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- PDB-6qi5: Near Atomic Structure of an Atadenovirus Shows a possible gene du... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qi5
タイトルNear Atomic Structure of an Atadenovirus Shows a possible gene duplication event and Intergenera Variations in Cementing Proteins
要素
  • Hexon protein
  • PIIIa
  • Penton protein
  • Pre-hexon-linking protein VIII
  • Protein LH3
キーワードVIRUS / adenovirus atadenovirus virus evolution
機能・相同性
機能・相同性情報


T=25 icosahedral viral capsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / hexon binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell / viral capsid / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Adenovirus large t-antigen, E1B 55kDa protein / Adenovirus EB1 55K protein / large t-antigen / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 3 / Pre-hexon-linking protein IIIa / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 2 / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain ...Adenovirus large t-antigen, E1B 55kDa protein / Adenovirus EB1 55K protein / large t-antigen / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 3 / Pre-hexon-linking protein IIIa / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 2 / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain / Hexon, adenovirus major coat protein, C-terminal domain / Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
Penton protein / Pre-hexon-linking protein VIII / Protein LH3 / PIIIa / Hexon protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lizard adenovirus 2 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Condezo, G.N. / Marabini, R. / Gomez-Blanco, J. / SanMartin, C.
引用
ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Near-atomic structure of an atadenovirus reveals a conserved capsid-binding motif and intergenera variations in cementing proteins.
著者: Roberto Marabini / Gabriela N Condezo / Mart Krupovic / Rosa Menéndez-Conejero / Josué Gómez-Blanco / Carmen San Martín /
要旨: Of five known adenovirus genera, high-resolution structures are available only for mammalian-infecting mastadenoviruses. We present the first high-resolution structure of an adenovirus with ...Of five known adenovirus genera, high-resolution structures are available only for mammalian-infecting mastadenoviruses. We present the first high-resolution structure of an adenovirus with nonmammalian host: lizard atadenovirus LAdV-2. We find a large conformational difference in the internal vertex protein IIIa between mast- and atadenoviruses, induced by the presence of an extended polypeptide. This polypeptide, and α-helical clusters beneath the facet, likely correspond to genus-specific proteins LH2 and p32k. Another genus-specific protein, LH3, with a fold typical of bacteriophage tailspikes, contacts the capsid surface via a triskelion structure identical to that used by mastadenovirus protein IX, revealing a conserved capsid-binding motif and an ancient gene duplication event. Our data also suggest that mastadenovirus E1B-55 K was exapted from the atadenovirus-like LH3 protein. This work provides new information on the evolution of adenoviruses, emphasizing the importance of minor coat proteins for determining specific physicochemical properties of virions and most likely their tropism.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Near Atomic Structure of an Atadenovirus Reveals a Conserved Capsid-Binding Motif and Intergenera Variations in Cementing Proteins
著者: Marabini, R. / Condezo, G.N. / Gomez-Blanco, J. / San Martin, C.
履歴
登録2019年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_and_software_defined_assembly
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  • マップデータ: EMDB-4551
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hexon protein
L: Hexon protein
K: Hexon protein
J: Hexon protein
H: Hexon protein
I: Hexon protein
G: Hexon protein
F: Hexon protein
E: Hexon protein
D: Hexon protein
C: Hexon protein
B: Hexon protein
S: Protein LH3
T: Protein LH3
R: Protein LH3
Q: Protein LH3
P: Pre-hexon-linking protein VIII
O: Pre-hexon-linking protein VIII
N: PIIIa
M: Penton protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,566,13520
ポリマ－1,566,13520
非ポリマー00
水00
1
A: Hexon protein
L: Hexon protein
K: Hexon protein
J: Hexon protein
H: Hexon protein
I: Hexon protein
G: Hexon protein
F: Hexon protein
E: Hexon protein
D: Hexon protein
C: Hexon protein
B: Hexon protein
S: Protein LH3
T: Protein LH3
R: Protein LH3
Q: Protein LH3
P: Pre-hexon-linking protein VIII
O: Pre-hexon-linking protein VIII
N: PIIIa
M: Penton protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,968,0731200
ポリマ－93,968,0731200
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
手法PISA
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質
Hexon protein / CP-H / Protein II


分子量: 101861.930 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lizard adenovirus 2 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A076FYV7
#2: タンパク質
Protein LH3


分子量: 41158.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lizard adenovirus 2 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A076FYU8
#3: タンパク質 Pre-hexon-linking protein VIII / Pre-protein VIII / pVIII


分子量: 30744.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lizard adenovirus 2 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A076FT36
#4: タンパク質 PIIIa


分子量: 67049.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lizard adenovirus 2 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A076FYV2
#5: タンパク質 Penton protein / CP-P / Penton base protein / Protein III


分子量: 50619.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lizard adenovirus 2 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A076FT28

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Lizard adenovirus 2 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 150 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Lizard adenovirus 2 (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Heloderma horridum
ウイルス殻直径: 940 nm / 三角数 (T数): 25
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/4
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 54 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2Scipion粒子像選択
5CTFFINDCTF補正
6ScipionCTF補正
9UCSF Chimeraモデルフィッティング
10Scipionモデルフィッティング
12RELION初期オイラー角割当
13Scipion初期オイラー角割当
14RELION最終オイラー角割当
15Scipion最終オイラー角割当
16RELION分類
17Scipion分類
18RELION３次元再構成
19Scipion３次元再構成
20Cootモデル精密化
21PHENIXモデル精密化
22REFMACモデル精密化
23Scipionモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16071 / 対称性のタイプ: POINT
精密化立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0064108998
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.9774148862
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0615835
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.007319857
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.784363967

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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