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- PDB-6q6h: Cryo-EM structure of the APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2-Cks2 complex, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q6h
タイトルCryo-EM structure of the APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2-Cks2 complex, the D2 box class
要素
  • (Anaphase-promoting complex subunit ...) x 10
  • (Cell division cycle protein ...) x 4
  • Apc1
  • Cyclin-A2
キーワードCELL CYCLE / spindle assembly checkpoint / anaphase-promoting complex / cyclin / ubiquitination
機能・相同性
機能・相同性情報


metaphase/anaphase transition of cell cycle / metaphase/anaphase transition of meiosis I / Inhibition of the proteolytic activity of APC/C required for the onset of anaphase by mitotic spindle checkpoint components / mitotic checkpoint complex / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of synapse maturation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / protein branched polyubiquitination ...metaphase/anaphase transition of cell cycle / metaphase/anaphase transition of meiosis I / Inhibition of the proteolytic activity of APC/C required for the onset of anaphase by mitotic spindle checkpoint components / mitotic checkpoint complex / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of synapse maturation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / protein branched polyubiquitination / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / Phosphorylation of proteins involved in the G2/M transition by Cyclin A:Cdc2 complexes / Phosphorylation of Emi1 / cyclin A2-CDK1 complex / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / cell cycle G1/S phase transition / regulation of meiotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / positive regulation of synaptic plasticity / cellular response to luteinizing hormone stimulus / regulation of exit from mitosis / anaphase-promoting complex binding / Phosphorylation of the APC/C / mitotic cell cycle phase transition / cellular response to leptin stimulus / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin ligase activator activity / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / male pronucleus / protein K11-linked ubiquitination / female pronucleus / enzyme-substrate adaptor activity / positive regulation of dendrite morphogenesis / cellular response to cocaine / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / response to glucagon / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / mitotic sister chromatid cohesion / mitotic metaphase chromosome alignment / positive regulation of DNA biosynthetic process / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / cochlea development / cyclin A2-CDK2 complex / G2 Phase / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / regulation of DNA replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / cullin family protein binding / G0 and Early G1 / Telomere Extension By Telomerase / Transcriptional Regulation by VENTX / mitotic spindle assembly / cellular response to nitric oxide / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / animal organ regeneration / positive regulation of axon extension / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / protein K48-linked ubiquitination / heterochromatin / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / regulation of mitotic cell cycle / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / post-translational protein modification / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / nuclear periphery / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / cellular response to estradiol stimulus / Assembly of the pre-replicative complex / RHO GTPases Activate Formins / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / brain development / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / mitotic spindle / kinetochore / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / spindle pole / spindle / Orc1 removal from chromatin / ubiquitin-protein transferase activity / G1/S transition of mitotic cell cycle / Separation of Sister Chromatids / G2/M transition of mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton
類似検索 - 分子機能
: / Anaphase-promoting complex subunit 15 / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 1, middle domain / : / : / : ...: / Anaphase-promoting complex subunit 15 / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 1, middle domain / : / : / : / Anaphase-promoting complex subunit 1 WD40 beta-propeller domain / Anaphase-promoting complex sub unit 1 C-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 middle domain / APC1 beta sandwich domain / Anaphase-promoting complex subunit 5, N-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex, subunit 16 / Cdc23 / Apc13 / Anaphase promoting complex subunit 8 / Cdc23 / Apc13p protein / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 4 long domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 5 domain / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit APC10/Doc1 / Anaphase-promoting complex, subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex APC subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 11, RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 2, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / TPR repeat / Cyclin-A, N-terminal APC/C binding region / Cyclin-A N-terminal APC/C binding region / : / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Tetratricopeptide repeat / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / : / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Tetratricopeptide repeat / Herpes Virus-1 / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Galactose-binding domain-like / Cyclin-like superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Galactose-binding-like domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Zinc finger, RING-type / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Jelly Rolls / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-A2 / Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 20 homolog / Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 ...Cyclin-A2 / Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 20 homolog / Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 / Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 7 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase-promoting complex subunit 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zhang, S. / Barford, D.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_1021/6 英国
Cancer Research UKC576/A14109 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Cyclin A2 degradation during the spindle assembly checkpoint requires multiple binding modes to the APC/C.
著者: Suyang Zhang / Thomas Tischer / David Barford /
要旨: The anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) orchestrates cell cycle progression by controlling the temporal degradation of specific cell cycle regulators. Although cyclin A2 and cyclin B1 are ...The anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) orchestrates cell cycle progression by controlling the temporal degradation of specific cell cycle regulators. Although cyclin A2 and cyclin B1 are both targeted for degradation by the APC/C, during the spindle assembly checkpoint (SAC), the mitotic checkpoint complex (MCC) represses APC/C's activity towards cyclin B1, but not cyclin A2. Through structural, biochemical and in vivo analysis, we identify a non-canonical D box (D2) that is critical for cyclin A2 ubiquitination in vitro and degradation in vivo. During the SAC, cyclin A2 is ubiquitinated by the repressed APC/C-MCC, mediated by the cooperative engagement of its KEN and D2 boxes, ABBA motif, and the cofactor Cks. Once the SAC is satisfied, cyclin A2 binds APC/C-Cdc20 through two mutually exclusive binding modes, resulting in differential ubiquitination efficiency. Our findings reveal that a single substrate can engage an E3 ligase through multiple binding modes, affecting its degradation timing and efficiency.
履歴
登録2018年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4466
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Anaphase-promoting complex subunit 10
D: Anaphase-promoting complex subunit 15
A: Apc1
N: Anaphase-promoting complex subunit 2
I: Anaphase-promoting complex subunit 4
O: Anaphase-promoting complex subunit 5
K: Cell division cycle protein 16 homolog
C: Anaphase-promoting complex subunit 11
G: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
W: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
M: Anaphase-promoting complex subunit 13
H: Anaphase-promoting complex subunit 16
J: Cell division cycle protein 27 homolog
P: Cell division cycle protein 27 homolog
Q: Cell division cycle protein 16 homolog
Y: Anaphase-promoting complex subunit 7
U: Cell division cycle protein 23 homolog
V: Cell division cycle protein 23 homolog
Z: Anaphase-promoting complex subunit 7
R: Cell division cycle protein 20 homolog
S: Cyclin-A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,262,16221
ポリマ－1,262,16221
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area112190 Å2
ΔGint-554 kcal/mol
Surface area333360 Å2
手法PISA

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要素

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Anaphase-promoting complex subunit ... , 10種, 12分子 LDNIOCGWMHYZ

#1: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 10 / APC10 / Cyclosome subunit 10


分子量: 21282.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC10, APC10 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9UM13
#2: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 15 / APC15


分子量: 14286.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC15, C11orf51, HSPC020 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P60006
#4: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 2 / APC2 / Cyclosome subunit 2


分子量: 93938.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC2, APC2, KIAA1406 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9UJX6
#5: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 4 / APC4 / Cyclosome subunit 4


分子量: 92219.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC4, APC4 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9UJX5
#6: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 5 / APC5 / Cyclosome subunit 5


分子量: 85179.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC5, APC5 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9UJX4
#8: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 11 / APC11 / Cyclosome subunit 11 / Hepatocellular carcinoma-associated RING finger protein


分子量: 9854.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC11, HSPC214 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9NYG5
#9: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 12 / APC12 / Cell division cycle protein 26 homolog


分子量: 9793.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC26, ANAPC12, C9orf17 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q8NHZ8
#10: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 13 / APC13 / Cyclosome subunit 13


分子量: 8528.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC13 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9BS18
#11: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 16 / APC16 / Cyclosome subunit 16


分子量: 11677.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC16, C10orf104, CENP-27 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q96DE5
#13: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 7 / APC7 / Cyclosome subunit 7


分子量: 66929.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC7, APC7 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9UJX3

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タンパク質 , 2種, 2分子 AS

#3: タンパク質 Apc1


分子量: 207240.234 Da / 分子数: 1 / Mutation: deletion of residues 307-395 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9H1A4*PLUS
#16: タンパク質 Cyclin-A2 / Cyclin-A / Cyclin A


分子量: 44427.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNA2, CCN1, CCNA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20248

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Cell division cycle protein ... , 4種, 7分子 KQJPUVR

#7: タンパク質 Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 6 / APC6 / CDC16 homolog / CDC16Hs / Cyclosome subunit 6


分子量: 71747.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC16, ANAPC6 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q13042
#12: タンパク質 Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 3 / APC3 / CDC27 homolog / CDC27Hs / H-NUC


分子量: 91973.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC27, ANAPC3, D0S1430E, D17S978E / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P30260
#14: タンパク質 Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 8 / APC8 / Cyclosome subunit 8


分子量: 68921.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC23, ANAPC8 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9UJX2
#15: タンパク質 Cell division cycle protein 20 homolog / p55CDC


分子量: 54796.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC20 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q12834

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Cryo-EM structure of the APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2-Cks2 complex, the D2 box classCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Cryo-EM structure of the APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2-Cks2 complex, the D2 box classCOMPLEX#1-#151RECOMBINANT
3Cryo-EM structure of the APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2-Cks2 complex, the D2 box classCOMPLEX#161RECOMBINANT
分子量値: 1.3 MDa
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22unidentified baculovirus (ウイルス)10469
33Esacherichia coli562
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20mM Hepes, 150mM NaCl, 0.5mM TCEP
試料濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 28 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 3 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 117044 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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