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万見
- PDB-6q8f: Nterminal domain of human SMU1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q8f
タイトルNterminal domain of human SMU1
要素WD40 repeat-containing protein SMU1
キーワードSPLICING / Splicing factor
機能・相同性
機能・相同性情報


U2-type precatalytic spliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / precatalytic spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear speck / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
WD40 repeat-containing protein SMU1 / : / LisH-like dimerisation domain / C-terminal to LisH motif. / CTLH, C-terminal LisH motif / C-terminal to LisH (CTLH) motif profile. / Lissencephaly type-1-like homology motif / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / G-protein beta WD-40 repeat ...WD40 repeat-containing protein SMU1 / : / LisH-like dimerisation domain / C-terminal to LisH motif. / CTLH, C-terminal LisH motif / C-terminal to LisH (CTLH) motif profile. / Lissencephaly type-1-like homology motif / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
WD40 repeat-containing protein SMU1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Tengo, L. / Le Corre, L. / Fournier, G. / Ashraf, U. / Busca, P. / Rameix-Welti, M.-A. / Gravier-Pelletier, C. / Ruigrok, R.W.H. / Jacob, Y. / Vidalain, P.-O. ...Tengo, L. / Le Corre, L. / Fournier, G. / Ashraf, U. / Busca, P. / Rameix-Welti, M.-A. / Gravier-Pelletier, C. / Ruigrok, R.W.H. / Jacob, Y. / Vidalain, P.-O. / Pietrancosta, N. / Naffakh, N. / McCarthy, A.A. / Crepin, T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Destabilization of the human RED-SMU1 splicing complex as a basis for host-directed antiinfluenza strategy.
著者: Ashraf, U. / Tengo, L. / Le Corre, L. / Fournier, G. / Busca, P. / McCarthy, A.A. / Rameix-Welti, M.A. / Gravier-Pelletier, C. / Ruigrok, R.W.H. / Jacob, Y. / Vidalain, P.O. / Pietrancosta, N. ...著者: Ashraf, U. / Tengo, L. / Le Corre, L. / Fournier, G. / Busca, P. / McCarthy, A.A. / Rameix-Welti, M.A. / Gravier-Pelletier, C. / Ruigrok, R.W.H. / Jacob, Y. / Vidalain, P.O. / Pietrancosta, N. / Crepin, T. / Naffakh, N.
履歴
登録2018年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD40 repeat-containing protein SMU1
B: WD40 repeat-containing protein SMU1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,5924
ポリマ－115,3482
非ポリマー2452
水3,909217
1
B: WD40 repeat-containing protein SMU1
ヘテロ分子

A: WD40 repeat-containing protein SMU1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,5924
ポリマ－115,3482
非ポリマー2452
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area4880 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area21380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.183, 41.225, 123.599
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 WD40 repeat-containing protein SMU1 / Smu-1 suppressor of mec-8 and unc-52 protein homolog


分子量: 57673.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMU1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2TAY7
#2: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 16-20 % PEG 10K, 0.1 M ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 31423 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 5.6 % / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / Num. unique obs: 1956 / Rrim(I) all: 0.536 / % possible all: 81.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→39.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 3.483 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.138 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21375 1610 5.1 %RANDOM
Rwork0.17442 ---
obs0.17644 29818 97.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.692 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.97 Å2-0 Å21.19 Å2
2---0.55 Å2-0 Å2
3----0.48 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→39.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3024 0 15 217 3256
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0133089
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0173001
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.491.644183
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3471.5716964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9265378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.00622.284162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.02515573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6351524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2411
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.023359
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02593
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5142.5081521
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5142.5051519
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0593.7341893
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.0583.7341893
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2552.8941568
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2542.8941569
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.4164.22290
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.08129.8873545
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.09929.8363508
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 108 -
Rwork0.258 1826 -
obs--81.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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