PDB-6qb5: Crystal structure of the N-terminal region of human cohesin subun...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qb5

タイトル

Crystal structure of the N-terminal region of human cohesin subunit STAG1

要素

Cohesin subunit SA-1

キーワード

GENE REGULATION / Cohesin / SA-1 / chromosome segregation

機能・相同性

機能・相同性情報

Cohesin Loading onto Chromatin / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / cohesin complex / mitotic cohesin complex / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / sister chromatid cohesion / mitotic spindle pole / chromosome, centromeric region / mitotic spindle assembly / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Newman, J.A. / Katis, V.L. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2020
タイトル: STAG1 vulnerabilities for exploiting cohesin synthetic lethality in STAG2-deficient cancers.
著者: van der Lelij, P. / Newman, J.A. / Lieb, S. / Jude, J. / Katis, V. / Hoffmann, T. / Hinterndorfer, M. / Bader, G. / Kraut, N. / Pearson, M.A. / Peters, J.M. / Zuber, J. / Gileadi, O. / Petronczki, M.

履歴

登録	2018年12月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qb5.cif.gz	270.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qb5.ent.gz	215.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qb5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qb5_validation.pdf.gz	450.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qb5_full_validation.pdf.gz	453.9 KB	表示
XML形式データ	6qb5_validation.xml.gz	47.4 KB	表示
CIF形式データ	6qb5_validation.cif.gz	67.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/6qb5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/6qb5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6r7oC 6rrcC 6rrkC 4pk7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5qsx-4 5qsu-1 5qsv-4 5qst-4 5qsu-3 5qsw-4 4h9n-d 5n7o-d 5qsu-4 3ejh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (2) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

C: Cohesin subunit SA-1

A: Cohesin subunit SA-1

B: Cohesin subunit SA-1

D: Cohesin subunit SA-1

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Cohesin subunit SA-1

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
39.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Cohesin subunit SA-1

登録者が定義した集合体
39.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Cohesin subunit SA-1

登録者が定義した集合体
39.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Cohesin subunit SA-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.611, 124.985, 231.889
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cohesin subunit SA-1 / SCC3 homolog 1 / Stromal antigen 1 分子量: 39629.531 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STAG1, SA1, SCC3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WVM7
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 627 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.99 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Na/K Phosphate pH 6.0, 0.2 M NaCl, 34% PEG200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.02→110 Å / Num. obs: 125560 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 2.02→2.07 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.969 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 9012 / CC_1/2: 0.664 / R_pim(I) all: 0.583 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4pk7

4pk7

解像度: 2.02→85.002 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.54

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2455	6231	4.98 %
R_work	0.2184	-	-
obs	0.2197	125215	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→85.002 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9986	0	1	627	10614

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.001	10169
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.341	13712
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.86	6160
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	1549
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1745

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.02-2.0429	0.35	182	0.348	3882	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0429-2.0669	0.3502	213	0.3327	3797	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0669-2.0922	0.3176	204	0.3203	3774	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0922-2.1186	0.3702	203	0.3008	3982	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1186-2.1465	0.3451	222	0.2848	3833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1465-2.1759	0.3233	208	0.2779	3956	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1759-2.207	0.3297	173	0.2702	3962	X-RAY DIFFRACTION	100
2.207-2.24	0.3281	197	0.253	3938	X-RAY DIFFRACTION	99
2.24-2.275	0.284	211	0.2459	3934	X-RAY DIFFRACTION	99
2.275-2.3123	0.2863	221	0.2448	3890	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3123-2.3521	0.3061	209	0.2412	3970	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3521-2.3949	0.2672	203	0.2359	3904	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3949-2.441	0.271	214	0.2386	3949	X-RAY DIFFRACTION	100
2.441-2.4908	0.2834	209	0.2335	3940	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4908-2.545	0.2813	211	0.2291	3953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.545-2.6042	0.2613	206	0.2286	3959	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6042-2.6693	0.2642	205	0.22	3960	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6693-2.7415	0.2498	212	0.2209	3975	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7415-2.8222	0.2689	212	0.2181	3935	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8222-2.9132	0.2532	217	0.2226	3965	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9132-3.0174	0.2723	203	0.2314	3999	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0174-3.1382	0.2487	181	0.2279	4017	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1382-3.281	0.243	211	0.2199	4000	X-RAY DIFFRACTION	100
3.281-3.454	0.2139	202	0.219	4001	X-RAY DIFFRACTION	100
3.454-3.6704	0.2662	243	0.2106	3953	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6704-3.9538	0.2287	209	0.1892	4022	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9538-4.3517	0.1911	191	0.1848	4072	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3517-4.9813	0.2018	214	0.1797	4071	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9813-6.2756	0.2486	211	0.2207	4113	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2756-85.077	0.1989	234	0.2048	4278	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)