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万見
- PDB-6q40: A secreted LysM effector of the wheat pathogen Zymoseptoria triti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q40
タイトルA secreted LysM effector of the wheat pathogen Zymoseptoria tritici protects the fungal hyphae against chitinase hydrolysis through ligand-dependent polymerisation of LysM homodimers
要素LysM domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / Lectin / chitine-binding / oligomerization / protomer / LysM
機能・相同性
機能・相同性情報


PAMP receptor decoy activity / host apoplast / effector-mediated suppression of host pattern-triggered immunity / chitin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Membrane-bound Lytic Murein Transglycosylase D; Chain A / LysM domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
triacetyl-beta-chitotriose / Secreted LysM effector Mg1LysM
類似検索 - 構成要素
生物種Zymoseptoria tritici IPO323 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.412 Å
データ登録者Mesters, J.R. / Saleem-Batcha, R. / Sanchez-Vallet, A. / Thomma, B.P.H.J.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research オランダ
引用
ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2020
タイトル: A secreted LysM effector protects fungal hyphae through chitin-dependent homodimer polymerization.
著者: Sanchez-Vallet, A. / Tian, H. / Rodriguez-Moreno, L. / Valkenburg, D.J. / Saleem-Batcha, R. / Wawra, S. / Kombrink, A. / Verhage, L. / de Jonge, R. / van Esse, H.P. / Zuccaro, A. / Croll, D. ...著者: Sanchez-Vallet, A. / Tian, H. / Rodriguez-Moreno, L. / Valkenburg, D.J. / Saleem-Batcha, R. / Wawra, S. / Kombrink, A. / Verhage, L. / de Jonge, R. / van Esse, H.P. / Zuccaro, A. / Croll, D. / Mesters, J.R. / Thomma, B.P.H.J.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2019
タイトル: A secreted LysM effector protects fungal hyphae through chitin-dependent homodimer polymerization
著者: Sanchez-Vallet, A. / Rodriguez-Moreno, L. / Valkenburg, D.-J. / Saleem-Batcha, R. / Wawra, S. / Croll, D. / Mesters, J.R. / Thomma, B.P.H.J.
履歴
登録2018年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author / Item: _chem_comp.type
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_id_ISSN ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LysM domain-containing protein
B: LysM domain-containing protein
C: LysM domain-containing protein
D: LysM domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3408
ポリマ－34,6064
非ポリマー7344
水2,342130
1
A: LysM domain-containing protein
B: LysM domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0025
ポリマ－17,3032
非ポリマー6993
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area8240 Å2
手法PISA
2
C: LysM domain-containing protein
D: LysM domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3393
ポリマ－17,3032
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area9080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.390, 119.390, 157.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-220-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
LysM domain-containing protein


分子量: 8651.568 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zymoseptoria tritici IPO323 (菌類) / 遺伝子: MYCGRDRAFT_105487 / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: F9XHX3
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / triacetyl-beta-chitotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 627.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: triacetyl-beta-chitotriose
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein stock: 20 mM HEPES pH 7.0, and 50 mM NaCl Initial crystals: Reservoir 47.5% dioxan Seeds stock for micro-seeding: 45% dioxan Best conditions: By micro-seeding techniques using 0.1 M ...詳細: Protein stock: 20 mM HEPES pH 7.0, and 50 mM NaCl Initial crystals: Reservoir 47.5% dioxan Seeds stock for micro-seeding: 45% dioxan Best conditions: By micro-seeding techniques using 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 5%-20% PEG4000 and 5% isopropanol as the reservoir solution. Crystal cryo and soaking buffer: 0.2 M sodium acetate pH 4.6 with 20% ethylene glycol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.412→39.452 Å / Num. obs: 26300 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 43.72 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.412→2.5086 Å / Num. unique obs: 2827 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX位相決定
PHENIX精密化
Cootモデル構築
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.412→39.452 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2203 1219 5.06 %
Rwork0.1796 --
obs0.1815 25331 97.13 %
原子変位パラメータBiso mean: 55.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.412→39.452 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2411 0 46 130 2587

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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