PDB-6qeq: PcfF from Enterococcus faecalis pCF10

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qeq

タイトル

PcfF from Enterococcus faecalis pCF10

要素

PcfF

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Accessory factor

機能・相同性

Bacterial mobilisation / Bacterial mobilisation protein (MobC) / PcfF

機能・相同性情報

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Rehman, S. / Berntsson, R.P.A.

資金援助

スウェーデン, 2件

引用

ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2019
タイトル: Enterococcal PcfF Is a Ribbon-Helix-Helix Protein That Recruits the Relaxase PcfG Through Binding and Bending of the oriT Sequence.
著者: Rehman, S. / Li, Y.G. / Schmitt, A. / Lassinantti, L. / Christie, P.J. / Berntsson, R.P.

履歴

登録	2019年1月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月5日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年10月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qeq.cif.gz	278.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qeq.ent.gz	241.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qeq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qeq_validation.pdf.gz	449.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qeq_full_validation.pdf.gz	452.9 KB	表示
XML形式データ	6qeq_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	6qeq_validation.cif.gz	27.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/6qeq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/6qeq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4g4z-4 4g4z-3 4g4y-4 4g88-4 4g88-3 3td4-3 4g4y-3 3whd-d 3td4-1 3td5-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PcfF

B: PcfF

C: PcfF

D: PcfF

56.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PcfF

C: PcfF

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, assay for oligomerization, GEMMA analysis show that PcfF is predominantly a dimer in solution. No peak for a tetramer was seen.
28.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PcfF

D: PcfF

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.848, 61.482, 89.117
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.970, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PcfF / Plasmid mobilization relaxosome protein MobC 分子量: 14081.807 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: pcfF, DAI13_16755 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5G3N6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Lithium sulphate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9677 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.76→37.813 Å / Num. obs: 99328 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.636 % / B_iso Wilson estimate: 41.88 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.057 / R_rim(I) all: 0.067 / Χ²: 1.477 / Net I/σ(I): 9.73 / Num. measured all: 361156

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.76-1.86	3.364	2.63	0.31	15117	0.136	3.137	91.6
1.86-1.99	3.74	1.289	0.8	15321	0.448	1.508	99.9
1.99-2.15	3.739	0.594	1.92	14262	0.769	0.695	99.6
2.15-2.36	3.712	0.287	4.08	13211	0.928	0.336	99.5
2.36-2.63	3.669	0.151	7.47	11814	0.978	0.177	99.3
2.63-3.04	3.533	0.077	13.9	10399	0.994	0.091	98.4
3.04-3.72	3.459	0.038	26.43	8566	0.998	0.044	96.2
3.72-5.24	3.878	0.029	37.87	6872	0.999	0.033	99.8
5.24-37.813	3.788	0.03	39.62	3766	0.998	0.036	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→37.813 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 27.71

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2477	1671	2.1 %
R_work	0.2019	-	-
obs	0.2029	79436	99.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 348.61 Å² / B_iso mean: 81.6082 Å² / B_iso min: 25.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→37.813 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3615	0	0	212	3827
B_iso mean	-	-	-	62.15	-
残基数	-	-	-	-	436

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	3679
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.364	4941
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	564
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	648
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.68	2316

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9001-1.956	0.3768	141	0.3341	6569	6710	100
1.956-2.0191	0.3345	139	0.3139	6470	6609	100
2.0191-2.0913	0.34	140	0.2796	6536	6676	100
2.0913-2.175	0.2967	138	0.2643	6525	6663	100
2.175-2.2739	0.2614	142	0.2394	6509	6651	100
2.2739-2.3938	0.262	137	0.2315	6521	6658	100
2.3938-2.5438	0.2827	141	0.2348	6531	6672	99
2.5438-2.7401	0.2853	140	0.2379	6438	6578	99
2.7401-3.0158	0.2501	140	0.2408	6463	6603	98
3.0158-3.4519	0.2532	134	0.2121	6172	6306	95
3.4519-4.348	0.2579	138	0.1696	6542	6680	100
4.348-37.8207	0.1869	141	0.1549	6489	6630	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 49.4734 Å / Origin y: 27.6777 Å / Origin z: 3.5588 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.409 Å²	0.0294 Å²	-0.0077 Å²	-	0.3957 Å²	-0.0038 Å²	-	-	0.411 Å²
L	-0.2201 °²	-0.0354 °²	0.4835 °²	-	-0.2515 °²	0.0375 °²	-	-	5.9646 °²
S	-0.0512 Å °	-0.0221 Å °	0.0078 Å °	-0.0005 Å °	0.0141 Å °	0.0038 Å °	-0.4908 Å °	-0.2598 Å °	0.0301 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	7 - 117
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	8 - 118
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	7 - 111
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	4 - 112
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 225

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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