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- PDB-6q7l: Spiral structure of E. coli RavA in the RavA-LdcI cage-like complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q7l
タイトルSpiral structure of E. coli RavA in the RavA-LdcI cage-like complex
要素
  • (ATPase RavA) x 2
  • Inducible lysine decarboxylase
キーワードHYDROLASE / Complex / MoxR ATPase / Lysine decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine decarboxylase activity / lysine decarboxylase / lysine decarboxylase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / L-arginine catabolic process / pyridoxal phosphate binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding ...arginine decarboxylase activity / lysine decarboxylase / lysine decarboxylase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / L-arginine catabolic process / pyridoxal phosphate binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / ATPase, RavA, C-terminal / ATPase RavA / ATPase RavA-like, AAA lid domain / MoxR domain / ATPase RavA, LARA domain / ATPase RavA, LARA domain superfamily / ATPase, RavA, C-terminal / AAA lid domain / MoxR domain in the MoxR-vWA-beta-propeller ternary systems ...: / ATPase, RavA, C-terminal / ATPase RavA / ATPase RavA-like, AAA lid domain / MoxR domain / ATPase RavA, LARA domain / ATPase RavA, LARA domain superfamily / ATPase, RavA, C-terminal / AAA lid domain / MoxR domain in the MoxR-vWA-beta-propeller ternary systems / ATPase, RavA, LARA domain / Orn/Lys/Arg decarboxylase, N-terminal / Ornithine/lysine/arginine decarboxylase / Orn/Lys/Arg decarboxylase, N-terminal domain / Orn/Lys/Arg decarboxylases family 1 pyridoxal-P attachment site. / Orn/Lys/Arg decarboxylase, C-terminal / Orn/Lys/Arg decarboxylase, C-terminal domain / Orn/Lys/Arg decarboxylase, major domain / Orn/Lys/Arg decarboxylase, C-terminal domain superfamily / Orn/Lys/Arg decarboxylase, major domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / ATPase RavA / Inducible lysine decarboxylase / Regulatory ATPase RavA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.6 Å
データ登録者Arragain, B. / Felix, J. / Malet, H. / Gutsche, I. / Jessop, M.
資金援助 フランス, 4件
組織認可番号国
European Union647784 フランス
Grenoble Instruct-ERIC CenterUMS 3518 CNRS-CEA-UJF-EMBL フランス
French Infrastructure for Integrated Structural BiologyANR-10-INSB-05-02 フランス
European Molecular Biology OrganizationALTF441-2017 フランス
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Structural insights into ATP hydrolysis by the MoxR ATPase RavA and the LdcI-RavA cage-like complex.
著者: Matthew Jessop / Benoit Arragain / Roger Miras / Angélique Fraudeau / Karine Huard / Maria Bacia-Verloop / Patrice Catty / Jan Felix / Hélène Malet / Irina Gutsche /
要旨: The hexameric MoxR AAA+ ATPase RavA and the decameric lysine decarboxylase LdcI form a 3.3 MDa cage, proposed to assist assembly of specific respiratory complexes in E. coli. Here, we show that ...The hexameric MoxR AAA+ ATPase RavA and the decameric lysine decarboxylase LdcI form a 3.3 MDa cage, proposed to assist assembly of specific respiratory complexes in E. coli. Here, we show that inside the LdcI-RavA cage, RavA hexamers adopt an asymmetric spiral conformation in which the nucleotide-free seam is constrained to two opposite orientations. Cryo-EM reconstructions of free RavA reveal two co-existing structural states: an asymmetric spiral, and a flat C2-symmetric closed ring characterised by two nucleotide-free seams. The closed ring RavA state bears close structural similarity to the pseudo two-fold symmetric crystal structure of the AAA+ unfoldase ClpX, suggesting a common ATPase mechanism. Based on these structures, and in light of the current knowledge regarding AAA+ ATPases, we propose different scenarios for the ATP hydrolysis cycle of free RavA and the LdcI-RavA cage-like complex, and extend the comparison to other AAA+ ATPases of clade 7.
履歴
登録2018年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年2月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年2月12日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年2月12日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年2月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02020年2月12日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02020年2月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02020年2月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update
改定 1.12025年4月9日Data content type: EM metadata
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Group: Data processing / Database references ...Data processing / Database references / Experimental summary / Refinement description
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
カテゴリ: database_2 / em_3d_fitting_list ...database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4469
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inducible lysine decarboxylase
B: Inducible lysine decarboxylase
C: Inducible lysine decarboxylase
D: Inducible lysine decarboxylase
E: Inducible lysine decarboxylase
F: Inducible lysine decarboxylase
G: Inducible lysine decarboxylase
H: Inducible lysine decarboxylase
I: Inducible lysine decarboxylase
J: Inducible lysine decarboxylase
K: Inducible lysine decarboxylase
L: Inducible lysine decarboxylase
M: Inducible lysine decarboxylase
N: Inducible lysine decarboxylase
O: Inducible lysine decarboxylase
P: Inducible lysine decarboxylase
Q: Inducible lysine decarboxylase
R: Inducible lysine decarboxylase
S: Inducible lysine decarboxylase
T: Inducible lysine decarboxylase
U: ATPase RavA
V: ATPase RavA
W: ATPase RavA
X: ATPase RavA
Y: ATPase RavA
Z: ATPase RavA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,972,43151
ポリマ－1,965,35226
非ポリマー7,07925
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area211250 Å2
ΔGint-895 kcal/mol
Surface area633700 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Inducible lysine decarboxylase / LDC


分子量: 81357.008 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cadA, ldcI, Z5734, ECs5113 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A9H4, lysine decarboxylase
#2: タンパク質 ATPase RavA / Regulatory ATPase variant A


分子量: 56454.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ravA, yieN, b3746, JW3725 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P31473, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#3: タンパク質
ATPase RavA / Regulatory ATPase variant A


分子量: 56351.445 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yieN, ravA, BN17_37001 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: J7QAN2, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#4: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate


分子量: 247.142 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#5: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of the hexameric MoxR AAA+ ATPase RavA and the decameric lysine decarboxylase LdcI.
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 3.3 MDa
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MG1655 delta_relA delta_spoT
緩衝液pH: 7.9
詳細: 20 mM Tris pH 7.9, 300 mM NaCl, 2 mM ADP, 10 mM MgCl 2 , 0.1 mM PLP and 1 mM DTT
試料濃度: 0.98 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Concentrations of LdcI and RavA were 0.38 mg/ml (4.67 microM) and 0.6 mg/ml (10.64 microM) respectively.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
詳細: Data collection was performed on an FEI Polara microscope operated at 300 kV. Movies of 40 frames were collected with a total exposure time of 8s and a total dose of 40e-/Angstrom^2 on a K2 ...詳細: Data collection was performed on an FEI Polara microscope operated at 300 kV. Movies of 40 frames were collected with a total exposure time of 8s and a total dose of 40e-/Angstrom^2 on a K2 summit direct electron detector (Gatan) at a magnification of 41270x, corresponding to 1.21 Angstrom/pixel at the specimen level.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 41270 X
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 1819
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 3-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN2粒子像選択
2Latitude画像取得
4GctfCTF補正
7iMODFITモデルフィッティング
9RELION2初期オイラー角割当
10RELION2最終オイラー角割当
11RELION2分類
12RELION2３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 18902
詳細: The cleanded dataset contains 11866 particles. Dataset expansion (C5) resulted in a dataset containing 59330 particles.
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 7.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19221 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
詳細: Local resolution estimation and subsequent filtering of maps were performed in Relion3.0. For fitting of atomic models in the resulting filtered maps, we used the previously-determined X-ray ...詳細: Local resolution estimation and subsequent filtering of maps were performed in Relion3.0. For fitting of atomic models in the resulting filtered maps, we used the previously-determined X-ray structures of LdcI (PDB ID: 3N75) (Kanjee et al., 2011) and RavA (PDB ID: 3NBX) (El Bakkouri et al., 2010). In each map, two decameric LdcI molecules extracted from PDB 3N75 and one spiral RavA hexamer extracted from a continuous RavA helix generated from PDB 3NBX were fitted separately using iMODFIT (Lopez-Blanco and Chacon, 2013), followed by a single round of B-factor (ADP) refinement in Phenix.
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
13N75

3n75

13N751PDBexperimental model
23NBX

3nbx

13NBX2PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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