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万見
- PDB-6qe9: The X-ray structure of the adduct formed in the reaction between ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qe9
タイトルThe X-ray structure of the adduct formed in the reaction between bovine pancreatic ribonuclease and complex I, a pentacoordinate Pt(II) compound containing 2,9-dimethyl-1,10-phenanthroline, dimethylfumarate, methyl and iodine as ligands
要素Ribonuclease pancreatic
キーワードHYDROLASE / five-coordinate Pt complexes / anticancer platinum compounds / protein metal coordination
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
pentacoordinate Pt(II) compound / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Merlino, A. / Ferraro, G.
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2019
タイトル: Reaction with Proteins of a Five-Coordinate Platinum(II) Compound.
著者: Ferraro, G. / Marzo, T. / Cucciolito, M.E. / Ruffo, F. / Messori, L. / Merlino, A.
履歴
登録2019年1月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease pancreatic
B: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4325
ポリマ－27,4172
非ポリマー1,0153
水2,576143
1
A: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2643
ポリマ－13,7081
非ポリマー5552
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1682
ポリマ－13,7081
非ポリマー4591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.005, 30.655, 68.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-363-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-J9H / pentacoordinate Pt(II) compound


分子量: 459.423 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18N3Pt
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: 22% PEG4K 0.01 M sodium citrate pH 5.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 12949 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 30.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.03→2.07 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.528 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JVT

1jvt


解像度: 2.03→22.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 5.811 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.27 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25423 636 4.9 %RANDOM
Rwork0.17653 ---
obs0.18016 12313 94.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.826 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20 Å20.47 Å2
2--1.12 Å20 Å2
3----1.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→22.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1896 0 29 143 2068
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0131983
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0181689
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5211.6672690
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3341.5853960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3465252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.39324.02197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.05815334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.479158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2270
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02384
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4333.2221005
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4323.2211004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7194.8241258
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7184.8251259
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6733.446978
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6723.444979
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1985.0671435
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.62738.672277
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.6438.6732278
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.031→2.083 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 56 -
Rwork0.24 858 -
obs--91.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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