[日本語] English
万見
- PDB-6qds: Crystal structure of 14-3-3sigma in complex with a PAK6 pT99 phos... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qds
タイトルCrystal structure of 14-3-3sigma in complex with a PAK6 pT99 phosphopeptide stabilized by semi-synthetic fusicoccane FC-NCPC
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Serine/threonine-protein kinase PAK 6
キーワードCHAPERONE / Neuron Regeneration / PPI / phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


neuron projection arborization / RHOD GTPase cycle / Activation of RAC1 / neuron projection extension / RHOV GTPase cycle / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization ...neuron projection arborization / RHOD GTPase cycle / Activation of RAC1 / neuron projection extension / RHOV GTPase cycle / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of MAPK cascade / regulation of cell-cell adhesion / CDC42 GTPase cycle / Regulation of localization of FOXO transcription factors / RHOH GTPase cycle / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / negative regulation of keratinocyte proliferation / Activation of BAD and translocation to mitochondria / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / positive regulation of protein localization / RHO GTPases activate PKNs / cytoskeleton organization / negative regulation of innate immune response / protein sequestering activity / protein kinase A signaling / RAC1 GTPase cycle / protein export from nucleus / positive regulation of cell adhesion / release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / learning / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / locomotory behavior / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of protein kinase activity / memory / fibrillar center / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein localization / cell junction / regulation of protein localization / positive regulation of cell growth / postsynaptic density / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / intracellular signal transduction / cadherin binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase PAK 6 / p21 activated kinase binding domain / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / : / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 ...Serine/threonine-protein kinase PAK 6 / p21 activated kinase binding domain / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / : / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FC-NCPC / 14-3-3 protein sigma / Serine/threonine-protein kinase PAK 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Andrei, S.A. / Kaplan, A. / Fournier, A.E. / Ottman, C.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific ResearchECHO -STIP 717.014.001 オランダ
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Polypharmacological Perturbation of the 14-3-3 Adaptor Protein Interactome Stimulates Neurite Outgrowth.
著者: Kaplan, A. / Andrei, S.A. / van Regteren Altena, A. / Simas, T. / Banerjee, S.L. / Kato, N. / Bisson, N. / Higuchi, Y. / Ottmann, C. / Fournier, A.E.
履歴
登録2019年1月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
B: Serine/threonine-protein kinase PAK 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5866
ポリマ－27,8402
非ポリマー7454
水6,521362
1
A: 14-3-3 protein sigma
B: Serine/threonine-protein kinase PAK 6
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
B: Serine/threonine-protein kinase PAK 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,17112
ポリマ－55,6814
非ポリマー1,4918
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area23230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.420, 111.770, 62.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-432-

HOH

21A-749-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26542.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Serine/threonine-protein kinase PAK 6 / PAK-5 / p21-activated kinase 6 / PAK-6


分子量: 1297.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9NQU5, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 4種, 366分子

#3: 化合物 ChemComp-HY5 / FC-NCPC


分子量: 663.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H57NO10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.19 M CaCl2, 5 % v/v glycerol, 28 % PEG 400, 0.095 M HEPES, pH 7.1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.5419 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→25.52 Å / Num. obs: 31576 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1348 / CC1/2: 0.437 / % possible all: 79.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.34 Å25.52 Å
Translation5.34 Å25.52 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JC3

4jc3


解像度: 1.72→25.517 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1982 1523 4.96 %
Rwork0.1675 --
obs0.169 30708 98.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 133.06 Å2 / Biso mean: 26.3502 Å2 / Biso min: 2.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.72→25.517 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1883 0 107 362 2352
Biso mean--24.57 33.14 -
残基数----239
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.72-1.77550.27941290.26872356248589
1.7755-1.8390.26041420.23792609275198
1.839-1.91260.26211450.21442628277399
1.9126-1.99960.25261190.191126582777100
1.9996-2.10490.21661480.181426622810100
2.1049-2.23680.17931390.144926742813100
2.2368-2.40930.16691350.138926702805100
2.4093-2.65160.17521390.155626752814100
2.6516-3.03470.21721280.160827102838100
3.0347-3.82140.17691550.145427042859100
3.8214-25.52010.17921440.166828392983100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.28890.2537-0.57122.0169-0.02642.5883-0.0257-0.0669-0.0359-0.04870.01010.01320.08960.04160.00290.06820.00690.00910.06930.00640.05932.200713.4865-8.1595
20.71260.1718-0.2552.4725-1.72232.3273-0.0676-0.0435-0.08130.27860.1510.1818-0.0926-0.2311-0.13390.10730.03440.03720.08750.01980.100424.7477.4648.8126
33.89761.81790.13591.0009-0.33361.0265-0.0553-0.953-0.39821.11890.14930.86210.3049-1.1297-0.07360.6152-0.08040.1860.58690.14290.442525.7176-11.796427.7482
40.7815-1.1260.2263.601-1.10320.951-0.0301-0.00130.10560.18580.0245-0.196-0.07250.00620.05650.08910.0228-0.01080.0936-0.00650.091631.272314.98079.9105
52.7181-0.94611.07382.2333-1.33684.8825-0.22-0.1570.2350.60170.2263-0.2129-0.3742-0.0280.06220.16940.0251-0.02350.1037-0.05130.12725.690126.95116.0909
62.3528-0.96830.28512.1889-0.08042.2410.03120.0703-0.0797-0.0604-0.04670.2230.0812-0.3776-0.01830.08860.01780.00480.1544-0.02650.143811.322723.638911.0887
73.1193-1.4313-0.44333.73912.74232.1546-0.05560.1497-0.24040.5327-0.03430.47980.6345-1.58110.14080.33460.01590.09040.5051-0.00750.317315.259613.485910.4878
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -4 through 37 )A-4 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 70 )A38 - 70
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 71 through 79 )A71 - 79
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 80 through 139 )A80 - 139
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 140 through 161 )A140 - 161
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 162 through 231 )A162 - 231
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 97 through 100 )B97 - 100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る