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- PDB-6qaj: Structure of the tripartite motif of KAP1/TRIM28 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qaj
タイトルStructure of the tripartite motif of KAP1/TRIM28
要素Endolysin,Transcription intermediary factor 1-beta
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Transcriptional repressor / epigenetic silencing / histone H3 lysine 9 methylation (H3K9me3) / endogenous retrovirus / retrotransposon / transposable element / tripartite motif (TRIM) / SUMO / ubiquitin / E3 ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / convergent extension involved in axis elongation / Krueppel-associated box domain binding / embryonic placenta morphogenesis / positive regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / suppression of viral release by host / epigenetic programming of gene expression / genomic imprinting / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / chromo shadow domain binding ...: / convergent extension involved in axis elongation / Krueppel-associated box domain binding / embryonic placenta morphogenesis / positive regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / suppression of viral release by host / epigenetic programming of gene expression / genomic imprinting / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / chromo shadow domain binding / Generic Transcription Pathway / SUMO transferase activity / protein sumoylation / epithelial to mesenchymal transition / heterochromatin / viral release from host cell by cytolysis / positive regulation of DNA repair / embryo implantation / peptidoglycan catabolic process / SUMOylation of transcription cofactors / promoter-specific chromatin binding / euchromatin / RING-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of protein import into nucleus / HCMV Early Events / RNA polymerase II transcription regulator complex / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / ubiquitin protein ligase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / chromatin organization / lysozyme activity / host cell cytoplasm / transcription coactivator activity / protein kinase activity / defense response to bacterium / DNA repair / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription intermediary factor 1-beta / TIF1-beta, RING finger, HC subclass / : / : / zinc-RING finger domain / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger ...Transcription intermediary factor 1-beta / TIF1-beta, RING finger, HC subclass / : / : / zinc-RING finger domain / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Ring finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, FYVE/PHD-type / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Lysozyme-like domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Endolysin / Transcription intermediary factor 1-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.901 Å
データ登録者Stoll, G.A. / Oda, S. / Yu, M. / Modis, Y.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust101908/Z/13/Z 英国
Wellcome Trust205833/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Structure of KAP1 tripartite motif identifies molecular interfaces required for retroelement silencing.
著者: Stoll, G.A. / Oda, S.I. / Chong, Z.S. / Yu, M. / McLaughlin, S.H. / Modis, Y.
履歴
登録2018年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endolysin,Transcription intermediary factor 1-beta
B: Endolysin,Transcription intermediary factor 1-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,46710
ポリマ－122,9442
非ポリマー5238
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13700 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area51580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.774, 169.332, 374.508
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid -109 and (name N or name...
21(chain B and (resid -109 through -106 or resid -102...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRTYRTYR(chain A and ((resid -109 and (name N or name...AA-10922
12ASNASNZNZN(chain A and ((resid -109 and (name N or name...AA - F-111 - 50320
13ASNASNZNZN(chain A and ((resid -109 and (name N or name...AA - F-111 - 50320
14ASNASNZNZN(chain A and ((resid -109 and (name N or name...AA - F-111 - 50320
15ASNASNZNZN(chain A and ((resid -109 and (name N or name...AA - F-111 - 50320
21TYRTYRGLYGLY(chain B and (resid -109 through -106 or resid -102...BB-109 - -10622 - 25
22GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid -109 through -106 or resid -102...BB-102 - -9629 - 35
23LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid -109 through -106 or resid -102...BB-8843
24ASNASNZNZN(chain B and (resid -109 through -106 or resid -102...BB - I-111 - 50320
25ASNASNZNZN(chain B and (resid -109 through -106 or resid -102...BB - I-111 - 50320
26ASNASNZNZN(chain B and (resid -109 through -106 or resid -102...BB - I-111 - 50320
27ASNASNZNZN(chain B and (resid -109 through -106 or resid -102...BB - I-111 - 50320

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要素

#1: タンパク質 Endolysin,Transcription intermediary factor 1-beta / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / TIF1-beta / E3 SUMO-protein ligase TRIM28 / KRAB-associated ...Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / TIF1-beta / E3 SUMO-protein ligase TRIM28 / KRAB-associated protein 1 / KAP-1 / KRAB-interacting protein 1 / KRIP-1 / Nuclear corepressor KAP-1 / RING finger protein 96 / RING-type E3 ubiquitin transferase TIF1-beta / Tripartite motif-containing protein 28


分子量: 61471.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: TRIM28, KAP1, RNF96, TIF1B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P00720, UniProt: Q13263, lysozyme, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.5 % / 解説: Plate-shaped crystals
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 15% (w/v) PEG 3350, 75 mM MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.28189 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28189 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→187 Å / Num. obs: 33980 / % possible obs: 32.4 % / 冗長度: 8.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.63→3.17 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.832 / Num. unique obs: 5596 / CC1/2: 0.82 / Rpim(I) all: 0.363 / % possible all: 3.9

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing dmFOM : 0.8 / FOM acentric: 0.82 / FOM centric: 0.73 / 反射: 17869 / Reflection acentric: 15332 / Reflection centric: 2537
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.5-1870.860.90.7526282007621
4.7-7.50.820.830.7574356508927
3.8-4.70.830.840.7547704242528
3.3-3.80.70.720.6117471534213
2.8-3.30.650.660.621203990213
2.6-2.80.70.640.78865135

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14-3260精密化
PHENIX1.14-3260位相決定
RESOLVE2.15位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSJan 26, 2018 BUILT=20180409データ削減
autoPROC1.0.5データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: 1LYD, 2YVR

1lyd

2yvr


解像度: 2.901→62.798 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.89
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 1633 4.86 %
Rwork0.2611 --
obs0.2625 33635 41.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 465.81 Å2 / Biso mean: 111.34 Å2 / Biso min: 33.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.901→62.798 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6955 0 8 0 6963
Biso mean--167.04 --
残基数----880
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3068X-RAY DIFFRACTION14.661TORSIONAL
12B3068X-RAY DIFFRACTION14.661TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9012-2.98660.4823130.50543073205
2.9866-3.0830.4466350.45624224577
3.083-3.19320.4505380.416262666410
3.1932-3.3210.472390.455187891713
3.321-3.47220.4253520.436784089213
3.4722-3.65520.3709710.35911497156824
3.6552-3.88420.41810.30971532161330
3.8842-4.18410.34121540.27762700285448
4.1841-4.6050.31812440.25594271451566
4.605-5.27110.27892760.25816088636494
5.2711-6.63980.32263200.303264476767100
6.6398-62.81230.22783100.21426394670499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.07360.6335-2.18210.7128-0.5518.0447-0.8276-0.4246-1.5507-0.1720.55930.00870.5621-0.72760.35380.90070.18970.0380.68490.00961.296417.565220.9367134.6937
22.24520.1032-0.87180.2641-0.78872.39780.0213-0.9967-1.19940.1558-0.8-0.7091.3727-1.20310.69331.5307-0.9250.30612.1971-0.04592.09291.191718.5069140.8318
30.66710.24460.06441.574-0.66113.0877-0.1399-0.2024-0.71810.70620.274-0.21290.90850.2092-0.17561.52230.413-0.10470.73340.04371.08829.746420.3763141.3558
43.49433.13611.60874.5215-1.34955.8794-0.09370.4381-0.5233-0.19480.07310.98890.7785-0.8432-0.05150.67690.14570.03790.8158-0.11360.677411.157535.1196119.2004
55.91780.8314-1.23826.35094.07525.5927-0.4162.4855-0.3296-1.13220.0904-0.280.6118-0.31580.38831.585-0.2348-0.02461.508-0.17750.659917.660735.7557103.0408
69.0820.44138.66312.0552-3.28242.05570.10811.20120.2377-1.1410.57010.7659-0.5464-1.0096-0.58831.14760.1457-0.20991.30650.04620.728120.10151.361897.3592
70.49720.4104-0.20430.2604-1.27075.92840.02290.0673-0.0548-0.0783-0.4254-0.1469-0.28062.35090.50070.87020.1206-0.0090.70670.05390.435232.009942.9715177.4593
89.22923.68630.73379.41472.32015.7322-0.0049-1.1702-0.56540.5390.01430.28411.478-1.04620.0510.1878-0.42010.17080.98810.05790.206927.572624.6113255.125
9-0.4619-0.01460.48480.2409-1.53932.68170.2138-0.6242-0.1467-0.31930.217-0.0665-1.2484-0.712-0.28322.08550.4223-0.20460.6112-0.37630.771825.376350.8534205.8901
102.6719-1.2582-0.35722.7763-0.79732.69480.29210.4837-0.0823-1.4104-0.114-0.48231.0001-0.4952-0.20432.0866-0.67230.28711.0159-0.12451.031237.261110.5288224.1199
111.9979-1.2061-0.01484.02950.86090.2465-0.75691.0171-0.1527-0.9562-0.340.85360.0334-0.30480.63752.8631-1.3883-0.13991.3016-0.70421.427619.24592.6394219.8277
122.99150.39160.55532.75190.36173.4387-0.35320.5949-0.8538-0.4310.1398-0.06631.2597-0.54660.17671.405-0.40120.14520.86860.0030.600534.935715.8533245.0019
137.1384-5.4766-3.75929.45331.54642.3462-0.7501-1.303-0.64750.9110.32030.13121.30460.45050.39481.83-0.15250.01221.20580.1210.774731.600716.646269.6187
14-0.4115-0.23190.60.2268-1.31598.5465-0.0575-0.33250.0450.13150.0790.0954-0.5243-1.6968-0.02170.9368-0.02070.02151.17490.13360.57524.030138.984205.5556
15-0.049-0.28890.8555-0.1302-0.54474.5315-0.13150.3101-0.25061.4159-0.05710.5178-0.89381.00290.33460.9236-0.0454-0.51560.49380.25640.33627.44352.2615151.7728
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -111 through -68 )A-111 - -68
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid -67 through -48 )A-67 - -48
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid -47 through 63 )A-47 - 63
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 64 through 129 )A64 - 129
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 130 through 215 )A130 - 215
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 216 through 244 )A216 - 244
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 245 through 349 )A245 - 349
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 350 through 369 )A350 - 369
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 370 through 405 )A370 - 405
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid -111 through -1 )B-111 - -1
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 0 through 35 )B0 - 35
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 36 through 136 )B36 - 136
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 137 through 220 )B137 - 220
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 221 through 353 )B221 - 353
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 354 through 405 )B354 - 405

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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