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- PDB-6q7v: Crystal structure of PqsR (MvfR) ligand-binding domain in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q7v
タイトルCrystal structure of PqsR (MvfR) ligand-binding domain in complex with compound 11
要素Transcriptional regulator MvfR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Quorum sensing / LysR-type transcriptional regulator / Pseudomonas Quinolone Signaling system / LTTR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of transmembrane transport / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #290 / : / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #290 / : / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HLK / Multiple virulence factor regulator MvfR
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Witzgall, F. / Blankenfeldt, W.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2020
タイトル: Flexible Fragment Growing Boosts Potency of Quorum-Sensing Inhibitors against Pseudomonas aeruginosa Virulence.
著者: Zender, M. / Witzgall, F. / Kiefer, A. / Kirsch, B. / Maurer, C.K. / Kany, A.M. / Xu, N. / Schmelz, S. / Borger, C. / Blankenfeldt, W. / Empting, M.
履歴
登録2018年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator MvfR
B: Transcriptional regulator MvfR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9714
ポリマ－51,4002
非ポリマー5702
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area18540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.380, 119.310, 114.408
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 94 through 107 or resid 109...
21(chain B and (resid 94 through 107 or resid 109...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNPHEPHE(chain A and (resid 94 through 107 or resid 109...AA94 - 1074 - 17
12ASPASPPHEPHE(chain A and (resid 94 through 107 or resid 109...AA109 - 11919 - 29
13ASNASNASNASN(chain A and (resid 94 through 107 or resid 109...AA12030
14ARGARGGLNGLN(chain A and (resid 94 through 107 or resid 109...AA93 - 2983 - 208
15ARGARGGLNGLN(chain A and (resid 94 through 107 or resid 109...AA93 - 2983 - 208
16ARGARGGLNGLN(chain A and (resid 94 through 107 or resid 109...AA93 - 2983 - 208
17ARGARGGLNGLN(chain A and (resid 94 through 107 or resid 109...AA93 - 2983 - 208
21ASNASNPHEPHE(chain B and (resid 94 through 107 or resid 109...BB94 - 1074 - 17
22ASPASPASNASN(chain B and (resid 94 through 107 or resid 109...BB109 - 12019 - 30
23METMETMETMET(chain B and (resid 94 through 107 or resid 109...BB12131
24ASNASNLEULEU(chain B and (resid 94 through 107 or resid 109...BB94 - 2954 - 205
25ASNASNLEULEU(chain B and (resid 94 through 107 or resid 109...BB94 - 2954 - 205
26ASNASNLEULEU(chain B and (resid 94 through 107 or resid 109...BB94 - 2954 - 205

-
要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator MvfR


分子量: 25700.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: mvfR, PA1003 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I4X0
#2: 化合物 ChemComp-HLK / ~{N}4-[(4-fluorophenyl)methyl]-6-(trifluoromethyl)pyridine-2,4-diamine


分子量: 285.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H11F4N3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 0.1 M MES (pH 5.7), 0.1 M NaH2PO4, 0.1 M K2HPO4, 2.4 M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→46.65 Å / Num. obs: 56181 / % possible obs: 84.5 % / 冗長度: 11.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.24 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.252 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 641266
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible allCC1/2
1.83-1.871.21.3699411.3431.91923.2
8.96-46.6512.50.0226380.0060.02399.41

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14rc1_3177精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4JVC

4jvc


解像度: 2.56→46.654 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2439 716 4.75 %
Rwork0.2148 14371 -
obs0.2162 15087 61.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 216.93 Å2 / Biso mean: 88.9846 Å2 / Biso min: 29.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.56→46.654 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3130 0 62 28 3220
Biso mean--77.2 49.33 -
残基数----408
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1786X-RAY DIFFRACTION8.393TORSIONAL
12B1786X-RAY DIFFRACTION8.393TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5596-2.75720.3497260.383849051611
2.7572-3.03460.4061720.35191263133528
3.0346-3.47360.30051270.2953157328468
3.4736-4.37590.24772530.218246524905100
4.3759-46.66190.22082380.185448095047100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.75663.1345-0.16125.886-1.01570.37670.0238-0.2578-0.68771.4927-0.4192-0.93910.6002-0.3545-0.54970.4198-0.01740.29180.5553-0.09320.6219-45.6496-36.095225.2046
22.5003-0.0432-0.99021.7594-1.32453.4282-0.32390.4145-0.69680.1047-0.12320.0387-0.0262-0.7887-0.13390.43510.02780.08310.3029-0.03510.4758-39.4037-32.208319.251
30.0570.0128-0.20330.8349-0.01670.4387-0.3022-0.11610.61671.534-0.19230.0199-0.4716-0.57760.00770.9646-0.149-0.40130.8030.17440.8127-18.603-15.603130.5251
40.37280.05120.21260.0004-0.07670.5369-0.88230.5055-1.24760.0139-0.0072-0.24860.90051.2698-0.02510.74930.05270.00250.83150.02360.6683-25.6118-32.359825.4664
51.0891-0.66210.76571.4258-0.26490.6992-0.4218-1.0432-0.01331.55930.4358-0.2929-0.45450.6991-0.04250.79770.0045-0.18940.45690.09060.5163-28.1763-27.357835.8261
60.41550.2034-0.02650.5521-0.54660.6927-0.4114-0.53390.35711.0626-0.2019-0.2583-0.82370.4555-0.00840.79760.0855-0.06960.54330.04210.5337-31.5782-20.703932.2975
70.7550.06870.8830.04710.24111.3756-0.2246-0.73930.83771.3564-0.24230.5176-0.6924-0.3329-0.67541.26010.0277-0.03770.5216-0.06280.6391-31.8866-12.513930.0469
80.39520.10710.00180.2938-0.25080.878-0.0281.09240.02970.325-0.10720.57490.3726-0.2972-0.00120.4912-0.00870.08580.7104-0.17050.5631-43.5379-31.030913.8604
93.96871.0021.01323.3281.32695.43750.0912-0.15530.83441.18650.06251.8842-0.9607-2.60921.1281.00110.35140.21981.19510.1990.6069-52.5365-24.361914.3971
102.34631.320.12541.2504-0.22340.9075-0.2434-0.0518-0.177-0.07250.2932-1.26090.20.4867-0.37040.26070.3174-0.10360.39050.22670.8537-20.2645-9.89322.3097
110.19940.04120.10140.7918-0.27191.1554-0.18430.102-0.17150.1710.2934-1.1420.060.32290.00560.36320.1642-0.0070.42510.05880.6831-21.2918-7.80382.5601
120.09650.1091-0.30380.1292-0.41871.36560.15370.8272-0.0467-0.4137-0.3048-1.15430.32030.0895-0.22460.37130.0798-0.03020.60840.30721.0947-12.7991-14.78624.8603
131.51980.50482.50020.24651.00364.4322-0.046-1.0211-0.45680.2995-0.1184-0.61030.5031-0.2773-0.33660.52390.1247-0.0490.4330.13710.651-22.4567-17.986211.8676
141.92780.38820.36960.99580.69840.7684-0.48021.13870.4929-0.5193-0.20291.24110.8919-0.5232-0.14660.606-0.13890.02740.8407-0.23560.5035-43.1958-27.7367-6.1115
150.82370.49440.78992.71660.3961.68790.09590.4934-0.53380.4791-0.1176-0.6680.952-0.3847-0.00980.8052-0.05790.12610.6719-0.11090.6609-31.3407-32.5721-2.0711
160.8730.80240.46470.72350.42040.7244-0.3550.8665-0.3112-1.2021-0.15330.28250.2264-0.7507-0.00370.5714-0.02630.10390.5914-0.05060.3903-35.9486-21.6805-8.5961
170.11730.3594-0.06991.7142-0.27940.0556-0.6520.19520.2593-0.798-0.03421.41910.0146-0.2733-0.40650.5130.0823-0.08450.9879-0.00380.4463-43.5169-23.04670.3365
183.8106-1.82491.9462.10081.52265.7175-0.1164-0.7795-0.28341.1865-0.2727-0.98370.68260.3058-3.12230.40920.0291-0.38840.47150.17960.6464-19.434-12.145713.5872
192.04021.12040.82931.9435-0.61711.18810.7012-0.51351.80771.3471-0.71920.6277-0.4425-0.62560.10710.66860.08840.0540.53290.05530.5025-28.5828-2.960112.555
201.77410.46881.42390.32440.36171.03220.382-0.2249-0.45950.0065-0.3163-0.24920.1499-0.7420.07990.47610.09350.20150.57-0.06630.4639-46.9382-32.702424.5271
210.1518-0.0254-0.0660.03620.090.02560.3185-1.27860.67881.29730.61430.6463-0.3607-1.23240.00271.18920.51430.06731.6181-0.09031.1483-54.838-26.844323.2354
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 119 through 136 )B119 - 136
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 137 through 173 )B137 - 173
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 174 through 193 )B174 - 193
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 194 through 212 )B194 - 212
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 213 through 229 )B213 - 229
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 230 through 242 )B230 - 242
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 243 through 262 )B243 - 262
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 263 through 277 )B263 - 277
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 278 through 295 )B278 - 295
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 93 through 104 )A93 - 104
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 105 through 136 )A105 - 136
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 137 through 148 )A137 - 148
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 149 through 166 )A149 - 166
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 167 through 180 )A167 - 180
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 181 through 220 )A181 - 220
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 221 through 247 )A221 - 247
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 248 through 264 )A248 - 264
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 265 through 278 )A265 - 278
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 279 through 298 )A279 - 298
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 94 through 104 )B94 - 104
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 105 through 118 )B105 - 118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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