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Yorodumi- PDB-6qa2: R80A MUTANT OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE FROM MYCOBACTERIUM T... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6qa2 | ||||||||||||
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Title | R80A MUTANT OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS | ||||||||||||
Components | Nucleoside diphosphate kinase | ||||||||||||
Keywords | TRANSFERASE / Remodeling / Open and closed binding site | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||||||||
Authors | Dautant, A. / Henri, J. / Wales, T.E. / Meyer, P. / Engen, J.R. / Georgescauld, F. | ||||||||||||
Funding support | France, 3items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2019 Title: Remodeling of the Binding Site of Nucleoside Diphosphate Kinase Revealed by X-ray Structure and H/D Exchange. Authors: Dautant, A. / Henri, J. / Wales, T.E. / Meyer, P. / Engen, J.R. / Georgescauld, F. #1: Journal: Biochemistry / Year: 2017 Title: Hydrogen/Deuterium Exchange Mass Spectrometry Reveals Mechanistic Details of Activation of Nucleoside Diphosphate Kinases by Oligomerization. Authors: Dautant, A. / Meyer, P. / Georgescauld, F. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6qa2.cif.gz | 309.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6qa2.ent.gz | 255.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6qa2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/6qa2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/6qa2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4aneS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14436.353 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: R80A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25177 / H37Ra) (bacteria) Strain: ATCC 25177 / H37Ra / Gene: ndk, MRA_2471 / Plasmid: pET24 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): RIL / References: UniProt: A5U5E1, nucleoside-diphosphate kinase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.99 Å3/Da / Density % sol: 58.84 % / Description: Platelets |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 0.8 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES-NaOH, pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-3 / Wavelength: 0.961 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Feb 23, 2018 / Details: NULL |
Radiation | Monochromator: SI (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.961 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→34.3 Å / Num. obs: 52205 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 25.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 10.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.32 Å / Redundancy: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.787 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 7546 / Rpim(I) all: 0.299 / Rrim(I) all: 0.843 / % possible all: 98.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4ANE Resolution: 2.2→34.067 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.86
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→34.067 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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