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- PDB-6q67: Crystal structure of porcine ACBD3 GOLD domain in complex with 3A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q67
タイトルCrystal structure of porcine ACBD3 GOLD domain in complex with 3A protein of Aichivirus C
要素
  • 3A
  • Peripherial benzodiazepine receptor associated protein
キーワードVIRAL PROTEIN / complex / aichivirus / picornavirus
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-protein covalent cross-linking / : / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication ...RNA-protein covalent cross-linking / : / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Golgi-dynamics membrane-trafficking / GOLD domain superfamily / GOLD domain / GOLD domain profile. / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid ...Golgi-dynamics membrane-trafficking / GOLD domain superfamily / GOLD domain / GOLD domain profile. / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / Genome polyprotein / Peripherial benzodiazepine receptor associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
Aichivirus C (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.249 Å
データ登録者Smola, M. / Boura, E. / Klima, M.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Czech Science Foundation17-07058Y チェコ
引用ジャーナル: Arch. Virol. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for hijacking of the host ACBD3 protein by bovine and porcine enteroviruses and kobuviruses.
著者: Smola, M. / Horova, V. / Boura, E. / Klima, M.
履歴
登録2018年12月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年2月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_volume ..._chem_comp.type / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peripherial benzodiazepine receptor associated protein
B: 3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4263
ポリマ－23,2462
非ポリマー1801
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area8380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.390, 55.390, 169.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Peripherial benzodiazepine receptor associated protein


分子量: 19486.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6DUB6
#2: タンパク質・ペプチド 3A


分子量: 3759.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aichivirus C (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B8R1T8*PLUS
#3: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15% w/v PEG 3000, 10% v/v 1,4-butanediol, 1% w/v N,N-dimethyldodecylamine-N-oxide , 10% w/v glucose, 20mM L-arginine, 20mM L-threonine, 20mM L-histidine, 20mM betaine, 10mM trans-4-hydroxy-L- ...詳細: 15% w/v PEG 3000, 10% v/v 1,4-butanediol, 1% w/v N,N-dimethyldodecylamine-N-oxide , 10% w/v glucose, 20mM L-arginine, 20mM L-threonine, 20mM L-histidine, 20mM betaine, 10mM trans-4-hydroxy-L-proline, 100mM BES/TEA pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.249→47.97 Å / Num. obs: 14951 / % possible obs: 99.07 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 68.26 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.03611 / Rrim(I) all: 0.0399 / Net I/σ(I): 21.49
反射 シェル解像度: 2.249→2.328 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 1.232 / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 1448 / CC1/2: 0.799 / % possible all: 97.57

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSJan 26, 2018データ削減
XDSJan 26, 2018データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LZ1

5lz1


解像度: 2.249→47.969 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 37.76
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 746 5.01 %random selection
Rwork0.2344 ---
obs0.2361 14902 98.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.249→47.969 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1253 0 12 0 1265
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081301
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1441774
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.417458
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008224
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2486-2.42220.45141450.38412745X-RAY DIFFRACTION98
2.4222-2.66590.33751480.32962781X-RAY DIFFRACTION98
2.6659-3.05160.31721450.30092774X-RAY DIFFRACTION99
3.0516-3.84440.32581490.27242844X-RAY DIFFRACTION99
3.8444-47.980.21991590.18973012X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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