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- PDB-6qii: Xenon derivatization of the F420-reducing [NiFe] hydrogenase comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qii
タイトルXenon derivatization of the F420-reducing [NiFe] hydrogenase complex from Methanosarcina barkeri
要素(Coenzyme F420 hydrogenase subunit ...補酵素F420ヒドロゲナーゼ) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / [NiFe] containing hydrogenase / reversible oxidation of dihydrogen / oxygen sensitive / methanogenic acetoclastic Archaea
機能・相同性
機能・相同性情報


補酵素F420ヒドロゲナーゼ / coenzyme F420 hydrogenase activity / ferredoxin hydrogenase activity / iron-sulfur cluster binding / nickel cation binding / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #750 / Coenzyme F420 hydrogenase subunit beta, archaea / Coenzyme F420 hydrogenase, subunit gamma / 4Fe-4S dicluster domain / Oxidoreductase FRHB/FDHB/HCAR-like / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit, N-terminal / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit, C-terminal / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit N-term / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit C terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit ...Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #750 / Coenzyme F420 hydrogenase subunit beta, archaea / Coenzyme F420 hydrogenase, subunit gamma / 4Fe-4S dicluster domain / Oxidoreductase FRHB/FDHB/HCAR-like / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit, N-terminal / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit, C-terminal / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit N-term / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit C terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / 4Fe-4S binding domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / フラビンアデニンジヌクレオチド / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Chem-NFU / 鉄・硫黄クラスター / キセノン / Coenzyme F420 hydrogenase subunit gamma / Coenzyme F420 hydrogenase subunit beta ...TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / フラビンアデニンジヌクレオチド / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Chem-NFU / 鉄・硫黄クラスター / キセノン / Coenzyme F420 hydrogenase subunit gamma / Coenzyme F420 hydrogenase subunit beta / Coenzyme F420 hydrogenase subunit alpha / Coenzyme F420 hydrogenase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina barkeri MS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Ilina, Y. / Lorent, C. / Katz, S. / Jeoung, J.H. / Shima, S. / Horch, M. / Zebger, I. / Dobbek, H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSPP 1927 ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2019
タイトル: X-ray Crystallography and Vibrational Spectroscopy Reveal the Key Determinants of Biocatalytic Dihydrogen Cycling by [NiFe] Hydrogenases.
著者: Ilina, Y. / Lorent, C. / Katz, S. / Jeoung, J.H. / Shima, S. / Horch, M. / Zebger, I. / Dobbek, H.
履歴
登録2019年1月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Coenzyme F420 hydrogenase subunit gamma
A: Coenzyme F420 hydrogenase subunit alpha
B: Coenzyme F420 hydrogenase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,28828
ポリマ－110,8503
非ポリマー4,43825
水2,936163
1
G: Coenzyme F420 hydrogenase subunit gamma
A: Coenzyme F420 hydrogenase subunit alpha
B: Coenzyme F420 hydrogenase subunit beta
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,383,460336
ポリマ－1,330,20636
非ポリマー53,254300
水64936
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
crystal symmetry operation17_545z,x-1/2,y+1/21
crystal symmetry operation18_544z,-x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation19_545-z,-x-1/2,y+1/21
crystal symmetry operation20_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation45_545y+1/2,z-1/2,x1
crystal symmetry operation46_445-y-1/2,z-1/2,-x1
crystal symmetry operation47_545y+1/2,-z-1/2,-x1
crystal symmetry operation48_445-y-1/2,-z-1/2,x1
Buried area253950 Å2
ΔGint-2238 kcal/mol
Surface area329590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)236.705, 236.705, 236.705
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-305-

FES

21G-305-

FES

31A-505-

144

41A-505-

144

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要素

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Coenzyme F420 hydrogenase subunit ... , 3種, 3分子 GAB

#1: タンパク質 Coenzyme F420 hydrogenase subunit gamma / 補酵素F420ヒドロゲナーゼ


分子量: 30020.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina barkeri MS (古細菌)
参照: UniProt: A0A0E3LP72, 補酵素F420ヒドロゲナーゼ
#2: タンパク質 Coenzyme F420 hydrogenase subunit alpha / 補酵素F420ヒドロゲナーゼ


分子量: 48531.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina barkeri MS (古細菌) / 参照: UniProt: A0A0E3QYL7*PLUS
#3: タンパク質 Coenzyme F420 hydrogenase subunit beta / 補酵素F420ヒドロゲナーゼ


分子量: 32298.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina barkeri MS (古細菌) / 参照: UniProt: A0A1D2X0K1, UniProt: A0A0E3QWH3*PLUS

-
非ポリマー , 10種, 188分子

#4: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物 ChemComp-144 / TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / メチルトリス(ヒドロキシメチル)アミニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3
#6: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#7: 化合物
ChemComp-XE / XENON / キセノン / キセノン


分子量: 131.293 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#8: 化合物
ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#9: 化合物 ChemComp-NFU / formyl[bis(hydrocyanato-1kappaC)]ironnickel(Fe-Ni) / NI-FE REDUCED ACTIVE CENTER


分子量: 195.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3HFeN2NiO
#10: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#11: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#12: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#13: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tris, MPD, PEG1000

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 1.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→50 Å / Num. obs: 97909 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 20 % / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 23.32
反射 シェル解像度: 2.28→2.42 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータスケーリング
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QGR

6qgr


解像度: 2.28→45.554 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 2102 2.15 %
Rwork0.176 --
obs0.1771 97872 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→45.554 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7578 0 163 163 7904
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0117969
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14310839
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.084811
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631219
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061375
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.279-2.3320.56031410.60726405X-RAY DIFFRACTION99
2.332-2.39030.42131410.3736381X-RAY DIFFRACTION100
2.3903-2.45490.32951400.30686388X-RAY DIFFRACTION100
2.4549-2.52710.36091390.30166332X-RAY DIFFRACTION100
2.5271-2.60870.29821410.24366417X-RAY DIFFRACTION100
2.6087-2.70190.36381430.24786403X-RAY DIFFRACTION100
2.7019-2.81010.31391400.22956308X-RAY DIFFRACTION100
2.8101-2.9380.31561390.21186400X-RAY DIFFRACTION100
2.938-3.09280.24151380.20256455X-RAY DIFFRACTION100
3.0928-3.28660.26011380.19136358X-RAY DIFFRACTION100
3.2866-3.54020.25621390.17566386X-RAY DIFFRACTION100
3.5402-3.89630.18751410.1626390X-RAY DIFFRACTION100
3.8963-4.45970.17211420.13646379X-RAY DIFFRACTION100
4.4597-5.61710.18941400.13316368X-RAY DIFFRACTION100
5.6171-45.5630.15761400.12586400X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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