PDB-6q1h: Structure of P. aeruginosa ATCC27853 NucC, cAAA-bound form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6q1h

タイトル

Structure of P. aeruginosa ATCC27853 NucC, cAAA-bound form

要素

Bacterial protein ORF C62
RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/RNA / Nuclease / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-RNA complex

機能・相同性

endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleotide binding / metal ion binding / RNA / Endodeoxyribonuclease NucC / Uncharacterized protein ORF C62

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Ye, Q. / Lau, R.K. / Corbett, K.D.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2020
タイトル: Structure and Mechanism of a Cyclic Trinucleotide-Activated Bacterial Endonuclease Mediating Bacteriophage Immunity.
著者: Lau, R.K. / Ye, Q. / Birkholz, E.A. / Berg, K.R. / Patel, L. / Mathews, I.T. / Watrous, J.D. / Ego, K. / Whiteley, A.T. / Lowey, B. / Mekalanos, J.J. / Kranzusch, P.J. / Jain, M. / Pogliano, J. / Corbett, K.D.

履歴

登録	2019年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.2	2020年1月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2020年3月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	6p7oSC 6p7pC 6p7qC 6uxfC 6uxgC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6p7p-2 6p7p-1 6p7q-1 6p7q-2 10831 2vxo-d 4zdf-1 1pjh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bacterial protein ORF C62

B: Bacterial protein ORF C62

C: Bacterial protein ORF C62

D: RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')

E: Bacterial protein ORF C62

F: Bacterial protein ORF C62

G: Bacterial protein ORF C62

H: RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')

162 kDa, 8 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Confirmed by size exclusion chromatography coupled to multi-angle light scattering (SEC-MALS)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.498, 80.450, 262.078
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Bacterial protein ORF C62 分子量: 26688.146 Da / 分子数: 6 / 変異: D73N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: ORF C62 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GQ48, UniProt: P0DTF8*PLUS
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(PAPAPA)-3') 分子量: 942.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pseudomonas aeruginosa* (緑膿菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2058 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.1 M L-proline, 10% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→100 Å / Num. obs: 293192 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 12.1 % / B_iso Wilson estimate: 16.83 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.083 / R_rim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 20.4
反射シェル	解像度: 1.45→1.54 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 1.261 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 40591 / CC_1/2: 0.499 / R_rim(I) all: 1.368 / % possible all: 83.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6P7O

6p7o

解像度: 1.45→76.95 Å / SU ML: 0.1676 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.557
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.167	14679	5.01 %
R_work	0.1471	278094	-
obs	0.1481	292773	97.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→76.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11250	132	0	2058	13440

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0087	11839
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0601	16182
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0796	1785
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0072	2083
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.1598	4236

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.47	0.3723	425	0.3542	7219	X-RAY DIFFRACTION	76.96
1.47-1.48	0.3443	409	0.324	7759	X-RAY DIFFRACTION	82.48
1.48-1.5	0.338	390	0.3073	8248	X-RAY DIFFRACTION	86.87
1.5-1.52	0.2829	476	0.2766	8545	X-RAY DIFFRACTION	90.5
1.52-1.54	0.2881	429	0.2584	8741	X-RAY DIFFRACTION	92.92
1.54-1.56	0.2699	501	0.2415	8955	X-RAY DIFFRACTION	95.2
1.56-1.58	0.241	511	0.2201	9222	X-RAY DIFFRACTION	97.85
1.58-1.61	0.2346	459	0.1949	9513	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.61-1.63	0.2172	441	0.1802	9435	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.63-1.66	0.1902	476	0.1681	9460	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.66-1.69	0.193	488	0.1677	9445	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.72	0.1859	500	0.1669	9517	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.75	0.2014	540	0.1618	9438	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.75-1.79	0.1844	465	0.1582	9478	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.79-1.83	0.1855	476	0.1549	9487	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.83-1.87	0.1784	549	0.1478	9443	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.87-1.92	0.1678	530	0.1483	9451	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.97	0.1687	515	0.1381	9423	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.97-2.03	0.1649	508	0.1346	9494	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.03-2.09	0.1544	536	0.1322	9449	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.09-2.17	0.1572	450	0.1281	9554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.25	0.1452	509	0.1211	9504	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.25-2.36	0.1406	517	0.1188	9546	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.36-2.48	0.1556	503	0.1217	9518	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.63	0.1427	498	0.1264	9546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.84	0.1443	514	0.1319	9589	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.84-3.12	0.1482	518	0.1303	9627	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.12-3.58	0.1468	504	0.1301	9660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-4.51	0.1423	507	0.1248	9788	X-RAY DIFFRACTION	99.99
4.51-77.06	0.163	535	0.1636	10040	X-RAY DIFFRACTION	99.57

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.724202027121	0.186921306723	-0.0379557190223	0.449259853213	0.0110255508244	0.41971431379	0.0179215739739	-0.104525886881	-0.0247462057767	0.0772310280671	-0.0129535207349	-0.0539243790249	0.0299164084271	0.0615850126376	-0.000162772510167	0.134838627443	0.0196469485228	-0.00875561245103	0.114739680409	0.0135981750152	0.105051930331	-13.2871741628	-17.2693703048	-14.3515453842
2	0.674564053981	-0.116354554566	0.29524954887	0.600709185473	-0.22497815979	0.547904248756	0.0279404092283	0.169238989383	0.00737952386744	-0.121003477019	-0.0407179192516	-0.0530847545304	0.0755151436104	0.1541536433	-0.00302694178334	0.126154445517	0.0275988974749	0.0224376896019	0.13239335865	-0.011418183435	0.103466027121	-9.31435273553	-17.7984440784	-48.77326887
3	0.329507223908	-0.0930829419528	0.0052269680298	0.658817564064	0.278508595779	0.789366073533	-0.0030700587076	0.00249438576732	-0.0234525555669	0.0092040172781	-0.0318700282353	0.134180681671	0.00734146857064	-0.157471567454	-0.000499299734495	0.10900222509	-0.00105617564456	-0.00863889026641	0.115234619492	0.00427087111093	0.13137848275	-40.9197534539	-15.8002753359	-35.0578053669
4	0.000139872093126	0.000953276054855	-0.000144338461369	0.00463681904113	0.000191607314016	-0.000288533181182	-0.00143596197273	0.0298167136535	-0.0587145099406	-0.0268054666321	-0.025843428278	0.0527548648735	0.0957161511856	-0.0372273657116	-7.39491993861E-5	0.146810847148	0.00637896355737	-0.0131085704014	0.10333152358	-0.000974897504117	0.133880256384	-21.8709686105	-29.1717259652	-32.6556170578
5	0.447386333571	0.00678437598526	0.00628093428508	0.484601486392	0.138787402849	0.560131199147	-0.0128048926761	0.0624828539728	0.012439114397	-0.0960078876665	0.00188758829238	0.0372376084263	-0.0176866237022	-0.0439046299353	-0.000973606243588	0.107827380676	0.0141708149111	-0.0221357668362	0.0932533273494	0.00968436031541	0.104429405937	-32.8001131481	17.7244020526	-47.2780320266
6	0.461630389472	-0.154374041712	0.120355517413	0.587751894119	-0.243480605115	0.772870518547	-0.00206581289774	0.0417928798346	0.0245458063751	-0.0298222904243	-0.0239037903594	-0.102953687532	0.0432892984053	0.149417117	-0.00165275596823	0.0911782935288	0.00316512745652	0.0107693073606	0.124263803676	-0.00029835586315	0.132317507698	0.398498504233	15.7956962026	-37.5783770904
7	0.564220313392	0.180981105803	0.00444981438109	0.414140950725	0.00356010827954	0.395882394617	0.0126426829861	-0.0921395696681	0.0273551127931	0.0805468499857	-0.0151823886651	0.0438307960135	-0.0133633479206	-0.0412258166942	-0.000371568866205	0.113079149237	0.0168388387743	0.00103876994912	0.114058451925	-0.0119637427091	0.10843669212	-24.5353898892	17.4402855365	-13.6685826914
8	-0.000549190781505	-0.000120354314272	0.000487490166638	0.00770908430018	-0.000131107976167	-0.00118434744878	0.00474544961951	0.010117305379	0.0655089724863	-0.106006960488	-0.050266317442	-0.0377508005072	-0.114482263651	0.016520159532	-8.75957555991E-5	0.131930779777	0.00745207245831	-0.00579044644877	0.109733622366	0.000871886109982	0.145058473907	-18.2624370348	29.2592469418	-32.931740724

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	Chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	Chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	Chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	Chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	Chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	Chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	Chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	Chain H

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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