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- PDB-6q28: Metal ROK rebel: Characterisation of N-acetylmannosamine kinase f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q28
タイトルMetal ROK rebel: Characterisation of N-acetylmannosamine kinase from the pathogen Staphylococcus aureus
要素N-acetylmannosamine kinase
キーワードTRANSFERASE / ROK Kinase / ROK
機能・相同性beta-glucoside kinase / beta-glucoside kinase activity / glucokinase / ROK family / ROK family / glucokinase activity / ATPase, nucleotide binding domain / Glucokinase / ROK family protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Coombes, D. / Horne, C.R. / Dobson, R.C.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: The basis for non-canonical ROK family function in theN-acetylmannosamine kinase from the pathogenStaphylococcus aureus.
著者: Coombes, D. / Davies, J.S. / Newton-Vesty, M.C. / Horne, C.R. / Setty, T.G. / Subramanian, R. / Moir, J.W.B. / Friemann, R. / Panjikar, S. / Griffin, M.D.W. / North, R.A. / Dobson, R.C.J.
履歴
登録2019年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年3月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_volume ..._chem_comp.type / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetylmannosamine kinase
B: N-acetylmannosamine kinase
C: N-acetylmannosamine kinase
D: N-acetylmannosamine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,7498
ポリマ－126,8644
非ポリマー8854
水4,936274
1
A: N-acetylmannosamine kinase
B: N-acetylmannosamine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8754
ポリマ－63,4322
非ポリマー4422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: N-acetylmannosamine kinase
D: N-acetylmannosamine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8754
ポリマ－63,4322
非ポリマー4422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: N-acetylmannosamine kinase
ヘテロ分子

D: N-acetylmannosamine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8754
ポリマ－63,4322
非ポリマー4422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area4390 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area24260 Å2
手法PISA
4
B: N-acetylmannosamine kinase
C: N-acetylmannosamine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8754
ポリマ－63,4322
非ポリマー4422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area24170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.880, 101.968, 133.275
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 19 or resid 21...
21(chain B and (resid 1 through 19 or resid 21...
31(chain C and (resid 1 through 19 or resid 21...
41(chain D and (resid 1 through 19 or resid 21...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETASPASP(chain A and (resid 1 through 19 or resid 21...AA1 - 191 - 19
12GLNGLNASNASN(chain A and (resid 1 through 19 or resid 21...AA21 - 3521 - 35
13SERSERLYSLYS(chain A and (resid 1 through 19 or resid 21...AA37 - 9337 - 93
14METMETGLNGLN(chain A and (resid 1 through 19 or resid 21...AA1 - 2861 - 286
15ASPASPGLNGLN(chain A and (resid 1 through 19 or resid 21...AA264 - 286264 - 286
16METMETGLNGLN(chain A and (resid 1 through 19 or resid 21...AA1 - 2861 - 286
17ASPASPGLNGLN(chain A and (resid 1 through 19 or resid 21...AA264 - 286264 - 286
18NAGNAGNAGNAG(chain A and (resid 1 through 19 or resid 21...AE301
21METMETASPASP(chain B and (resid 1 through 19 or resid 21...BB1 - 191 - 19
22GLNGLNASNASN(chain B and (resid 1 through 19 or resid 21...BB21 - 3521 - 35
23SERSERLYSLYS(chain B and (resid 1 through 19 or resid 21...BB37 - 9337 - 93
24METMETGLNGLN(chain B and (resid 1 through 19 or resid 21...BB1 - 2861 - 286
25ASPASPGLNGLN(chain B and (resid 1 through 19 or resid 21...BB264 - 286264 - 286
26METMETGLNGLN(chain B and (resid 1 through 19 or resid 21...BB1 - 2861 - 286
27ASPASPGLNGLN(chain B and (resid 1 through 19 or resid 21...BB264 - 286264 - 286
28NAGNAGNAGNAG(chain B and (resid 1 through 19 or resid 21...BF301
31METMETASPASP(chain C and (resid 1 through 19 or resid 21...CC1 - 191 - 19
32GLNGLNASNASN(chain C and (resid 1 through 19 or resid 21...CC21 - 3521 - 35
33SERSERLYSLYS(chain C and (resid 1 through 19 or resid 21...CC37 - 9337 - 93
34METMETGLNGLN(chain C and (resid 1 through 19 or resid 21...CC1 - 2861 - 286
35ASPASPGLNGLN(chain C and (resid 1 through 19 or resid 21...CC264 - 286264 - 286
36METMETGLNGLN(chain C and (resid 1 through 19 or resid 21...CC1 - 2861 - 286
37ASPASPGLNGLN(chain C and (resid 1 through 19 or resid 21...CC264 - 286264 - 286
38NAGNAGNAGNAG(chain C and (resid 1 through 19 or resid 21...CG301
41METMETASPASP(chain D and (resid 1 through 19 or resid 21...DD1 - 191 - 19
42GLNGLNASNASN(chain D and (resid 1 through 19 or resid 21...DD21 - 3521 - 35
43SERSERLYSLYS(chain D and (resid 1 through 19 or resid 21...DD37 - 9337 - 93
44METMETGLNGLN(chain D and (resid 1 through 19 or resid 21...DD1 - 2861 - 286
45ASPASPGLNGLN(chain D and (resid 1 through 19 or resid 21...DD264 - 286264 - 286
46METMETGLNGLN(chain D and (resid 1 through 19 or resid 21...DD1 - 2861 - 286
47ASPASPGLNGLN(chain D and (resid 1 through 19 or resid 21...DD264 - 286264 - 286
48NAGNAGNAGNAG(chain D and (resid 1 through 19 or resid 21...DH301

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要素

#1: タンパク質
N-acetylmannosamine kinase / ROK family protein


分子量: 31716.051 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: C3B39_09365, EP54_02970, EQ90_08795 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A266CX40, UniProt: Q2G159*PLUS, glucokinase, beta-glucoside kinase
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2 M L-arginine, 0.1 M sodium acetate, 8% w/v poly-gamma-glutamic acid

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47.88 Å / Num. obs: 64898 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.881 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.279 Å / Num. unique obs: 6477 / CC1/2: 0.701

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→47.88 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 27.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2503 3202 4.93 %
Rwork0.2081 --
obs0.2101 64886 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 105.93 Å2 / Biso mean: 38.2808 Å2 / Biso min: 17.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→47.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8896 0 60 274 9230
Biso mean--55.13 48.27 -
残基数----1144
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3344X-RAY DIFFRACTION6.348TORSIONAL
12B3344X-RAY DIFFRACTION6.348TORSIONAL
13C3344X-RAY DIFFRACTION6.348TORSIONAL
14D3344X-RAY DIFFRACTION6.348TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2-2.23280.40841420.34262635100
2.2328-2.26770.31771300.31862722100
2.2677-2.30490.35191410.30562628100
2.3049-2.34470.29961380.287264599
2.3447-2.38730.33131600.28322699100
2.3873-2.43320.26751220.26282636100
2.4332-2.48290.35841370.26782683100
2.4829-2.53680.27981530.2712674100
2.5368-2.59590.3341310.25742628100
2.5959-2.66080.28581220.24312727100
2.6608-2.73270.28521490.24472654100
2.7327-2.81310.30931310.24682702100
2.8131-2.90390.29081340.23632649100
2.9039-3.00770.2641350.24542731100
3.0077-3.12810.28571440.23692625100
3.1281-3.27040.24141450.21532700100
3.2704-3.44280.24131210.20222737100
3.4428-3.65840.27031640.19972644100
3.6584-3.94080.22741690.18092663100
3.9408-4.33710.18821140.15912730100
4.3371-4.96410.17841340.13552693100
4.9641-6.25210.20881500.15022710100
6.2521-47.880.1691360.15632769100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.81130.1122-0.12491.22680.35863.48890.0377-0.1859-0.12570.0688-0.0608-0.1011-0.1278-0.13060.0060.27070.0141-0.02190.19130.00950.2468-9.3439-0.07177.4144
21.54150.163-0.3950.5503-0.17521.6672-0.003-0.1394-0.07830.0743-0.06590.05740.03010.03870.05280.3238-0-0.00520.2182-0.01180.284112.6243-7.5999-0.453
33.9119-3.9656-3.40574.55112.28316.77560.1407-0.04940.385-0.0262-0.1111-0.6089-0.06480.1216-0.06210.3959-0.0494-0.02510.2652-0.05590.3434-0.7961-11.235627.1504
41.94220.0781-0.03872.90220.50675.32940.08740.1371-0.0268-0.17710.04660.25720.6972-0.3016-0.12370.3886-0.0525-0.0290.23090.03910.3088-5.0299-12.870331.9891
53.01040.1648-0.67061.59220.88922.9526-0.0820.2858-0.2592-0.10270.1198-0.14230.09790.1954-0.04140.3035-0.02070.0160.3534-0.04280.24534.41250.554245.7387
61.5804-2.0342.13013.8542-4.27934.56730.22220.0539-0.2295-0.76120.11820.13810.743-0.2771-0.37340.49530.0705-0.0840.38140.03740.2748-4.118214.367836.3457
72.7705-2.48711.25163.9809-2.36892.22540.2580.43710.0771-0.3814-0.390.102-0.04460.29140.15170.3619-0.0045-0.04380.39640.00410.26387.148114.627835.503
83.72813.38983.30985.29085.9798.2277-0.04960.3878-0.0561-0.12560.1372-0.0882-0.01540.4893-0.05340.33390.06850.00280.3960.07170.289312.01631.598438.3369
97.09691.3482-1.32266.8067-0.89627.465-0.0187-0.00890.00080.51050.01540.20830.1614-0.229-0.05850.26420.0209-0.00780.2461-0.00060.228921.4387-0.13379.5901
106.0001-0.85952.34312.79790.02463.6471-0.0164-0.8388-0.00860.24540.08010.04950.17130.2005-0.11130.2940.01180.0470.29770.01040.244728.9253-2.170577.5323
116.5772-0.28971.7692-0.1404-0.0941.3798-0.0260.04890.0638-0.0562-0.0930.05930.04010.11460.09160.33410.03670.01330.1739-0.00440.320524.22030.471367.2594
127.86860.9102-0.93722.14270.13624.2549-0.0585-0.1522-0.5942-0.001-0.0555-0.03850.43650.08750.0850.26790.0351-0.00360.29430.0410.31187.8371-4.293562.0186
132.3675-0.5854-2.21960.18330.66654.65840.0917-0.21820.13260.0544-0.01060.217-0.47830.3781-0.11460.3452-0.0589-0.05120.2625-0.0110.31778.253216.037361.9112
142.1359-0.7904-0.28675.78954.71048.1996-0.0814-0.23820.29690.2685-0.37160.3553-0.4175-0.51710.32380.3707-0.0065-0.02160.1802-0.01650.3524-2.360714.74471.1994
153.7457-2.7042-0.07023.5929-0.95411.433-0.2404-0.47640.23310.22750.08920.1556-0.0902-0.11690.17870.2841-0.0272-0.01450.2174-0.05930.2913-3.23344.957967.7166
166.1352-1.58865.47541.7519-1.59555.18330.2385-0.3961-0.15590.07770.0282-0.11580.322-0.2819-0.28640.3228-0.02070.01350.2914-0.00680.28332.7742-1.896767.3081
177.7458-4.25322.07467.6434-0.40558.33110.15170.0140.3236-0.84890.0043-0.3828-0.59410.2701-0.11240.4178-0.08390.04780.2406-0.00680.269317.66029.694492.5031
182.48980.7151-0.57855.6761-1.98233.8131-0.0056-0.10130.0464-0.50180.3257-0.6588-0.90630.8842-0.13040.5292-0.15910.08990.2453-0.10070.418123.380212.888699.7245
193.03661.2996-1.52165.0767-1.2261.9042-0.1770.0880.3617-0.13990.3131-0.0509-0.88170.0968-0.11680.6031-0.1016-0.04060.1943-0.02440.357916.01814.0826102.7445
207.391.48992.72083.19381.25355.9791-0.07250.16220.6424-0.055-0.0420.1675-0.4109-0.93470.11340.287-0.003-0.00170.34270.0720.2865.20683.5703110.4204
210.60930.2710.91473.58132.47442.3028-0.05590.0856-0.1513-0.41110.1444-0.1859-0.04310.1653-0.10810.3330.00230.04790.3831-0.02480.31519.2154-11.1325109.9408
222.8779-2.2059-1.20445.15324.24516.40190.25520.5582-0.1356-0.435-0.0366-0.30930.0723-0.1007-0.22350.4641-0.08790.04940.2766-0.05450.353310.2847-17.1386100.6842
232.9094-1.47120.45698.95132.14715.90210.04270.5886-0.3467-0.6722-0.31640.07890.276-0.21220.24850.2939-0.03820.0060.3398-0.06440.26933.3135-10.5528104.3706
245.79914.2185-3.6735.3893-4.93855.0364-0.0750.01290.2442-0.30510.04170.06380.0439-0.3918-0.08450.33780.045-0.01280.3938-0.02990.25752.978-1.625104.9105
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 119 )A1 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 120 through 286 )A120 - 286
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 18 )B1 - 18
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 19 through 119 )B19 - 119
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 120 through 170 )B120 - 170
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 171 through 186 )B171 - 186
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 187 through 260 )B187 - 260
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 261 through 286 )B261 - 286
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1 through 39 )C1 - 39
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 40 through 71 )C40 - 71
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 72 through 119 )C72 - 119
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 120 through 151 )C120 - 151
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 152 through 186 )C152 - 186
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 187 through 231 )C187 - 231
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 232 through 260 )C232 - 260
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 261 through 286 )C261 - 286
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 1 through 39 )D1 - 39
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 40 through 91 )D40 - 91
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 92 through 119 )D92 - 119
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 120 through 151 )D120 - 151
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 152 through 186 )D152 - 186
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 187 through 231 )D187 - 231
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 232 through 260 )D232 - 260
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 261 through 286 )D261 - 286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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