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- PDB-6q26: N-Acetylmannosamine kinase from Staphylococcus aureus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q26
タイトルN-Acetylmannosamine kinase from Staphylococcus aureus
要素Glucokinase
キーワードTRANSFERASE / Ribonuclease H-like Motif / ROK family protein / ROK Kinase
機能・相同性beta-glucoside kinase / beta-glucoside kinase activity / glucokinase / ROK family / ROK family / glucokinase activity / ATPase, nucleotide binding domain / Glucokinase / ROK family protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.328 Å
データ登録者Coombes, D. / North, R.A. / Dobson, R.C.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: The basis for non-canonical ROK family function in theN-acetylmannosamine kinase from the pathogenStaphylococcus aureus.
著者: Coombes, D. / Davies, J.S. / Newton-Vesty, M.C. / Horne, C.R. / Setty, T.G. / Subramanian, R. / Moir, J.W.B. / Friemann, R. / Panjikar, S. / Griffin, M.D.W. / North, R.A. / Dobson, R.C.J.
履歴
登録2019年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucokinase
D: Glucokinase
C: Glucokinase
B: Glucokinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,9904
ポリマ－127,9904
非ポリマー00
水5,314295
1
A: Glucokinase
B: Glucokinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9952
ポリマ－63,9952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area25740 Å2
手法PISA
2
D: Glucokinase
C: Glucokinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9952
ポリマ－63,9952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area25780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.647, 135.149, 175.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-367-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 27 or resid 34...
21(chain B and (resid 1 through 27 or resid 34...
31(chain C and (resid 1 through 27 or resid 34...
41(chain D and (resid 1 through 45 or resid 47...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 1 through 27 or resid 34...A1 - 27
121(chain A and (resid 1 through 27 or resid 34...A34 - 45
131(chain A and (resid 1 through 27 or resid 34...A47 - 52
141(chain A and (resid 1 through 27 or resid 34...A54 - 72
151(chain A and (resid 1 through 27 or resid 34...A86 - 122
161(chain A and (resid 1 through 27 or resid 34...A1 - 286
171(chain A and (resid 1 through 27 or resid 34...A147 - 153
181(chain A and (resid 1 through 27 or resid 34...A1 - 286
191(chain A and (resid 1 through 27 or resid 34...A155 - 189
1101(chain A and (resid 1 through 27 or resid 34...A192
1111(chain A and (resid 1 through 27 or resid 34...A1 - 286
1121(chain A and (resid 1 through 27 or resid 34...A231 - 273
1131(chain A and (resid 1 through 27 or resid 34...A275 - 286
211(chain B and (resid 1 through 27 or resid 34...B1 - 27
221(chain B and (resid 1 through 27 or resid 34...B34 - 45
231(chain B and (resid 1 through 27 or resid 34...B47 - 52
241(chain B and (resid 1 through 27 or resid 34...B54 - 72
251(chain B and (resid 1 through 27 or resid 34...B74 - 81
261(chain B and (resid 1 through 27 or resid 34...B86 - 122
271(chain B and (resid 1 through 27 or resid 34...B124 - 141
281(chain B and (resid 1 through 27 or resid 34...B145
291(chain B and (resid 1 through 27 or resid 34...B147 - 153
2101(chain B and (resid 1 through 27 or resid 34...B155 - 189
2111(chain B and (resid 1 through 27 or resid 34...B192
2121(chain B and (resid 1 through 27 or resid 34...B1 - 286
2131(chain B and (resid 1 through 27 or resid 34...B231 - 273
2141(chain B and (resid 1 through 27 or resid 34...B1 - 286
2151(chain B and (resid 1 through 27 or resid 34...B275 - 286
311(chain C and (resid 1 through 27 or resid 34...C1 - 27
321(chain C and (resid 1 through 27 or resid 34...C34 - 45
331(chain C and (resid 1 through 27 or resid 34...C47 - 52
341(chain C and (resid 1 through 27 or resid 34...C86 - 122
351(chain C and (resid 1 through 27 or resid 34...C124 - 141
361(chain C and (resid 1 through 27 or resid 34...C1 - 286
371(chain C and (resid 1 through 27 or resid 34...C145
381(chain C and (resid 1 through 27 or resid 34...C147 - 153
391(chain C and (resid 1 through 27 or resid 34...C192
3101(chain C and (resid 1 through 27 or resid 34...C1 - 286
3111(chain C and (resid 1 through 27 or resid 34...C1 - 286
3121(chain C and (resid 1 through 27 or resid 34...C1 - 286
3131(chain C and (resid 1 through 27 or resid 34...C231 - 273
3141(chain C and (resid 1 through 27 or resid 34...C275 - 286
411(chain D and (resid 1 through 45 or resid 47...D1 - 45
421(chain D and (resid 1 through 45 or resid 47...D47 - 52
431(chain D and (resid 1 through 45 or resid 47...D54 - 72
441(chain D and (resid 1 through 45 or resid 47...D74 - 122
451(chain D and (resid 1 through 45 or resid 47...D147 - 153
461(chain D and (resid 1 through 45 or resid 47...D192
471(chain D and (resid 1 through 45 or resid 47...D192
481(chain D and (resid 1 through 45 or resid 47...D195 - 205
491(chain D and (resid 1 through 45 or resid 47...D207 - 229

-
要素

#1: タンパク質
Glucokinase / N-acetylmannosamine kinase / ROK family protein


分子量: 31997.414 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: bglK, EP54_02970, EQ90_08795, NCTC10654_00349, NCTC10702_00557, RK64_02145
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A266CX40, UniProt: Q2G159*PLUS, glucokinase, beta-glucoside kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Molecular Dimensions JCSG G6: 0.2 M sodium malonate dibasic monohydrate 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月22日 / 詳細: mx@
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.328→48.736 Å / Num. obs: 867330 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.6 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.328→2.412 Å / Num. unique obs: 5864 / CC1/2: 0.671

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXDE位相決定
BUCCANEERモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.328→48.736 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 23.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 6037 10.16 %
Rwork0.1974 --
obs0.2017 59448 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 114.12 Å2 / Biso mean: 37.0943 Å2 / Biso min: 10.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.328→48.736 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8808 0 0 295 9103
Biso mean---32.33 -
残基数----1131
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2864X-RAY DIFFRACTION1.397TORSIONAL
12B2864X-RAY DIFFRACTION1.397TORSIONAL
13C2864X-RAY DIFFRACTION1.397TORSIONAL
14D2864X-RAY DIFFRACTION1.397TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3284-2.35490.34852030.2918173998
2.3549-2.38260.32912050.26331738100
2.3826-2.41160.30912140.25911765100
2.4116-2.44220.29381760.25091750100
2.4422-2.47430.28732020.24381789100
2.4743-2.50820.32922050.23811733100
2.5082-2.5440.28541930.23771805100
2.544-2.5820.28731920.22941745100
2.582-2.62230.27612060.21871780100
2.6223-2.66530.27522040.22151741100
2.6653-2.71130.27412060.22211784100
2.7113-2.76060.29081930.22091759100
2.7606-2.81370.30761530.22311801100
2.8137-2.87110.24871940.2171798100
2.8711-2.93350.28332080.23221753100
2.9335-3.00170.28522010.23281759100
3.0017-3.07680.27462270.23191791100
3.0768-3.160.28392100.21671728100
3.16-3.25290.23822060.20561771100
3.2529-3.35790.2261850.19851790100
3.3579-3.47790.23841860.19621801100
3.4779-3.61710.2352160.1951764100
3.6171-3.78170.23852100.1871784100
3.7817-3.9810.23372110.18011782100
3.981-4.23020.18081960.16821807100
4.2302-4.55660.18361950.13911788100
4.5566-5.01480.19842050.15591816100
5.0148-5.73950.18692180.16631799100
5.7395-7.22730.20471980.19151842100
7.2273-48.7360.19072190.1661909100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.56950.3716-0.45341.67230.2161.09990.1224-0.02020.2570.09850.02890.3229-0.1192-0.1423-0.14750.2478-0.01010.0770.22290.01670.3016-43.4705-14.509-10.5467
21.49261.0981-0.35853.0997-0.55610.1376-0.0518-0.0291-0.0003-0.35710.05520.1178-0.02870.07270.00830.231-0.00310.01730.2072-0.00920.2204-24.0339-21.9347-10.1419
31.02840.6369-0.09161.71760.39811.71090.0258-0.02160.05230.20660.054-0.0171-0.04320.0724-0.05410.23460.0057-0.00280.2353-0.00680.1907-18.5279-15.19549.4491
40.91520.22780.56780.8537-0.0371.59280.0023-0.12210.0965-0.05220.1051-0.1101-0.21230.0349-0.11480.2331-0.03220.06080.234-0.03230.2375-16.8203-13.9338-5.0013
50.4671-0.15770.11750.21810.35650.8589-0.35211.347-0.2904-0.7050.6412-0.6245-0.50030.9532-0.31720.5906-0.52610.36181.0848-0.310.4017-9.2497-7.6033-32.7716
60.7630.1281-0.72631.06510.73771.27230.01210.15770.1247-0.66650.19340.1532-0.7630.1399-0.05340.6596-0.0956-0.01610.25710.01960.2775-33.1616-13.6639-45.7435
76.2432.37743.12093.2791.85063.2377-0.22190.23210.2299-0.41750.19510.3059-0.69920.17720.04750.3585-0.02340.01580.2261-0.01120.1384-34.155-13.4158-35.6681
82.1391-0.40370.04681.8902-0.2131.11540.1132-0.0895-0.67240.07960.16060.71270.2987-0.4229-0.20910.3049-0.1137-0.00860.36450.04040.5342-44.1379-49.3598-23.6495
91.0572-1.05550.09641.26750.06131.96930.0730.11350.1030.04430.039-0.01470.11720.1284-0.15560.2236-0.0103-0.02010.2725-0.06290.2218-30.0132-42.0248-34.6739
103.1016-1.6038-1.99023.67060.24941.48950.0685-0.2610.08670.31370.24-0.2564-0.1320.5637-0.11370.2515-0.0004-0.00380.2952-0.05560.2778-33.9804-31.9626-33.6811
110.35030.03470.26860.63970.85282.1834-0.01110.00150.0528-0.19850.09870.0140.02150.2244-0.08840.2445-0.0453-0.01960.2751-0.02990.2358-31.254-42.6004-51.2887
120.9790.4167-0.36010.99190.56111.78010.0250.1678-0.15390.06020.238-0.37210.15680.3673-0.23080.25030.0501-0.03860.3603-0.13450.3733-5.0442-43.1942-24.6155
131.35020.7525-1.66194.1921-0.80992.44410.06970.4063-0.0622-0.4770.2760.16350.1073-0.1011-0.02890.2185-0.0209-0.00190.2702-0.04990.2872-15.1776-31.6745-14.6127
141.9835-0.39490.50770.9658-0.05711.00330.1108-0.1413-0.2944-0.00140.0431-0.06150.13640.0111-0.13050.2209-0.0025-0.05490.21910.00540.29-13.1706-45.75173.9615
151.6750.0844-0.90760.99480.19683.0514-0.0860.0677-0.3127-0.055-0.04220.03980.35910.0057-0.04840.23190.0124-0.05290.1527-0.02330.2963-20.394-44.6161-10.552
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 118 )A1 - 118
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 119 through 160 )A119 - 160
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 161 through 231 )A161 - 231
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 232 through 286 )A232 - 286
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 1 through 102 )D1 - 102
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 103 through 260 )D103 - 260
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 261 through 286 )D261 - 286
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 1 through 102 )C1 - 102
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 103 through 138 )C103 - 138
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 139 through 160 )C139 - 160
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 161 through 286 )C161 - 286
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 1 through 138 )B1 - 138
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 139 through 160 )B139 - 160
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 161 through 260 )B161 - 260
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 261 through 286 )B261 - 286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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