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- PDB-6qgt: The carbon monoxide inhibition of F420-reducing [NiFe] hydrogenas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qgt
タイトルThe carbon monoxide inhibition of F420-reducing [NiFe] hydrogenase complex from Methanosarcina barkeri
要素
  • (Coenzyme F420 hydrogenase subunit ...) x 2
  • F420-reducing hydrogenase, subunit alpha
キーワードOXIDOREDUCTASE / [NiFe] containing hydrogenase / reversible oxidation of dihydrogen / oxygen sensitive / methanogenic acetoclastic Archaea / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


coenzyme F420 hydrogenase / coenzyme F420 hydrogenase activity / oxidoreductase activity, acting on CH or CH2 groups, with an iron-sulfur protein as acceptor / ferredoxin hydrogenase activity / nickel cation binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding
類似検索 - 分子機能
: / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #750 / Coenzyme F420 hydrogenase subunit beta, archaea / Coenzyme F420 hydrogenase, subunit gamma / 4Fe-4S dicluster domain / Oxidoreductase FRHB/FDHB/HCAR-like / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit, N-terminal / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit, C-terminal / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit N-term / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit C terminus ...: / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #750 / Coenzyme F420 hydrogenase subunit beta, archaea / Coenzyme F420 hydrogenase, subunit gamma / 4Fe-4S dicluster domain / Oxidoreductase FRHB/FDHB/HCAR-like / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit, N-terminal / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit, C-terminal / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit N-term / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit C terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / 4Fe-4S binding domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Chem-J52 / IRON/SULFUR CLUSTER / coenzyme F420 hydrogenase subunit gamma / coenzyme F420 hydrogenase subunit beta / Coenzyme F420 hydrogenase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina barkeri MS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.988 Å
データ登録者Ilina, Y. / Lorent, C. / Katz, S. / Jeoung, J.H. / Shima, S. / Horch, M. / Zebger, I. / Dobbek, H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSPP 1927 ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2019
タイトル: X-ray Crystallography and Vibrational Spectroscopy Reveal the Key Determinants of Biocatalytic Dihydrogen Cycling by [NiFe] Hydrogenases.
著者: Ilina, Y. / Lorent, C. / Katz, S. / Jeoung, J.H. / Shima, S. / Horch, M. / Zebger, I. / Dobbek, H.
履歴
登録2019年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Coenzyme F420 hydrogenase subunit gamma
A: F420-reducing hydrogenase, subunit alpha
B: Coenzyme F420 hydrogenase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,86218
ポリマ－108,5593
非ポリマー3,30315
水8,755486
1
G: Coenzyme F420 hydrogenase subunit gamma
A: F420-reducing hydrogenase, subunit alpha
B: Coenzyme F420 hydrogenase subunit beta
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,342,350216
ポリマ－1,302,70836
非ポリマー39,642180
水64936
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_645z+1,x-1,y1
crystal symmetry operation9_654y+1,z,x-11
crystal symmetry operation16_555x,-y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation18_665z+1,-x+3/2,-y+1/21
crystal symmetry operation23_656y+1,-z+1/2,-x+3/21
crystal symmetry operation27_755-x+5/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation32_645-z+3/2,x-1,-y+1/21
crystal symmetry operation34_656-y+3/2,z,-x+3/21
crystal symmetry operation38_755-x+5/2,-y+1/2,z1
crystal symmetry operation43_665-z+3/2,-x+3/2,y1
crystal symmetry operation48_654-y+3/2,-z+1/2,x-11
Buried area270680 Å2
ΔGint-2268 kcal/mol
Surface area313530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)235.429, 235.429, 235.429
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-304-

FES

21G-304-

FES

31A-504-

144

41A-504-

144

51A-817-

HOH

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要素

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Coenzyme F420 hydrogenase subunit ... , 2種, 2分子 GB

#1: タンパク質 Coenzyme F420 hydrogenase subunit gamma


分子量: 27598.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina barkeri MS (古細菌) / 参照: UniProt: A0A0E3LP72, coenzyme F420 hydrogenase
#3: タンパク質 Coenzyme F420 hydrogenase subunit beta


分子量: 32297.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina barkeri MS (古細菌) / 参照: UniProt: A0A0E3QWH3, coenzyme F420 hydrogenase

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#2: タンパク質 F420-reducing hydrogenase, subunit alpha


分子量: 48662.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina barkeri MS (古細菌) / 参照: UniProt: A0A0E3QYL7*PLUS

-
非ポリマー , 10種, 501分子

#4: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#6: 化合物 ChemComp-144 / TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / メチルトリス(ヒドロキシメチル)アミニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3
#7: 化合物 ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#8: 化合物 ChemComp-J52 / dicyano-(oxidaniumylidynemethylnickelio)-(oxidanylidenemethylidene)iron


分子量: 222.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4FeN2NiO2
#9: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#10: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#11: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#12: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tris, MPD, PEG 1000, 100% CO atmosphere (1.5 bar)

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.981 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.981 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.988→50 Å / Num. obs: 73859 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20 % / Rrim(I) all: 0.236 / Net I/σ(I): 12.73
反射 シェル解像度: 1.99→5.92 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QGR

6qgr


解像度: 1.988→48.057 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2092 2099 2.84 %
Rwork0.1688 --
obs0.1699 73832 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.988→48.057 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7571 0 142 486 8199
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0137915
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16910763
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.5482970
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0941205
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071364
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9878-2.03410.47311380.42424712X-RAY DIFFRACTION99
2.0341-2.08490.38141380.34354743X-RAY DIFFRACTION100
2.0849-2.14130.32351390.30634747X-RAY DIFFRACTION100
2.1413-2.20430.30191390.27054751X-RAY DIFFRACTION100
2.2043-2.27550.32531390.25194761X-RAY DIFFRACTION100
2.2755-2.35680.29791400.23854779X-RAY DIFFRACTION100
2.3568-2.45110.2521400.20894776X-RAY DIFFRACTION100
2.4511-2.56270.24721390.19564766X-RAY DIFFRACTION100
2.5627-2.69780.2571400.19174782X-RAY DIFFRACTION100
2.6978-2.86680.27291390.17674750X-RAY DIFFRACTION100
2.8668-3.08810.20411410.16754801X-RAY DIFFRACTION100
3.0881-3.39880.20131400.15634804X-RAY DIFFRACTION100
3.3988-3.89040.1931400.13624791X-RAY DIFFRACTION100
3.8904-4.90080.13331430.11674854X-RAY DIFFRACTION100
4.9008-48.07080.15331440.13634916X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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