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- PDB-6q8n: GH10 endo-xylanase in complex with xylobiose epoxide inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q8n
タイトルGH10 endo-xylanase in complex with xylobiose epoxide inhibitor
要素Beta-xylanaseキシラナーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose binding / endo-1,4-beta-xylanase activity / キシラナーゼ / xylan catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Glycoside hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 ...CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Glycoside hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HQ8 / : / beta-D-xylopyranose / キシラナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus aculeatus ATCC 16872 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Davies, G.J. / Rowland, R.J. / Wu, L. / Moroz, O. / Blagova, E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M011151/1 英国
引用ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2019
タイトル: Dynamic and Functional Profiling of Xylan-Degrading Enzymes inAspergillusSecretomes Using Activity-Based Probes.
著者: Schroder, S.P. / de Boer, C. / McGregor, N.G.S. / Rowland, R.J. / Moroz, O. / Blagova, E. / Reijngoud, J. / Arentshorst, M. / Osborn, D. / Morant, M.D. / Abbate, E. / Stringer, M.A. / Krogh, ...著者: Schroder, S.P. / de Boer, C. / McGregor, N.G.S. / Rowland, R.J. / Moroz, O. / Blagova, E. / Reijngoud, J. / Arentshorst, M. / Osborn, D. / Morant, M.D. / Abbate, E. / Stringer, M.A. / Krogh, K.B.R.M. / Raich, L. / Rovira, C. / Berrin, J.G. / van Wezel, G.P. / Ram, A.F.J. / Florea, B.I. / van der Marel, G.A. / Codee, J.D.C. / Wilson, K.S. / Wu, L. / Davies, G.J. / Overkleeft, H.S.
履歴
登録2018年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-xylanase
B: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,01738
ポリマ－85,8112
非ポリマー3,20536
水11,367631
1
A: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,57020
ポリマ－42,9061
非ポリマー1,66519
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,44618
ポリマ－42,9061
非ポリマー1,54117
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.120, 75.750, 221.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-xylanase / キシラナーゼ


分子量: 42905.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aspergillus aculeatus ATCC 16872 (カビ)
遺伝子: ASPACDRAFT_127619 / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: A0A1L9WG58, キシラナーゼ

-
糖 , 2種, 6分子

#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-XYP / beta-D-xylopyranose / beta-D-xylose / D-xylose / xylose / β-D-キシロピラノ-ス / キシロース


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DXylpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 661分子

#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-HQ8 / (1~{R},2~{S},4~{S},5~{R})-cyclohexane-1,2,3,4,5-pentol / (+)-プロトクエルシト-ル / クエルシトール


分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 631 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Sodium/potassium phosphate (pH 6.9). Co-crystallisation with xylobiose epoxide inhibitor.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.96862 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→62.57 Å / Num. obs: 81568 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 7.95 % / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 10.69
反射 シェル解像度: 1.76→1.79 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / Num. unique obs: 4016 / Rpim(I) all: 0.69

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U7B

3u7b


解像度: 1.76→62.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.601 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.1 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20473 4031 4.9 %RANDOM
Rwork0.16699 ---
obs0.16886 77449 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.914 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6 Å2-0 Å20 Å2
2--0.15 Å2-0 Å2
3----1.76 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.76→62.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4861 0 200 631 5692
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0135221
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.751.6757129
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4411.59110755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6595654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.40924.795219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.10815718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg4.604158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2723
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025831
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021045
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8682.512601
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8682.5092600
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3613.7483260
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.363.753261
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3912.692620
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.392.692621
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2563.9343870
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.37330.5265770
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.37230.5265771
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.806 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 302 -
Rwork0.352 5633 -
obs--99.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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