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万見
- PDB-6qcm: Cryo em structure of the Listeria stressosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qcm
タイトルCryo em structure of the Listeria stressosome
要素
  • (RsbR protein) x 3
  • RsbR protein,RsbR protein
  • RsbS protein
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Stressosome complex / stress response machine / Bacteria stress sensor
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
RsbS co-antagonist protein RsbRA N-terminal domain / Rsbr N terminal / : / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / Globin/Protoglobin
類似検索 - ドメイン・相同性
RsbR protein / RsbS protein
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.21 Å
データ登録者Williams, A.H. / Redzej, A. / Waksman, G. / Cossart, P.
資金援助 英国, フランス, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust098302 英国
European Research Council670823 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The cryo-electron microscopy supramolecular structure of the bacterial stressosome unveils its mechanism of activation.
著者: Allison H Williams / Adam Redzej / Nathalie Rolhion / Tiago R D Costa / Aline Rifflet / Gabriel Waksman / Pascale Cossart /
要旨: How the stressosome, the epicenter of the stress response in bacteria, transmits stress signals from the environment has remained elusive. The stressosome consists of multiple copies of three ...How the stressosome, the epicenter of the stress response in bacteria, transmits stress signals from the environment has remained elusive. The stressosome consists of multiple copies of three proteins RsbR, RsbS and RsbT, a kinase that is important for its activation. Using cryo-electron microscopy, we determined the atomic organization of the Listeria monocytogenes stressosome at 3.38 Å resolution. RsbR and RsbS are organized in a 60-protomers truncated icosahedron. A key phosphorylation site on RsbR (T209) is partially hidden by an RsbR flexible loop, whose "open" or "closed" position could modulate stressosome activity. Interaction between three glutamic acids in the N-terminal domain of RsbR and the membrane-bound mini-protein Prli42 is essential for Listeria survival to stress. Together, our data provide the atomic model of the stressosome core and highlight a loop important for stressosome activation, paving the way towards elucidating the mechanism of signal transduction by the stressosome in bacteria.
履歴
登録2018年12月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / em_entity_assembly_molwt / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-4508
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4508
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AB: RsbR protein
BC: RsbR protein
CB: RsbR protein
DB: RsbR protein
DC: RsbR protein
E: RsbR protein
EB: RsbR protein
F: RsbR protein
FA: RsbR protein
FB: RsbR protein
FC: RsbR protein
GB: RsbR protein
GC: RsbR protein
HC: RsbR protein
IB: RsbR protein
IC: RsbR protein
K: RsbR protein
KB: RsbR protein
L: RsbR protein
LB: RsbR protein
M: RsbR protein
OB: RsbR protein
P: RsbR protein
PB: RsbR protein
Q: RsbR protein
SB: RsbR protein
T: RsbR protein
TB: RsbR protein
U: RsbR protein
UB: RsbR protein
V: RsbR protein
VB: RsbR protein
W: RsbR protein
X: RsbR protein
Y: RsbR protein
Z: RsbR protein
A: RsbS protein
B: RsbS protein
C: RsbS protein
D: RsbS protein
I: RsbS protein
J: RsbS protein
N: RsbS protein
O: RsbS protein
R: RsbS protein
S: RsbS protein
a: RsbS protein
b: RsbS protein
c: RsbS protein
d: RsbS protein
e: RsbS protein
f: RsbS protein
g: RsbS protein
h: RsbS protein
i: RsbS protein
j: RsbS protein
AD: RsbR protein,RsbR protein
CD: RsbR protein
FD: RsbR protein
HD: RsbR protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)812,97360
ポリマ－812,97360
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area120970 Å2
ΔGint-767 kcal/mol
Surface area320710 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 ...
RsbR protein


分子量: 13944.500 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
遺伝子: RsbR / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y8K9
#2: タンパク質
RsbR protein


分子量: 14073.681 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
遺伝子: RsbR / プラスミド: PGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y8K9
#3: タンパク質
RsbS protein


分子量: 12606.707 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
遺伝子: rsbS / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92DC5
#4: タンパク質 RsbR protein,RsbR protein


分子量: 13479.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
遺伝子: RsbR / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q8Y8K9
#5: タンパク質 RsbR protein


分子量: 14860.573 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
遺伝子: RsbR / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y8K9
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Listeria Stressosome CoreCOMPLEXThe subcomponents are, RsbR and RsbSall0MULTIPLE SOURCES
2RsbRORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#1-#2, #4-#51RECOMBINANT
3RsbSORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#31RECOMBINANT
分子量値: 1.8 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)169963
23Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)169963
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli BL21 (大腸菌)511693
23Escherichia coli BL21 (大腸菌)511693
緩衝液pH: 8.5
試料濃度: 0.02 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER/PALLADIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 2.25 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 20

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch粒子像選択
4CTFFIND4CTF補正
7Coot0.089モデルフィッティング
9PHENIX1.12モデル精密化
10RELION2.1初期オイラー角割当
11RELION2.1最終オイラー角割当
12RELION2.1分類
13RELION2.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 200000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 78000 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00652978
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.17171708
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.93433128
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0699469
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0088901

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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