
40X-RAY DIFFRACTION40(chain F and resid 21:28)F21 - 28
41X-RAY DIFFRACTION41(chain G and resid 1:4)G1 - 4
42X-RAY DIFFRACTION42(chain G and resid 5:11)G5 - 11
43X-RAY DIFFRACTION43(chain G and resid 12:21)G12 - 21
44X-RAY DIFFRACTION44(chain G and resid 22:28)G22 - 28
45X-RAY DIFFRACTION45(chain H and resid 1:4)H1 - 4
46X-RAY DIFFRACTION46(chain H and resid 5:13)H5 - 13
47X-RAY DIFFRACTION47(chain H and resid 14:20)H14 - 20
48X-RAY DIFFRACTION48(chain H and resid 21:28)H21 - 28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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