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- PDB-6qhn: Metagenome-derived salicylaldehyde dehydrogenase from alpine soil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qhn
タイトルMetagenome-derived salicylaldehyde dehydrogenase from alpine soil in complex with protocatechuic acid
要素SALICYLALDEHYDE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / salicylaldehyde dehydrogenase / metagenome / alpine soil / complex
機能・相同性3,4-DIHYDROXYBENZOIC ACID
機能・相同性情報
生物種Alphaproteobacteria (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hakansson, M. / Svensson, L.A. / Shamsudeen, D.U. / Allen, C.C.R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2022
タイトル: Expression, purification and crystallization of a novel metagenome-derived salicylaldehyde dehydrogenase from Alpine soil.
著者: Dandare, S.U. / Hakansson, M. / Svensson, L.A. / Timson, D.J. / Allen, C.C.R.
履歴
登録2019年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年2月2日Group: Author supporting evidence / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entry_details
改定 1.32022年5月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SALICYLALDEHYDE DEHYDROGENASE
B: SALICYLALDEHYDE DEHYDROGENASE
C: SALICYLALDEHYDE DEHYDROGENASE
D: SALICYLALDEHYDE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,2229
ポリマ－196,5144
非ポリマー7095
水28,9861609
1
A: SALICYLALDEHYDE DEHYDROGENASE
C: SALICYLALDEHYDE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,6575
ポリマ－98,2572
非ポリマー4003
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7410 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area32310 Å2
手法PISA
2
B: SALICYLALDEHYDE DEHYDROGENASE
D: SALICYLALDEHYDE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,5654
ポリマ－98,2572
非ポリマー3082
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7090 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area32370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.839, 121.728, 318.048
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-934-

HOH

21D-888-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
SALICYLALDEHYDE DEHYDROGENASE


分子量: 49128.480 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alphaproteobacteria (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-DHB / 3,4-DIHYDROXYBENZOIC ACID / プロトカテク酸


分子量: 154.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1609 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6 and 8 % w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97629 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97629 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→29.89 Å / Num. obs: 177084 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 31.44 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.9-1.935.71.648186060.3920.7581.81798.7
10.41-29.894.80.0452811460.9970.0220.0595.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.9 Å29.89 Å
Translation1.9 Å29.89 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSJun 1, 2017データ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JZ6

4jz6


解像度: 1.9→27.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU R Cruickshank DPI: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.132 / SU Rfree Blow DPI: 0.118 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.115
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 8994 5.08 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.181 176985 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 183.02 Å2 / Biso mean: 37.33 Å2 / Biso min: 5.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1845 Å20 Å20 Å2
2---1.9674 Å20 Å2
3---1.7829 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→27.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13636 0 50 1614 15300
Biso mean--46.03 45.61 -
残基数----1864
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6163SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4552HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it28071HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1928SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies12HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact30259SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d28071HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg50881HARMONIC21.02
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.64
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.92
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2494 172 4.86 %
Rwork0.2197 3368 -
all0.2212 3540 -
obs--97.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4478-0.08020.05630.33330.11520.49570.00410.007-0.0384-0.030.0756-0.11770.03290.0602-0.0797-0.03980.0376-0.0024-0.0264-0.0265-0.0449-16.4296-41.755531.0657
20.663-0.1020.08290.355-0.13730.4184-0.0415-0.04610.0772-0.03840.03570.0863-0.0603-0.05740.0058-0.030.0423-0.043-0.0418-0.0225-0.0546-0.9338-81.662228.6744
30.7179-0.01670.25850.4587-0.07370.41540.0844-0.2394-0.31380.0280.04430.03950.1386-0.1077-0.1287-0.07320.0093-0.0537-0.02530.1098-0.0526-42.6021-57.415648.1369
41.32170.15390.41220.36780.18880.7388-0.1018-0.47420.4028-0.0003-0.01010.036-0.1418-0.14080.112-0.13280.0981-0.04810.0013-0.1695-0.104120.3923-70.84953.9596
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A5 - 470
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B5 - 470
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C5 - 470
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D5 - 470

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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