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- PDB-6q1l: Crystal structure of oxidized iodotyrosine deiodinase (IYD) bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q1l
タイトルCrystal structure of oxidized iodotyrosine deiodinase (IYD) bound to FMN and 3-iodo-L-tyrosine
要素iodotyrosine deiodinase
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavoprotein / dehalogenase / thermophile / halotyrosine
機能・相同性
機能・相同性情報


L-tyrosine binding / iodotyrosine deiodinase / iodotyrosine deiodinase activity / tyrosine metabolic process / thyroid hormone metabolic process / FMN binding
類似検索 - 分子機能
: / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 3-IODO-TYROSINE / Iodotyrosine deiodinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga neapolitana (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Sun, Z. / Kavran, J.M. / Rokita, S.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: The minimal structure for iodotyrosine deiodinase function is defined by an outlier protein from the thermophilic bacterium Thermotoga neapolitana.
著者: Sun, Z. / Xu, B. / Spisak, S. / Kavran, J.M. / Rokita, S.E.
履歴
登録2019年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年10月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / cell / database_2 / entity / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software / struct_conf / struct_site / struct_site_gen / symmetry
Item: _cell.volume / _database_2.pdbx_DOI ..._cell.volume / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_contact_author.id / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _symmetry.space_group_name_Hall
解説: Model completeness / 詳細: refined occupancy of I-Tyr ligands / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: iodotyrosine deiodinase
B: iodotyrosine deiodinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,52512
ポリマ－45,7852
非ポリマー1,74010
水5,657314
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9240 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area16210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.861, 81.232, 103.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質 iodotyrosine deiodinase / IYD


分子量: 22892.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga neapolitana (strain ATCC 49049 / DSM 4359 / NS-E) (バクテリア)
株: ATCC 49049 / DSM 4359 / NS-E / 遺伝子: CTN_0569 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9K712
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-IYR / 3-IODO-TYROSINE / 3-ヨ-ド-L-チロシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 307.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10INO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ホルモン*YM
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM sodium citrate, pH 4.5, 3 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月4日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.598→37.91 Å / Num. obs: 47126 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.6-1.634.20.737948422640.8010.380.8332.195.5
8.75-37.914.60.05714523160.9970.0290.06523.590.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
Aimless0.7.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.6→37.91 Å / SU ML: 0.1365 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.9368
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2027 2334 4.96 %
Rwork0.1705 44732 -
obs0.1721 47066 96.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→37.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3080 0 96 314 3490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01013289
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12674468
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0527466
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072559
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.59091292
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.630.26211460.23332574X-RAY DIFFRACTION95.91
1.63-1.670.26081350.21942663X-RAY DIFFRACTION99.08
1.67-1.710.25271140.20642680X-RAY DIFFRACTION98.24
1.71-1.750.22131490.1992597X-RAY DIFFRACTION97.93
1.75-1.790.2471290.20082638X-RAY DIFFRACTION97.05
1.79-1.850.21711330.19072652X-RAY DIFFRACTION97.55
1.85-1.910.2291360.18422629X-RAY DIFFRACTION98.01
1.91-1.980.21011600.18182654X-RAY DIFFRACTION98.12
1.98-2.050.2021550.17522606X-RAY DIFFRACTION97.46
2.05-2.150.22371440.17692632X-RAY DIFFRACTION96.29
2.15-2.260.19781340.16232598X-RAY DIFFRACTION95.79
2.26-2.40.20211110.16672668X-RAY DIFFRACTION96.93
2.4-2.590.17491230.1682638X-RAY DIFFRACTION96.24
2.59-2.850.19521530.17662586X-RAY DIFFRACTION94.22
2.85-3.260.21371380.17592635X-RAY DIFFRACTION95.16
3.26-4.110.1621260.13782603X-RAY DIFFRACTION92.76
4.11-37.910.20021480.16062679X-RAY DIFFRACTION91.11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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