PDB-6qfj: MamB CTD magnetosome protein [Desulfamplus magnetovallimortis BW-1]

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qfj

タイトル

MamB CTD magnetosome protein [Desulfamplus magnetovallimortis BW-1]

要素

Magnetosome membrane protein MamB, putative Co/Zn/Cd cation transporter. Cation diffusion facilitator family

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Bacterial organelle / biomineralization / cation diffusion facilitators / iron transport / magnetosome biogenesis / magnetotactic bacteria / membrane invagination / structure-function analysis.

機能・相同性

Cation efflux protein, cytoplasmic domain / Dimerisation domain of Zinc Transporter / Cation efflux protein, cytoplasmic domain superfamily / Cation efflux protein / Cation efflux transmembrane domain superfamily / Cation efflux family / monoatomic cation transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / Magnetosome membrane protein MamB, putative Co/Zn/Cd cation transporter. Cation diffusion facilitator family

機能・相同性情報

生物種

Desulfamplus magnetovallimortis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.13 Å

データ登録者

Zeytuni, N.Z. / Keren, N.K. / Zarivach, R.Z.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2020
タイトル: From conservation to structure, studies of magnetosome associated cation diffusion facilitators (CDF) proteins in Proteobacteria.
著者: Keren-Khadmy, N. / Zeytuni, N. / Kutnowski, N. / Perriere, G. / Monteil, C. / Zarivach, R.

履歴

登録	2019年1月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2019年10月2日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / cell / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_asym / struct_conf / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range Item: _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id ..._atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _cell.Z_PDB / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
改定 2.1	2020年8月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	6qfj_validation.pdf.gz	461.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qfj_full_validation.pdf.gz	473.7 KB	表示
XML形式データ	6qfj_validation.xml.gz	20.4 KB	表示
CIF形式データ	6qfj_validation.cif.gz	29.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/6qfj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/6qfj	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4lpt-3 5l2h-3 3tt8-d 5l2h-1 1iv7-1 3exx-d 1g4f-d 4mli-2 2j9w-1 3gdz-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Magnetosome membrane protein MamB, putative Co/Zn/Cd cation transporter. Cation diffusion facilitator family

B: Magnetosome membrane protein MamB, putative Co/Zn/Cd cation transporter. Cation diffusion facilitator family

C: Magnetosome membrane protein MamB, putative Co/Zn/Cd cation transporter. Cation diffusion facilitator family

D: Magnetosome membrane protein MamB, putative Co/Zn/Cd cation transporter. Cation diffusion facilitator family

E: Magnetosome membrane protein MamB, putative Co/Zn/Cd cation transporter. Cation diffusion facilitator family

F: Magnetosome membrane protein MamB, putative Co/Zn/Cd cation transporter. Cation diffusion facilitator family

57.6 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Magnetosome membrane protein MamB, putative Co/Zn/Cd cation transporter. Cation diffusion facilitator family

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
9.59 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Magnetosome membrane protein MamB, putative Co/Zn/Cd cation transporter. Cation diffusion facilitator family

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3

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4

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5

E: Magnetosome membrane protein MamB, putative Co/Zn/Cd cation transporter. Cation diffusion facilitator family

登録者が定義した集合体
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6

F: Magnetosome membrane protein MamB, putative Co/Zn/Cd cation transporter. Cation diffusion facilitator family

登録者が定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	46.973, 47.070, 74.626
Angle α, β, γ (deg.)	74.19, 84.86, 84.21
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	HIS	HIS	GLU	GLU	A	A	188 - 269	2 - 83
2	1	HIS	HIS	GLU	GLU	B	B	188 - 269	2 - 83
1	2	HIS	HIS	GLU	GLU	A	A	188 - 269	2 - 83
2	2	HIS	HIS	GLU	GLU	C	C	188 - 269	2 - 83
1	3	GLU	GLU	GLU	GLU	A	A	190 - 269	4 - 83
2	3	GLU	GLU	GLU	GLU	D	D	190 - 269	4 - 83
1	4	GLU	GLU	GLU	GLU	A	A	190 - 269	4 - 83
2	4	GLU	GLU	GLU	GLU	E	E	190 - 269	4 - 83
1	5	GLU	GLU	GLU	GLU	A	A	190 - 269	4 - 83
2	5	GLU	GLU	GLU	GLU	F	F	190 - 269	4 - 83
1	6	HIS	HIS	LEU	LEU	B	B	188 - 270	2 - 84
2	6	HIS	HIS	LEU	LEU	C	C	188 - 270	2 - 84
1	7	GLU	GLU	GLU	GLU	B	B	190 - 269	4 - 83
2	7	GLU	GLU	GLU	GLU	D	D	190 - 269	4 - 83
1	8	GLU	GLU	GLU	GLU	B	B	190 - 269	4 - 83
2	8	GLU	GLU	GLU	GLU	E	E	190 - 269	4 - 83
1	9	GLU	GLU	GLU	GLU	B	B	190 - 269	4 - 83
2	9	GLU	GLU	GLU	GLU	F	F	190 - 269	4 - 83
1	10	GLU	GLU	GLU	GLU	C	C	190 - 269	4 - 83
2	10	GLU	GLU	GLU	GLU	D	D	190 - 269	4 - 83
1	11	GLU	GLU	GLU	GLU	C	C	190 - 269	4 - 83
2	11	GLU	GLU	GLU	GLU	E	E	190 - 269	4 - 83
1	12	GLU	GLU	GLU	GLU	C	C	190 - 269	4 - 83
2	12	GLU	GLU	GLU	GLU	F	F	190 - 269	4 - 83
1	13	GLU	GLU	LEU	LEU	D	D	190 - 270	4 - 84
2	13	GLU	GLU	LEU	LEU	E	E	190 - 270	4 - 84
1	14	GLU	GLU	LEU	LEU	D	D	190 - 270	4 - 84
2	14	GLU	GLU	LEU	LEU	F	F	190 - 270	4 - 84
1	15	GLU	GLU	LEU	LEU	E	E	190 - 270	4 - 84
2	15	GLU	GLU	LEU	LEU	F	F	190 - 270	4 - 84

NCSアンサンブル:

ID
1
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#1: タンパク質	Magnetosome membrane protein MamB, putative Co/Zn/Cd cation transporter. Cation diffusion facilitator family 分子量: 9594.984 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfamplus magnetovallimortis (バクテリア) 遺伝子: mamB-1, DEMABW1_80065, MTBBW1_80065 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: L0R6P9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Magnetosome membrane protein MamB, putative Co/Zn/Cd cation transporter. Cation diffusion facilitator family

分子量: 9594.984 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Desulfamplus magnetovallimortis (バクテリア)
遺伝子: mamB-1, DEMABW1_80065, MTBBW1_80065
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: L0R6P9

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.6 詳細: 20% PEG 3,350 0.1M Tris pH 8.6 0.2M Ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.932 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.932 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.13→23.91 Å / Num. obs: 3384 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 23.7
反射シェル	解像度: 2.13→2.19 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: MamM

解像度: 2.13→23.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 10.511 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.186 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23453	1683	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19965	-	-	-
obs	0.20145	31577	96.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.045 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.12 Å²	0.82 Å²	0.65 Å²
2-	-	-1.66 Å²	-0.73 Å²
3-	-	-	3.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.13→23.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3960	0	0	156	4116

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	4029
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.011	0.02	4083
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.838	1.997	5457
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.923	3	9448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.041	5	495
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.599	25.968	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.016	15	808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.2	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	671
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4404
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	750
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.29	3.721	1977
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.283	3.721	1976
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.912	5.557	2464
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.913	5.557	2465
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.279	4.304	2052
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.278	4.304	2052
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.698	6.229	2990
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.304	35.772	15856
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.291	35.742	15732
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	5043	0.1
1	2	B	5043	0.1
2	1	A	4828	0.15
2	2	C	4828	0.15
3	1	A	4829	0.14
3	2	D	4829	0.14
4	1	A	4635	0.16
4	2	E	4635	0.16
5	1	A	4646	0.15
5	2	F	4646	0.15
6	1	B	4884	0.15
6	2	C	4884	0.15
7	1	B	4724	0.14
7	2	D	4724	0.14
8	1	B	4557	0.16
8	2	E	4557	0.16
9	1	B	4700	0.15
9	2	F	4700	0.15
10	1	C	4925	0.12
10	2	D	4925	0.12
11	1	C	4600	0.17
11	2	E	4600	0.17
12	1	C	4722	0.16
12	2	F	4722	0.16
13	1	D	4804	0.16
13	2	E	4804	0.16
14	1	D	4774	0.16
14	2	F	4774	0.16
15	1	E	4697	0.15
15	2	F	4697	0.15

LS精密化シェル

解像度: 2.127→2.182 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	92	-
R_work	0.261	1949	-
obs	-	-	80.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2995	-2.1026	-0.6657	3.9831	0.495	0.7928	-0.1976	-0.0331	-0.263	0.4674	0.0357	0.359	0.1618	-0.0148	0.1619	0.1087	-0.0197	0.0149	0.0508	0.0013	0.1233	-13.5309	-0.7451	-15.0959
2	3.5838	-1.4139	0.6552	3.526	-0.7566	0.8826	0.0522	0.504	0.427	-0.073	-0.176	-0.2649	0.0016	0.1714	0.1238	0.0353	-0.0082	0.0067	0.0956	0.0354	0.1387	3.6695	14.9394	-25.4853
3	1.6084	0.5178	-1.8521	3.5988	-1.8064	3.7158	-0.1497	-0.6031	-0.3266	0.5057	-0.2212	-0.239	0.1202	0.6321	0.3709	0.1607	0.0317	-0.0365	0.2735	0.117	0.171	9.5457	-3.754	-1.2754
4	3.764	0.3032	-1.8122	0.7523	-1.1993	3.3335	-0.1597	0.485	-0.2699	-0.403	-0.1339	-0.1622	0.481	0.1087	0.2936	0.2652	0.0334	0.0905	0.1681	-0.0504	0.1193	4.3011	-8.2581	-38.9845
5	8.9322	0.0007	2.0743	1.857	-0.6643	1.8773	0.3787	1.4945	-1.2269	-0.472	-0.0503	-0.0191	-0.1067	0.1803	-0.3284	0.285	0.0784	-0.0569	0.4404	-0.267	0.3646	-20.3962	-20.8192	-45.0656
6	1.983	-0.1233	-0.5963	5.4161	0.8592	2.9191	-0.1739	-0.3419	-0.0507	0.9913	0.4473	-0.3685	-0.188	-0.0231	-0.2734	0.3318	0.1059	-0.0838	0.163	-0.014	0.1054	-22.1252	20.103	3.9579

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	187 - 270
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	188 - 270
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	188 - 270
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	190 - 290
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	190 - 270
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	190 - 270

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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