PDB-6q78: The structure of GH26C from Muricauda sp. MAR_2010_75

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6q78

タイトル

The structure of GH26C from Muricauda sp. MAR_2010_75

要素

GH26C

キーワード

HYDROLASE / GH26 / glycoside hydrolase

生物種

Muricauda sp. MAR_2010_75 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Robb, C.S. / Hehemann, J.H.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of GH26C from Muricauda sp. MAR_2010_75
著者: Robb, C.S. / Hehemann, J.H.

履歴

登録	2018年12月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6q78.cif.gz	326.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6q78.ent.gz	265.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6q78.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/6q78 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/6q78	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vx6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1odz-2 6jwk-d 4ks5-d 3qxf-2 4pxo-d 5mvh-d 3gyc-1 1r7o-d 7e6q-1 4nrr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GH26C

B: GH26C

ヘテロ分子

95.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GH26C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
47.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GH26C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.119, 60.358, 148.995
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.92, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-856- HOH
2	1	B-873- HOH

#1: タンパク質	GH26C 分子量: 47806.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Muricauda sp. MAR_2010_75 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: mannan endo-1,4-beta-mannosidase
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 842 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.12 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris:HCl pH 5.5, 24 % w/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→49.4 Å / Num. obs: 132761 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.117 / R_pim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 1.5→1.52 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 6137 / CC_1/2: 0.668 / R_pim(I) all: 0.424 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2vx6

2vx6

解像度: 1.5→48.839 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.63

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1906	6753	5.09 %
R_work	0.1637	-	-
obs	0.165	132735	99.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→48.839 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6039	0	16	842	6897

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6227
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.066	8451
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.807	2211
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.096	869
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1119

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4986-1.5156	0.2652	184	0.249	3829	X-RAY DIFFRACTION	90
1.5156-1.5334	0.2331	224	0.2135	4128	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5334-1.5521	0.2312	244	0.2106	4223	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5521-1.5718	0.2294	201	0.1934	4134	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5718-1.5925	0.2176	226	0.1963	4256	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5925-1.6143	0.2236	224	0.1905	4116	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6143-1.6373	0.2226	203	0.1911	4242	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6373-1.6618	0.2404	210	0.1841	4170	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6618-1.6878	0.2183	260	0.1793	4163	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6878-1.7154	0.1884	225	0.1736	4172	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7154-1.745	0.2187	236	0.1752	4261	X-RAY DIFFRACTION	100
1.745-1.7767	0.2151	239	0.1747	4154	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7767-1.8109	0.2115	226	0.1791	4197	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8109-1.8479	0.2138	224	0.1711	4186	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8479-1.8881	0.1972	219	0.1584	4213	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8881-1.932	0.1842	230	0.1486	4222	X-RAY DIFFRACTION	100
1.932-1.9803	0.1547	251	0.1541	4173	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9803-2.0338	0.2044	201	0.1583	4221	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0338-2.0937	0.1782	211	0.1501	4237	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0937-2.1613	0.2018	207	0.1542	4262	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1613-2.2385	0.1753	236	0.1551	4200	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2385-2.3281	0.182	219	0.1541	4244	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3281-2.4341	0.2081	220	0.162	4194	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4341-2.5624	0.1857	233	0.1643	4202	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5624-2.723	0.186	230	0.1617	4226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.723-2.9332	0.1956	252	0.1647	4239	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9332-3.2283	0.1608	237	0.1604	4200	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2283-3.6953	0.171	226	0.151	4261	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6953-4.6551	0.16	228	0.1432	4304	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6551-48.8648	0.2119	227	0.1731	4353	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4467	-0.8253	-0.1971	0.5178	0.5165	1.4017	0.015	0.2318	0.3944	-0.3485	-0.025	0.2955	-0.3156	-0.169	-0.0457	0.1582	0.0355	-0.0794	0.1146	0.0237	0.2062	49.4515	58.0802	54.3428
2	0.5274	0.33	-0.2907	0.9006	-0.1668	1.0077	-0.0361	-0.0203	-0.0571	-0.0034	0.049	-0.1418	-0.0076	0.0883	-0.0157	0.0436	-0.0012	-0.0191	0.0842	-0.0046	0.1152	68.0716	42.9696	65.8031
3	0.7339	0.2459	0.099	1.0378	-0.0332	0.7206	0.0134	0.0285	-0.0811	-0.0266	-0.0062	0.0687	0.077	-0.0689	-0.0069	0.041	-0.0093	-0.0152	0.0854	-0.0005	0.1127	53.5005	35.2178	60.4999
4	0.9922	0.1738	0.3379	1.0382	0.3796	0.9643	-0.041	0.173	-0.0215	-0.2124	0.0959	-0.1076	-0.1179	0.1258	-0.0267	0.1072	-0.029	0.0132	0.1222	-0.0046	0.0926	67.0866	46.5494	48.8435
5	2.6344	0.2631	0.0821	1.3976	0.1384	1.725	0.0049	-0.1329	-0.1589	0.1251	-0.0056	0.0451	0.1929	-0.0244	0.0064	0.1305	-0.0008	0.0201	0.0585	-0.0106	0.0607	62.9025	15.5337	15.6043
6	0.6437	-0.3499	0.0042	1.5793	-0.6437	1.5356	0.0101	0.0071	0.0364	-0.0404	0.0603	-0.0357	-0.0458	0.0758	-0.0398	0.0731	-0.0225	0.0084	0.0859	-0.0274	0.0757	71.2332	28.3168	5.9917
7	0.0755	0.6664	-0.2781	9.8679	-3.8496	2.2163	0.0344	0.06	0.0167	-0.2511	-0.0997	-0.1853	0.0603	0.1073	0.0697	0.1157	-0.007	0.0208	0.1096	-0.0046	0.0923	69.9372	25.3157	0.9077
8	0.7714	-0.1622	-0.0435	0.8532	0.1971	1.3776	0.0284	-0.0785	0.1098	0.097	-0.017	0.0547	-0.1108	-0.0758	0.0023	0.0924	-0.0067	0.0194	0.0871	-0.0182	0.0893	57.8091	32.6632	17.5831
9	1.2876	-0.417	-0.1914	1.0226	0.4108	1.8771	-0.0357	-0.1978	0.0437	0.1925	0.1123	-0.2165	0.1011	0.3246	-0.0231	0.139	0.0062	-0.0244	0.1722	-0.0253	0.106	74.4927	20.43	23.0101

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 47 through 81 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 82 through 134 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 135 through 280 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 281 through 420 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 47 through 103 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 104 through 134 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 135 through 153 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 154 through 330 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 331 through 420 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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