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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6q92 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human Arginase-1 at pH 7.0 in complex with ABH | ||||||
![]() | Arginase-1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / hydrolase inhibitor / borate / manganese cluster / pH-dependent | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation ...positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation / arginine catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / specific granule lumen / azurophil granule lumen / manganese ion binding / adaptive immune response / innate immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Grobben, Y. / Uitdehaag, J.C.M. / Zaman, G.J.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into human Arginase-1 pH dependence and its inhibition by the small molecule inhibitor CB-1158. 著者: Grobben, Y. / Uitdehaag, J.C.M. / Willemsen-Seegers, N. / Tabak, W.W.A. / de Man, J. / Buijsman, R.C. / Zaman, G.J.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 150.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 114.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 45.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36951.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal his tag with thrombin cleavage site / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 % / 解説: clear rod-like hexagonal crystals |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: Crystals were generated from 22 % PEG 1500, 0.2 M MIB buffer pH 4.0 (sodium malonate, imidazole and boric acid in a 2:3:3 molar ratio). Crystals were equilibrated to soaking solution (22 % ...詳細: Crystals were generated from 22 % PEG 1500, 0.2 M MIB buffer pH 4.0 (sodium malonate, imidazole and boric acid in a 2:3:3 molar ratio). Crystals were equilibrated to soaking solution (22 % PEG 1500, 0.2 M MMT buffer pH 7.0 (DL-malic acid, MES, Tris base in a 1:2:2 molar ratio). Subsequently, crystals were gradually soaked for 13 days in soaking solution containing 15 mM ABH. Temp details: room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月6日 / 詳細: transfocator | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: diamond beam splitter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.966 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.5→39.14 Å / Num. obs: 99464 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 13.91 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.122 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 6.9 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.608 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4790 / CC1/2: 0.293 / Rpim(I) all: 0.508 / Rrim(I) all: 0.796 / Χ2: 0.82 / % possible all: 96.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2AEB 解像度: 1.5→39.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 0.679 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.012 / ESU R Free: 0.011 詳細: Hydrogens have been added in riding positions. Refinement with 'crystal is twinned' switched on. Refinement of anisotropic B-factors for the Manganese cluster only.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.294 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.5→39.14 Å
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拘束条件 |
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