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- PDB-6q9w: X-ray structure of compound 15 bound to HdmX: Structural states o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q9w
タイトルX-ray structure of compound 15 bound to HdmX: Structural states of Hdm2 and HdmX: X-ray elucidation of adaptations and binding interactions for different chemical compound classes
要素Protein Mdm4
キーワードAPOPTOSIS / HDMX / MDM4
機能・相同性
機能・相同性情報


atrial septum development / heart valve development / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / transcription repressor complex / Stabilization of p53 / Oncogene Induced Senescence / negative regulation of protein catabolic process ...atrial septum development / heart valve development / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / transcription repressor complex / Stabilization of p53 / Oncogene Induced Senescence / negative regulation of protein catabolic process / Regulation of TP53 Activity through Methylation / ubiquitin-protein transferase activity / Regulation of TP53 Degradation / cellular response to hypoxia / protein-containing complex assembly / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein stabilization / Ub-specific processing proteases / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
MDM4 / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) ...MDM4 / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HRT / 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE / Protein Mdm4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Kallen, J.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2019
タイトル: Structural States of Hdm2 and HdmX: X-ray Elucidation of Adaptations and Binding Interactions for Different Chemical Compound Classes.
著者: Kallen, J. / Izaac, A. / Chau, S. / Wirth, E. / Schoepfer, J. / Mah, R. / Schlapbach, A. / Stutz, S. / Vaupel, A. / Guagnano, V. / Masuya, K. / Stachyra, T.M. / Salem, B. / Chene, P. / ...著者: Kallen, J. / Izaac, A. / Chau, S. / Wirth, E. / Schoepfer, J. / Mah, R. / Schlapbach, A. / Stutz, S. / Vaupel, A. / Guagnano, V. / Masuya, K. / Stachyra, T.M. / Salem, B. / Chene, P. / Gessier, F. / Holzer, P. / Furet, P.
履歴
登録2018年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rpim_I_all ..._reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Mdm4
B: Protein Mdm4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,72810
ポリマ－22,3742
非ポリマー2,3548
水3,045169
1
A: Protein Mdm4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3645
ポリマ－11,1871
非ポリマー1,1774
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein Mdm4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3645
ポリマ－11,1871
非ポリマー1,1774
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.152, 50.334, 92.377
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-395-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein Mdm4 / Double minute 4 protein / Mdm2-like p53-binding protein / Protein Mdmx / p53-binding protein Mdm4


分子量: 11186.985 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain, p53 binding domain / 変異: C17S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDM4, MDMX / プラスミド: pET28-derived vector / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O15151
#2: 化合物 ChemComp-HRT / (4~{S})-4-(4-chlorophenyl)-5-[(1~{S})-1-(3-chlorophenyl)ethyl]-2-(2,4-dimethoxypyrimidin-5-yl)-3-propan-2-yl-4~{H}-pyrrolo[3,4-d]imidazol-6-one


分子量: 552.452 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H27Cl2N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-O4B / 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE / 18-クラウン-6


分子量: 264.315 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2.25M AmSO4, 4% w/v 18-crown-ether, 0.1M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99984 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月16日
放射モノクロメーター: SI 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→19.38 Å / Num. obs: 32626 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 25.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rpim(I) all: 0.447 / Rrim(I) all: 0.567 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Q9Q

6q9q


解像度: 1.55→19.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 1.503 / SU ML: 0.056 / SU R Cruickshank DPI: 0.0897 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.088
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2404 1632 5 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.2172 30991 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 56.31 Å2 / Biso mean: 21.292 Å2 / Biso min: 9.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→19.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1359 0 149 169 1677
Biso mean--29.42 33.58 -
残基数----170
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0221545
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1652.0872066
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5455170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg46.23424.83962
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.25115267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.074156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2211
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211091
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 119 -
Rwork0.297 2245 -
all-2364 -
obs--99.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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