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- PDB-6q2u: Structure of Cytochrome C4 from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q2u
タイトルStructure of Cytochrome C4 from Pseudomonas aeruginosa
要素Cytochrome c4
キーワードELECTRON TRANSPORT / Diheme / electron carrier
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c4-like / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / C-type cytochrome / Cytochrome c4
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Carpenter, J.M. / Zhong, F. / Pletneva, E.V. / Ragusa, M.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM113132 米国
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2019
タイトル: Structure and redox properties of the diheme electron carrier cytochrome c4from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Carpenter, J.M. / Zhong, F. / Ragusa, M.J. / Louro, R.O. / Hogan, D.A. / Pletneva, E.V.
履歴
登録2019年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9333
ポリマ－18,6961
非ポリマー1,2372
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.408, 61.408, 173.262
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c4


分子量: 18696.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: cc4, cc4_1, cc4_2, ALP65_02559, C0044_40555, CAZ10_27455, CSB93_1138, DT376_12500, DY940_00700, DZ934_03190, DZ962_07080, ECC04_032935, EFK68_32500, EGV95_33620, EQH76_15100, IPC3_16700, ...遺伝子: cc4, cc4_1, cc4_2, ALP65_02559, C0044_40555, CAZ10_27455, CSB93_1138, DT376_12500, DY940_00700, DZ934_03190, DZ962_07080, ECC04_032935, EFK68_32500, EGV95_33620, EQH76_15100, IPC3_16700, IPC434_20475, IPC669_16455, PAERUG_E15_London_28_01_14_01385, PAMH19_3139, RW109_RW109_07107
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A071L1H9, UniProt: P00106*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.23 %
結晶化温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium phosphate/citrate buffer pH 4.2, 18% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→39.12 Å / Num. obs: 17508 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.1 % / Biso Wilson estimate: 32.28 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 316544 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.85-1.89162.121641310290.7430.5392.1891.399.4
9.05-39.1213.20.09627762110.9970.0250.09924.898.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.53 Å39.12 Å
Translation4.53 Å39.12 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M70

1m70


解像度: 1.85→39.12 Å / SU ML: 0.1786 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.4425
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2161 897 5.15 %
Rwork0.1785 16510 -
obs0.1806 17407 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1225 0 86 89 1400
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00571347
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7511848
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0417188
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055234
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.65661055
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.960.28321350.25652659X-RAY DIFFRACTION99.68
1.96-2.110.27091510.22332690X-RAY DIFFRACTION99.82
2.11-2.330.30321420.19672698X-RAY DIFFRACTION99.82
2.33-2.660.23971410.18742746X-RAY DIFFRACTION99.79
2.66-3.350.24741490.19162758X-RAY DIFFRACTION99.76
3.35-39.120.17591790.15392959X-RAY DIFFRACTION99.81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.336127704194-0.231054208244-0.05740536621440.259542373708-0.1611049367720.3999026705550.152879915419-0.09770968210770.04750155508740.1325012601270.01466158921360.01512561260210.0581788760115-0.0512717773381-8.65295745262E-50.299625439860.01976784949140.04164306143450.272475285827-0.01112473289250.28445924750313.937797181220.3686576043104.208163594
20.2113095272930.0676387045145-0.224644674520.0171427437426-0.06451300352370.2273338111740.0325355613048-0.1230552255140.490827557135-0.1181793189990.148989909455-0.229933379764-0.837379932226-0.1384928668350.00239391939210.5051265603740.04165908094260.1205049241450.22218992497-0.0005157672116050.42027652599912.563044224431.825132412597.6155986078
30.1903941477310.0276945399341-0.2709490303450.28424960295-0.3688694870970.6869518807950.169959097362-0.2413469570260.5788922223620.08840793825750.0204250002459-0.175977402697-0.24417124065-0.07219130910990.004753243685530.3410776746890.05211690176230.09666077669160.28714183317-0.04350884316430.39622945524310.765566147129.8225551351103.810092868
40.129315669249-0.00718358749122-0.1418689299940.0978781482874-0.04667607727030.1745069222280.213177507155-0.2338599031920.06023799587080.10940994873-0.09858883099190.07371335134260.316590521012-0.27904345452-5.52871243744E-60.383386212920.03542860439610.001620710877960.295761779803-0.01860954178030.3171283964815.75306773018.4871982298891.0537135506
50.0678211570771-0.0452174531844-0.008684651824620.0993394298544-0.02889525663770.01333112084990.1243536572690.194313875683-0.0298509642651-0.156859201699-0.194250443122-0.133858146424-0.340015740333-0.09561135847783.65471585246E-50.4270102647710.03197317405780.02912059835480.281858739771-0.01342903136330.28954915950116.445241722811.762976894177.9482943327
60.06341397767480.0849390864397-0.09641184048460.0986427829311-0.1150653573030.132718779165-0.07184291612730.4808113125110.407587229107-0.446331817625-0.03804499496860.0946122009593-0.687597700370.276407583867-0.008698941402640.4884080784380.02697440538290.03162244950580.4374871488960.07002120645520.30236103528916.099685610821.230938255775.0482695402
70.0498003413489-0.001007655423070.04956487525060.00380328558264-0.002071675614460.0615302123452-0.0280979508559-0.103741712083-0.0512900558711-0.1069151400140.2044310998890.03247288016440.2784028997710.01694338647421.96004525549E-50.2755385405680.02668069543590.04234503485190.221009062293-0.03371302963940.30162741128116.718956745418.264516894190.9102603557
80.04223525935070.004105577665590.01649632286010.1171299083060.006516401655020.07575067982950.1363321629020.1810373097-0.007639180914020.11802516451-0.116694057130.394527980624-0.219706029581-0.277785431771-0.001341869394710.3129750735860.1152442463930.02601196584820.3612789684620.02890060627520.3164678786344.754403033320.556909292386.4603770068
90.0761012308467-0.008884185490540.1854984016750.0102871455889-0.06382852546180.649417317355-0.3166930044180.1251685679320.436447831149-0.672163609842-0.0931220972695-0.000713587994727-0.912607051283-0.0708761944372-0.006854377327310.7912973906340.2378138426340.09693104961240.373079095510.151634283130.4667266668427.1581541177931.760454511485.3230564281
100.5230936056170.187804949174-0.4417431156670.198612510702-0.045583960010.4570619306090.07510780662710.1924043255140.137893627605-0.06060575969780.1332848154150.16056891779-0.320160061996-0.1601938738510.0005309807570960.4401942327920.08334779116040.04011138283470.2834815763440.03902816564370.31883873581310.55692507717.012116114981.5809585946
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 36 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 37 through 49 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 50 through 78 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 79 through 90 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 91 through 100 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 101 through 114 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 115 through 133 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 134 through 146 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 147 through 156 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 157 through 181 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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