PDB-6q09: Crystal structure of iron-bound Hemerythrin HHE cation binding do...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6q09

タイトル

Crystal structure of iron-bound Hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein: Rv2633c homolog from Mycobacterium kansasii

要素

Hemerythrin HHE cation binding domain protein

キーワード

PROTEIN BINDING / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain / metal ion binding / : / Hemerythrin HHE cation binding domain protein / Hemerythrin HHE cation binding domain protein

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium kansasii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of a hemerythrin-like protein from Mycobacterium kansasii and homology model of the orthologous Rv2633c protein of M. tuberculosis.
著者: Ma, Z. / Abendroth, J. / Buchko, G.W. / Rohde, K.H. / Davidson, V.L.

履歴

登録	2019年8月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6q09.cif.gz	86.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6q09.ent.gz	62.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6q09.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6q09_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6q09_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	6q09_validation.xml.gz	9.1 KB	表示
CIF形式データ	6q09_validation.cif.gz	12.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/6q09 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/6q09	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6u3lC 6pie PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6u3l-d 4xsq-1 2zf9-4 3fau-3 2zf9-3 4m3o-1 5a51-1 6tqr-2 7bp6-d 6tyj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-MykaA.20209.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hemerythrin HHE cation binding domain protein

ヘテロ分子

19.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.490, 52.490, 104.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Hemerythrin HHE cation binding domain protein 分子量: 19533.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium kansasii (バクテリア) 遺伝子: BZL29_7639 / プラスミド: MykaA.20209.a.B11 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1V3WIE5, UniProt: X7XZL2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.28 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Optimization screen around condition MCSG1-H6, well G8: 3.64M sodium formate, 100mM Sodium acetate / HCl pH 4.89: MykaA.20209.a.B11.PB00104 at 22mg/ml, iron-containing red protein: harvest ...詳細: Optimization screen around condition MCSG1-H6, well G8: 3.64M sodium formate, 100mM Sodium acetate / HCl pH 4.89: MykaA.20209.a.B11.PB00104 at 22mg/ml, iron-containing red protein: harvest after 15h: cryo: direct: tray 310977 a7: puck ydb7-1

結晶

マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.28 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Optimization screen around condition MCSG1-H6, well G8: 3.64M sodium formate, 100mM Sodium acetate / HCl pH 4.89: MykaA.20209.a.B11.PB00104 at 22mg/ml, iron-containing red protein: harvest ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月25日

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→45.458 Å / Num. obs: 17427 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.704 % / B_iso Wilson estimate: 37.953 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.045 / R_rim(I) all: 0.047 / Χ²: 1.045 / Net I/σ(I): 26.56 / Num. measured all: 186546 / Scaling rejects: 12

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.75-1.8	10.972	0.621	3.66	13550	1240	1235	0.972	0.652	99.6
1.8-1.84	10.902	0.476	4.65	13519	1243	1240	0.982	0.5	99.8
1.84-1.9	10.876	0.342	6.41	12997	1197	1195	0.989	0.359	99.8
1.9-1.96	10.99	0.265	8.15	12705	1159	1156	0.996	0.279	99.7
1.96-2.02	10.923	0.183	11.22	12572	1151	1151	0.997	0.192	100
2.02-2.09	10.888	0.137	15.02	11879	1091	1091	0.998	0.144	100
2.09-2.17	10.91	0.106	18.96	11652	1068	1068	0.998	0.112	100
2.17-2.26	10.836	0.083	23.11	10814	999	998	0.999	0.087	99.9
2.26-2.36	10.865	0.074	26.68	10680	983	983	0.999	0.077	100
2.36-2.48	10.814	0.06	32.1	10349	957	957	0.999	0.063	100
2.48-2.61	10.829	0.055	35.21	9746	900	900	0.999	0.058	100
2.61-2.77	10.724	0.049	40.5	9255	863	863	0.999	0.052	100
2.77-2.96	10.676	0.045	45.2	8498	796	796	0.999	0.047	100
2.96-3.2	10.59	0.041	49.06	7879	744	744	0.999	0.043	100
3.2-3.5	10.447	0.037	53.1	7553	723	723	0.999	0.039	100
3.5-3.91	10.372	0.034	55.43	6503	627	627	0.999	0.035	100
3.91-4.52	10.251	0.033	57.42	5833	569	569	0.999	0.034	100
4.52-5.53	10.034	0.031	55.57	5017	500	500	1	0.033	100
5.53-7.83	9.604	0.034	55.18	3784	394	394	0.999	0.036	100
7.83-45.458	7.43	0.036	48.55	1761	246	237	0.998	0.039	96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	(dev_3500)	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Apo structure, PDB entry 6pie

6pie
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.75→45.458 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.07

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2245	1802	10.4 %	0
R_work	0.1832	-	-	-
obs	0.1875	17335	99.57 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.48 Å² / B_iso mean: 40.2846 Å² / B_iso min: 20.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→45.458 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1289	0	2	114	1405
B_iso mean	-	-	33.62	44.36	-
残基数	-	-	-	-	162

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1357
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.927	1852
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.544	856
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	210
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	245

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.7501-1.7975	0.3022	138	0.257	1142	99
1.7975-1.8503	0.3246	105	0.2463	1194	99
1.8503-1.9101	0.3499	157	0.2265	1138	99
1.9101-1.9783	0.2881	102	0.2235	1223	99
1.9783-2.0575	0.2986	161	0.204	1142	100
2.0575-2.1512	0.2416	143	0.2044	1173	100
2.1512-2.2646	0.2373	160	0.2011	1163	99
2.2646-2.4065	0.2495	140	0.1942	1182	100
2.4065-2.5923	0.2355	144	0.1921	1201	100
2.5923-2.8531	0.2189	118	0.2027	1223	100
2.8531-3.2658	0.2374	154	0.2019	1210	100
3.2658-4.1142	0.1786	153	0.1652	1212	100
4.1142-45.45	0.2112	127	0.1533	1330	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.0361	-4.2672	6.3209	3.6846	-4.6784	7.4276	-0.7008	-0.869	-0.0424	0.8468	0.7569	0.2198	-1.2414	-1.2247	-0.0155	0.4715	0.1614	0.0818	0.4306	0.0343	0.3291	-10.6471	41.9852	6.3808
2	5.8606	-1.666	4.3181	2.7761	-2.5508	5.8639	0.2159	-0.0599	-0.0921	-0.0897	0.0182	0.076	0.3884	0.0485	-0.1223	0.303	-0.0173	0.0218	0.411	0.0024	0.1909	-8.07	29.8695	-7.4975
3	6.823	-3.7232	4.3731	3.3972	-3.4176	5.5449	0.1994	-0.6064	-0.4091	0.0352	0.446	0.4827	0.0089	-0.9155	-0.5447	0.2051	-0.0027	0.0307	0.3937	0.0723	0.2718	-14.1822	30.9115	5.959
4	1.5101	-1.7856	1.9431	3.2124	-3.0433	4.359	-0.0576	-0.0011	0.1435	0.0698	-0.001	-0.1292	-0.1813	-0.0343	0.0654	0.2244	-0.008	0.0278	0.2745	0.0012	0.2131	-4.2032	37.014	2.0481

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 89 through 123 )	A	89 - 123
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 124 through 161 )	A	124 - 161
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 0 through 28 )	A	0 - 28
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 29 through 88 )	A	29 - 88

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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