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- PDB-6qa2: R80A MUTANT OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE FROM MYCOBACTERIUM T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qa2
タイトルR80A MUTANT OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS
要素Nucleoside diphosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / Remodeling / Open and closed binding site
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoside diphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Dautant, A. / Henri, J. / Wales, T.E. / Meyer, P. / Engen, J.R. / Georgescauld, F.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号
French National Research AgencyANR-12-BSV8-024 フランス
French National Research AgencyANR-11-LABX-0011-01 フランス
Fondation ARCSFI20101201793 フランス
引用
ジャーナル: Biochemistry / : 2019
タイトル: Remodeling of the Binding Site of Nucleoside Diphosphate Kinase Revealed by X-ray Structure and H/D Exchange.
著者: Dautant, A. / Henri, J. / Wales, T.E. / Meyer, P. / Engen, J.R. / Georgescauld, F.
#1: ジャーナル: Biochemistry / : 2017
タイトル: Hydrogen/Deuterium Exchange Mass Spectrometry Reveals Mechanistic Details of Activation of Nucleoside Diphosphate Kinases by Oligomerization.
著者: Dautant, A. / Meyer, P. / Georgescauld, F.
履歴
登録2018年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase
C: Nucleoside diphosphate kinase
D: Nucleoside diphosphate kinase
E: Nucleoside diphosphate kinase
F: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,09720
ポリマ-86,6186
非ポリマー1,47914
8,413467
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, mass spectrometry
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13350 Å2
ΔGint-156 kcal/mol
Surface area30020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.107, 121.730, 150.708
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-305-

HOH

21E-347-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Nucleoside diphosphate kinase / NDP kinase / Nucleoside-2-P kinase


分子量: 14436.353 Da / 分子数: 6 / 変異: R80A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25177 / H37Ra) (結核菌)
: ATCC 25177 / H37Ra / 遺伝子: ndk, MRA_2471 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: A5U5E1, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / : SO4
#3: 化合物 ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル


分子量: 163.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / : C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 467 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.84 % / 解説: Platelets
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.8 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES-NaOH, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.961 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月23日 / 詳細: NULL
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.961 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→34.3 Å / Num. obs: 52205 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 25.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.787 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 7546 / Rpim(I) all: 0.299 / Rrim(I) all: 0.843 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
iMOSFLMv7.2.1データ削減
SCALAv3.3.22データスケーリング
MOLREPv11.6.04位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ANE
解像度: 2.2→34.067 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.86
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 2475 4.74 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.186 52182 98.47 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.067 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5717 0 82 467 6266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025871
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.497975
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4653488
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043942
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031033
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.24230.32731170.2912766X-RAY DIFFRACTION99
2.2423-2.28810.38421190.32752728X-RAY DIFFRACTION99
2.2881-2.33780.29161160.23132773X-RAY DIFFRACTION99
2.3378-2.39220.24421270.20772759X-RAY DIFFRACTION99
2.3922-2.4520.27311280.20722741X-RAY DIFFRACTION99
2.452-2.51830.21891510.19462719X-RAY DIFFRACTION99
2.5183-2.59230.241300.19272719X-RAY DIFFRACTION98
2.5923-2.6760.22321180.18812728X-RAY DIFFRACTION97
2.676-2.77160.22531330.19562635X-RAY DIFFRACTION95
2.7716-2.88250.24241230.19572576X-RAY DIFFRACTION93
2.8825-3.01360.25961380.19492741X-RAY DIFFRACTION98
3.0136-3.17240.21211330.18692795X-RAY DIFFRACTION100
3.1724-3.3710.2191720.17582778X-RAY DIFFRACTION100
3.371-3.6310.19271430.16152813X-RAY DIFFRACTION100
3.631-3.99590.1661480.14942816X-RAY DIFFRACTION100
3.9959-4.57290.16421570.12982805X-RAY DIFFRACTION100
4.5729-5.75690.15281700.14032838X-RAY DIFFRACTION100
5.7569-34.07130.21081520.18862977X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.43512.22040.31316.42853.43196.14910.0632-0.0911-0.4213-0.0502-0.07030.61550.3722-0.8151-0.08020.1928-0.0226-0.02830.20920.06490.39465.030328.61429.8254
29.21645.2273-3.99293.4014-3.30045.60680.0088-0.5594-0.47830.7443-0.3066-0.87390.0820.6150.29050.2853-0.0127-0.02950.26920.10490.3520.219329.835340.2757
33.6733-2.77711.16382.72850.85146.86820.11060.33470.2625-0.1025-0.10160.0042-0.17790.1032-0.03770.1852-0.0437-0.0060.21720.06990.237910.541235.935232.9141
46.65512.72840.34265.76811.89687.16570.4038-0.5668-0.81830.5868-0.52350.81870.781-0.68560.07840.2619-0.08210.00350.31540.07680.50856.677617.566743.0481
54.2791-5.7525-0.84059.4643.49194.19430.0333-0.1499-0.1696-0.6507-0.2932-1.0660.0718-0.04160.27140.30180.00460.03840.36420.11320.702412.56749.787534.7738
62.25180.8703-0.78563.391-1.97676.46350.00960.0454-0.203-0.02740.03330.10060.20280.0555-0.0410.1208-0.05890.00930.19920.01660.2311.479824.681333.6195
77.31692.1699-4.24716.9616-0.97998.4586-0.13190.2964-0.508-0.10030.0505-0.1490.3681-0.06770.04880.1567-0.0211-0.02170.20040.02950.223724.17625.290428.443
85.13272.27565.01441.17492.34084.98230.9668-0.7607-1.59530.2537-0.5976-0.77440.818-0.834-0.4190.2676-0.0988-0.00150.3158-0.01190.370512.832423.498430.0149
99.16151.5846-2.04085.45612.24299.2778-0.38960.1635-0.6656-0.2025-0.18650.33410.5983-0.55380.53110.2146-0.0586-00.28340.05980.40720.598522.455933.3664
105.93272.77351.06856.37070.8883.18870.1677-0.8035-0.47740.74770.09320.46990.5387-0.6083-0.21510.30920.01140.14610.32170.05350.234511.628643.731450.9461
113.7473-4.5428-5.47218.47624.57749.41520.1250.6974-0.082-0.9162-0.54131.4436-0.5505-0.84140.43280.29410.0581-0.05890.33950.01560.50075.221647.817233.8738
121.70210.58371.90664.0817-0.83455.59410.08550.13280.1610.0835-0.14780.0167-0.01910.1270.08660.16470.00120.02090.1604-0.00380.19512.600941.403141.863
135.2807-3.846-0.18024.9006-0.9834.0526-0.1889-0.78581.1160.54280.08981.3194-0.7015-2.0750.21280.45690.12160.2140.7607-0.02940.996-5.068949.941648.567
145.93225.79665.27895.66385.11097.9660.1925-0.1345-0.25930.1779-0.0111-0.03470.5028-0.5134-0.20480.1429-0.06330.08950.2638-0.00360.19947.380941.476945.3857
153.9266-1.55953.93946.2734-5.85588.46310.13460.01490.3450.3011-0.03940.3336-0.19550.0691-0.11330.1901-0.0170.07530.24920.00650.304315.537555.043643.2111
169.9026-3.52123.65822.9288-0.80085.0193-0.16770.46660.6387-0.2399-0.171.3525-0.7871-1.35150.25770.30840.0968-0.02340.4380.02430.62374.704658.824836.239
176.5-3.16154.66924.3494-3.84774.7539-0.2061-0.47710.72020.6381-0.02920.4287-0.488-1.40460.2370.2856-0.03020.1070.3173-0.08040.38818.593251.725647.2886
188.3096.48113.10097.01270.09814.49980.3333-1.08860.53620.9854-0.31910.7902-0.0265-0.82470.04390.3519-0.02810.18340.61490.04790.45764.597842.748855.4763
196.5885-1.12520.7824.3898-0.18765.0575-0.01070.53150.2889-0.18180.0315-0.4178-0.04210.1443-0.00950.12220.00210.01540.30450.04860.218841.659937.655224.5974
202.97012.0529-1.75982.43990.07523.3710.1038-0.04410.0686-0.0991-0.092-0.27670.12260.3222-0.02530.20650.0606-0.01260.28070.09740.331243.475836.691827.9664
219.1381-5.5674-4.47783.95493.52193.34650.63961.9132-0.0564-2.1244-1.1080.3135-0.4596-1.04160.42740.80020.1833-0.14940.7875-0.01050.701853.52628.752211.748
224.1119-4.4863-5.41334.98685.77559.45810.57892.1494-0.0833-1.8222-0.65570.4915-0.10340.95530.08410.71770.2091-0.00931.07930.11820.629952.15437.016610.9737
235.50121.27941.86763.07262.12921.66860.2743-0.1536-0.04260.2385-0.3661-0.5085-0.04940.27430.12120.13620.0593-0.01480.21370.06310.27744.100534.874627.8727
241.25321.7257-0.58326.9722-2.50737.69910.04360.419-0.0485-0.4295-0.1008-0.44490.13010.21960.04250.1950.0350.04490.30630.03740.236735.353133.908417.295
258.4386.34773.8035.03933.49775.26430.48090.5319-1.13360.20050.1625-0.94530.56690.6568-0.64650.27280.0688-0.0840.3713-0.05130.477850.345926.716827.6879
267.26913.9605-1.74963.25851.51725.97380.0820.50630.5929-0.3394-0.2307-0.7776-0.38230.64980.18790.19610.01230.0230.32220.09830.48244.964954.215937.6604
273.87833.08843.93796.59044.92455.03530.0807-0.7608-0.85371.0579-0.36560.48021.431-0.34140.16980.43430.05070.13490.35950.10950.440934.418139.988543.5577
287.7558-3.20252.63486.118-2.0086.55220.25310.0890.0251-0.0975-0.0539-0.0416-0.00720.0852-0.21230.1359-0.00160.02050.12750.02060.251439.684647.219934.4612
294.08825.22250.05599.10990.68311.75110.0426-2.3323-0.08244.59970.2245-2.07390.03480.3163-0.20481.00070.1293-0.23060.8986-0.01050.761150.652846.839554.8676
306.5842-5.3334-2.08749.36412.20698.1683-0.1478-0.4112-0.71581.1993-0.4342-0.22330.257-0.08070.53190.4111-0.0513-0.0550.50980.10750.442145.708246.065850.9507
313.4505-0.1755-2.0581.27340.87963.62620.1337-0.2090.14640.1687-0.0128-0.2-0.02550.098-0.11970.1773-0.0205-0.05820.18610.05350.301334.885952.304743.6694
325.8315-4.4135-1.69883.42240.80474.4044-0.0126-0.88610.660.17060.0023-0.8831-0.33830.9792-0.06730.2338-0.0551-0.01560.47470.07070.504551.977353.50142.0914
331.90980.3083-2.06885.0736-1.8368.14710.03120.72110.6442-0.15410.29860.4057-0.1893-0.5795-0.39460.2786-0.0145-0.03450.41520.16780.306515.695648.920611.0868
341.2131-1.0586-0.08592.942-0.74131.776-0.04980.74230.1158-0.46160.19160.4054-0.0441-0.40020.02190.40990.0083-0.02290.5940.23840.343217.605951.85759.2645
353.70354.24861.26665.34283.2617.4715-0.44340.3825-0.0451-0.03160.20621.1731.5704-1.43730.22340.7859-0.1395-0.06840.94470.35830.81944.860446.5061.9815
360.1537-0.59270.40772.2648-1.44052.5879-0.02260.47660.127-0.47350.06550.07650.1331-0.2393-0.08020.3393-0.0096-0.01920.49030.14370.255817.75543.39267.5331
374.0478-1.304-1.21112.5769-0.74242.5475-0.1375-0.08020.03920.44260.30740.4765-0.4115-0.4963-0.33940.42580.20660.12750.45560.27310.456713.872567.315122.0111
388.97375.5502-0.64289.2051-0.58446.8778-0.17670.8855-0.2288-0.55250.3797-1.5728-0.02221.2384-0.16620.2760.03410.08920.60090.07970.490330.803159.927719.0266
392.2453-0.3219-0.49481.43270.57055.6039-0.0040.2474-0.0267-0.19870.21210.18640.059-0.3326-0.20970.2450.03850.00620.34780.17280.300618.107959.032420.0991
405.3703-0.42981.49960.04420.05643.73250.02220.56891.643-0.89410.1854-0.298-1.82270.2888-0.01030.91820.00350.1380.45190.25920.876626.814276.941115.2886
410.0243-0.25890.32433.7196-2.58285.09010.04390.10750.0942-0.10590.04320.039-0.1786-0.2354-0.40910.39240.11690.1030.46070.26760.377117.636464.506617.577
421.4392-1.2510.83481.51520.00781.76870.16160.17830.6999-0.06080.0918-0.2886-0.425-0.1531-0.16790.32490.04180.08090.25530.13580.421425.154865.505630.0256
430.378-0.32080.79991.2411-1.18682.0341-0.14910.02020.14830.2198-0.0335-0.1541-0.4659-0.0564-0.07350.50660.2040.08610.64230.48620.65113.694873.922516.8709
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 9 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 10 through 18 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 19 through 39 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 40 through 49 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 50 through 58 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 59 through 89 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 90 through 113 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 114 through 121 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 122 through 136 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 2 through 9 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 10 through 18 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 19 through 41 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 42 through 68 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 69 through 77 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 78 through 107 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 108 through 113 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 114 through 121 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 122 through 136 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 2 through 18 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 19 through 49 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 50 through 56 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 57 through 66 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 67 through 80 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 81 through 121 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 122 through 136 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 2 through 9 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 10 through 18 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 19 through 41 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 42 through 61 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 62 through 68 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 69 through 121 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 122 through 136 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 2 through 18 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 19 through 49 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 50 through 70 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resid 71 through 136 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 2 through 9 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 10 through 18 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 19 through 41 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 42 through 68 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 69 through 78 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'F' and (resid 79 through 121 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'F' and (resid 122 through 136 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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