PDB-6qg9: Crystal structure of Ideonella sakaiensis MHETase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qg9

タイトル

Crystal structure of Ideonella sakaiensis MHETase

要素

Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Plastic-degrading hydrolase / alpha/beta hydrolase fold / I. sakaiensis catalytic triad

機能・相同性

機能・相同性情報

mono(ethylene terephthalate) hydrolase / carboxylic ester hydrolase activity / : / xenobiotic catabolic process / cell outer membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ideonella sakaiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Palm, G.J. / Reisky, L. / Boettcher, D. / Mueller, H. / Michels, E.A.P. / Walczak, C. / Berndt, L. / Weiss, M.S. / Bornscheuer, U.T. / Weber, G.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structure of the plastic-degrading Ideonella sakaiensis MHETase bound to a substrate.
著者: Palm, G.J. / Reisky, L. / Bottcher, D. / Muller, H. / Michels, E.A.P. / Walczak, M.C. / Berndt, L. / Weiss, M.S. / Bornscheuer, U.T. / Weber, G.

履歴

登録	2019年1月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: pdbx_seq_map_depositor_info / struct Item: _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct.title
改定 1.2	2019年4月24日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qg9.cif.gz	2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qg9.ent.gz	1.7 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qg9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6qg9_validation.pdf.gz	549 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qg9_full_validation.pdf.gz	602 KB	表示
XML形式データ	6qg9_validation.xml.gz	218.7 KB	表示
CIF形式データ	6qg9_validation.cif.gz	317.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/6qg9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/6qg9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qgaSC 6qgbC 6qgcC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qz4-2 6jtu-1 6jtu-2 6qgb-1 6qga-4 6qga-6 6qz2-1 6jtt-1 6qgb-5 6qz2-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

B: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

C: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

D: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

E: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

F: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

G: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

H: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

I: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

J: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

630 kDa, 10 ポリマー
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1

A: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
63.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
63 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
63 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
63 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.9 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.9 kDa, 1 ポリマー
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9

I: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.9 kDa, 1 ポリマー
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10

J: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	111.286, 137.949, 137.051
Angle α, β, γ (deg.)	83.01, 66.88, 68.45
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質	Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase / MHETase 分子量: 62844.129 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ideonella sakaiensis (strain 201-F6) (バクテリア) 株: 201-F6 / 遺伝子: ISF6_0224 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0K8P8E7, mono(ethylene terephthalate) hydrolase

#1: タンパク質

Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase / MHETase

分子量: 62844.129 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Ideonella sakaiensis (strain 201-F6) (バクテリア)
株: 201-F6 / 遺伝子: ISF6_0224
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0K8P8E7, mono(ethylene terephthalate) hydrolase

-
非ポリマー , 5種, 3469分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂H₆O₂ 由来: (組換発現) Ideonella sakaiensis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.16 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 10% (v/v) PEG8000 and 0.1 M zinc acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→40 Å / Num. obs: 408240 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.3 % / R_sym value: 0.219 / Net I/σ(I): 5.55
反射シェル	解像度: 2.05→2.15 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.93 / R_sym value: 1.241

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6QGA

6qga

解像度: 2.05→40 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 29.87

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2617	20359	4.99 %
R_work	0.2096	-	-
obs	0.2122	408224	93.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	41277	0	33	3445	44755

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	42407
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.117	57770
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.218	24864
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	6068
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	7727

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.0733	0.3755	417	0.346	8308	X-RAY DIFFRACTION	60
2.0733-2.0977	0.3807	473	0.3373	8793	X-RAY DIFFRACTION	63
2.0977-2.1233	0.3687	482	0.3248	9250	X-RAY DIFFRACTION	67
2.1233-2.1501	0.3621	507	0.324	9993	X-RAY DIFFRACTION	72
2.1501-2.1784	0.364	542	0.3051	10755	X-RAY DIFFRACTION	78
2.1784-2.2083	0.347	603	0.2918	11710	X-RAY DIFFRACTION	84
2.2083-2.2398	0.3248	681	0.2843	12785	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2398-2.2733	0.3354	706	0.279	13407	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2733-2.3088	0.3128	715	0.2653	13505	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3088-2.3466	0.3323	710	0.2508	13539	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3466-2.3871	0.3049	720	0.2393	13742	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3871-2.4305	0.2946	728	0.2382	13772	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4305-2.4772	0.292	728	0.2247	13817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4772-2.5278	0.2852	729	0.2274	13816	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5278-2.5828	0.283	728	0.2198	13783	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5828-2.6428	0.2743	727	0.2081	13774	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6428-2.7089	0.2761	727	0.2151	13834	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7089-2.7822	0.2794	727	0.2128	13811	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7822-2.864	0.2656	725	0.217	13783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.864-2.9565	0.2857	729	0.2237	13827	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9565-3.0621	0.2859	727	0.2172	13816	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0621-3.1847	0.2736	724	0.2125	13770	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1847-3.3296	0.2637	727	0.2152	13786	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3296-3.5051	0.2731	728	0.213	13800	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5051-3.7246	0.2428	733	0.1901	13784	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7246-4.0121	0.2262	723	0.1788	13755	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0121-4.4156	0.2187	724	0.1693	13809	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4156-5.0539	0.2002	728	0.1593	13819	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0539-6.365	0.2156	718	0.1705	13745	X-RAY DIFFRACTION	99
6.365-47.9522	0.2045	723	0.1763	13777	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9645	-0.443	-0.6914	1.3299	0.4421	1.3736	-0.0213	0.139	-0.1527	-0.1218	-0.0127	0.0425	0.0529	-0.0649	0.0413	0.1418	-0.0403	0.0249	0.1673	0.026	0.1567	2.7671	-61.1101	21.1725
2	0.6281	0.4988	-0.2101	0.8593	-0.197	0.3355	0.0474	-0.06	0.1684	0.0477	-0.0282	0.1586	-0.1279	-0.1035	-0.0212	0.1757	0.0167	0.0168	0.1909	-0.0146	0.2287	8.8675	-35.6609	34.8713
3	1.1167	0.3847	-0.1518	1.7998	-0.6687	0.4937	-0.0556	-0.0248	0.0063	-0.0569	-0.0189	-0.2267	-0.0133	0.0742	0.0697	0.1888	0.037	-0.0052	0.2168	-0.0187	0.2902	28.3183	-43.6845	29.3264
4	1.5875	0.9161	0.5464	1.3389	-0.0142	1.214	-0.0251	0.0131	0.1214	0.0663	-0.036	0.171	-0.3999	-0.1654	0.0513	0.3382	0.0911	-0.0177	0.2224	-0.0394	0.1926	14.8562	31.8224	39.4199
5	0.3655	-0.0075	0.1789	0.5336	-0.0265	1.0542	-0.004	-0.1153	-0.0285	0.1157	-0.0077	0.044	0.0248	-0.0609	0.0101	0.2766	0.0356	-0.0102	0.2459	-0.027	0.2072	20.8779	7.4718	54.9421
6	1.0824	-0.2482	0.3509	1.8864	0.552	2.4938	-0.0633	-0.0706	0.0008	0.2623	0.1347	-0.2078	-0.023	0.2976	-0.0531	0.251	-0.0001	-0.0183	0.2292	-0.0097	0.1591	40.0407	17.3082	53.3037
7	2.3881	-0.9529	1.1443	0.9402	-0.3988	1.7042	0.0091	-0.0971	-0.1109	0.1122	0.0369	0.157	0.0604	-0.1209	-0.0336	0.2772	0.0606	-0.0194	0.2062	-0.0329	0.2152	-20.4398	31.2075	-0.1835
8	0.6145	0.0617	0.2454	0.5111	0.4373	1.3873	-0.0716	0.1247	-0.0177	-0.0944	0.0635	0.0168	0.1003	0.1746	0.0059	0.3816	0.0784	-0.0518	0.3017	-0.0142	0.1997	-12.0441	30.1386	-27.4608
9	1.0168	0.9436	0.4656	2.0442	1.7019	3.4434	0.0403	0.054	0.0593	-0.2981	0.026	-0.1025	0.1639	0.0574	-0.0785	0.3988	0.0422	-0.0619	0.2872	0.0392	0.1718	-13.709	27.0866	-41.8765
10	0.7631	0.1446	0.3143	0.9309	0.5557	0.958	-0.0471	0.0498	-0.026	-0.1351	-0.0071	0.1227	0.0509	-0.063	0.0561	0.3787	0.0743	-0.0872	0.2889	-0.0346	0.2511	-21.255	33.7334	-25.1599
11	1.1469	-0.1589	0.4872	2.423	0.1246	1.1687	-0.0378	0.1062	-0.0243	0.0996	0.0777	-0.2239	0.2018	0.2446	-0.0553	0.3269	0.099	-0.0574	0.3495	-0.0781	0.2163	3.2176	30.9441	-19.6322
12	3.3228	-1.3988	-1.6919	0.5739	0.5673	1.5255	-0.2466	-0.3427	0.0915	0.2982	0.2955	0.0082	0.2746	0.287	-0.0324	0.3041	0.0604	-0.042	0.3309	-0.0681	0.1919	44.9949	-68.1699	15.8309
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54	0.1851	-0.4144	0.3437	2.6598	-0.2668	2.4655	0.4202	-0.569	-0.2129	0.1678	-0.1889	1.01	0.5457	-0.8922	-0.2001	0.3775	-0.1167	0.0537	0.79	0.1285	0.8019	-38.9794	-33.6211	59.4783
55	0.1164	-0.0279	-0.1365	3.2483	1.5104	1.2401	-0.0894	-0.2741	0.1221	0.7919	-0.1195	0.6277	0.065	-0.196	0.1861	0.7614	0.246	0.0129	1.2569	-0.1732	0.5771	-14.1861	-49.7755	-10.3289
56	0.5223	-0.798	0.1315	1.6089	-0.2992	0.3583	-0.2655	-0.4912	0.3097	0.4647	0.2607	0.1163	-0.2908	-0.6294	-0.0102	0.5302	0.2565	-0.092	0.97	-0.2405	0.7804	-19.8109	-42.7017	-23.8898
57	1.1154	-0.6537	0.5943	1.2763	-0.1792	2.0086	-0.1308	-0.3249	0.378	0.0572	0.2711	-0.133	-0.2785	-0.1303	-0.1148	0.4435	0.1081	-0.1277	0.5212	-0.1779	0.8271	-21.8372	-32.3309	-47.6011
58	2.0819	-0.5184	0.5065	2.6953	-0.3153	2.6781	0.0437	-0.4688	0.3872	-0.1914	0.1627	0.0987	-0.2437	-0.5309	-0.1723	0.4775	0.1019	-0.1199	0.5271	-0.0906	0.7234	-31.0053	-31.7388	-55.8095
59	0.0343	-0.0412	-0.2212	1.518	-0.2139	1.4974	-0.2554	-0.3893	0.6046	0.1778	0.3546	-0.1153	-0.4958	-0.4577	-0.1098	0.6709	0.2913	-0.195	0.7836	-0.3129	1.1214	-22.385	-24.9987	-36.956
60	1.0686	1.0335	1.1158	2.4552	0.6046	4.6279	-0.0146	-0.3471	0.5097	-0.0418	-0.193	-0.4464	0.1391	-0.0224	0.2381	0.3349	0.1214	-0.0985	0.4873	-0.1689	0.8066	-7.2188	-41.7026	-42.7186
61	2.0018	-0.8867	-0.5271	1.6227	-0.3661	1.7431	0.0591	-0.1479	0.7467	-0.6218	0.0883	-0.2846	-0.0016	0.4143	-0.144	0.4981	-0.0201	0.0406	0.4856	-0.1031	0.805	-6.9304	-43.2669	-56.2624

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 43 through 212 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 213 through 523 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 524 through 603 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 43 through 212 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 213 through 523 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 524 through 603 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 43 through 212 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 213 through 333 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 334 through 382 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 383 through 510 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 511 through 603 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 43 through 110 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 111 through 271 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 272 through 333 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 334 through 382 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 383 through 523 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 524 through 603 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 43 through 212 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 213 through 333 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 334 through 382 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 383 through 603 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 43 through 217 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 218 through 333 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 334 through 523 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 524 through 603 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'G' and (resid 40 through 90 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'G' and (resid 91 through 148 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'G' and (resid 149 through 212 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'G' and (resid 213 through 271 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'G' and (resid 272 through 382 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid 383 through 414 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 415 through 452 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 453 through 523 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 524 through 560 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 561 through 603 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'H' and (resid 43 through 76 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'H' and (resid 77 through 148 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'H' and (resid 149 through 212 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 213 through 271 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'H' and (resid 272 through 333 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 334 through 382 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 383 through 452 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 453 through 523 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resid 524 through 560 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 561 through 603 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'I' and (resid 43 through 76 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'I' and (resid 77 through 110 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'I' and (resid 111 through 212 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'I' and (resid 213 through 333 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'I' and (resid 334 through 382 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'I' and (resid 383 through 452 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'I' and (resid 453 through 523 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'I' and (resid 524 through 560 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'I' and (resid 561 through 603 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'J' and (resid 43 through 76 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'J' and (resid 77 through 212 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'J' and (resid 213 through 333 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'J' and (resid 334 through 414 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'J' and (resid 415 through 523 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'J' and (resid 524 through 560 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'J' and (resid 561 through 600 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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