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万見
- PDB-6q3a: Apo form of Apolipoprotein N-acyltransferase (Lnt) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q3a
タイトルApo form of Apolipoprotein N-acyltransferase (Lnt)
要素Apolipoprotein N-acyltransferase
キーワードMEMBRANE PROTEIN / lipoproteins / biosynthetic protein
機能・相同性
機能・相同性情報


apolipoprotein N-acyltransferase / N-acyltransferase activity / lipoprotein biosynthetic process / outer membrane-bounded periplasmic space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Apolipoprotein N-acyltransferase / Apolipoprotein N-acyltransferase, N-terminal / Apolipoprotein N-acyltransferase N-terminal domain / Nitrilase/N-carbamoyl-D-aminoacid amidohydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Apolipoprotein N-acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wiseman, B. / Hogbom, M.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Conformational changes in Apolipoprotein N-acyltransferase (Lnt).
著者: Wiseman, B. / Hogbom, M.
履歴
登録2018年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apolipoprotein N-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9375
ポリマ－57,3051
非ポリマー6334
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area580 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area21960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.725, 80.725, 442.575
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Apolipoprotein N-acyltransferase / ALP N-acyltransferase / Copper homeostasis protein CutE


分子量: 57304.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: lnt, cutE, b0657, JW0654 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli DH1 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P23930, apolipoprotein N-acyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.14 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.2
詳細: 36 % PEG200, 400 mM Ammonium phosphate dibasic, 100 mM HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.01→46.893 Å / Num. obs: 31865 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 20.781 % / Biso Wilson estimate: 119.045 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.199 / Rrim(I) all: 0.204 / Χ2: 1.162 / Net I/σ(I): 12.87
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.01-3.219.6546.0940.45100058514950910.1616.25698.9
3.2-3.4121.4762.9571.04103792483348330.4963.028100
3.41-3.6922.2071.5192.31100643453245320.8141.554100
3.69-4.0421.0490.7395.4987670416541650.9660.757100
4.04-4.5120.0330.3512.9874561374037220.9910.3699.5
4.51-5.220.1180.20222.4965765330732690.9960.20798.9
5.2-6.3522.2280.16126.3762127279527950.9980.164100
6.35-8.8919.9190.08241.843902220422040.9990.085100
8.89-46.89218.8840.04465.223680127912540.9990.04698

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5N6L

5n6l


解像度: 3.1→46.893 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2865 1452 4.97 %
Rwork0.2505 --
obs0.2523 29197 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 201.78 Å2 / Biso mean: 121.5941 Å2 / Biso min: 63.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→46.893 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3871 0 43 0 3914
Biso mean--130.79 --
残基数----492
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.1-3.21080.3911430.3592764100
3.2108-3.33930.48721460.35542810100
3.3393-3.49130.3711430.32642765100
3.4913-3.67530.37791450.31232794100
3.6753-3.90540.31571460.28232749100
3.9054-4.20680.33151460.25832790100
4.2068-4.62980.2931420.2539272598
4.6298-5.29890.25661420.21192785100
5.2989-6.6730.2671540.2522785100
6.673-46.890.24091450.22372778100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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