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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pyx | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Calcium Activated Chloride Channel Regulator 1 (CLCA1) VWA Domain | |||||||||||||||||||||
![]() | cDNA FLJ56608, highly similar to Homo sapiens chloride channel, calcium activated, family member 1 (CLCA1), mRNA | |||||||||||||||||||||
![]() | PROTEIN TRANSPORT / Chloride channel regulator / ion channel regulator / VWA domain | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() zymogen granule membrane / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / chloride channel activity / microvillus / monoatomic ion transmembrane transport / Stimuli-sensing channels / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / calcium ion transport ...zymogen granule membrane / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / chloride channel activity / microvillus / monoatomic ion transmembrane transport / Stimuli-sensing channels / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / calcium ion transport / cellular response to hypoxia / proteolysis / extracellular space / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | Brett, T.J. / Berry, K.B. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and Biophysical Analysis of the CLCA1 VWA Domain Suggests Mode of TMEM16A Engagement. 著者: Berry, K.N. / Brett, T.J. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 90.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19807.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.15 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M HEPES pH 7.5, 0.1 M CaCl2, 28% PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2017年10月10日 |
放射 | モノクロメーター: Sagittally Focused Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→59.18 Å / Num. obs: 16687 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 40.5 Å2 / CC1/2: 0.977 / Rmerge(I) obs: 0.266 / Rpim(I) all: 0.163 / Rrim(I) all: 0.313 / Net I/σ(I): 4.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 1.734 / Num. unique obs: 2017 / CC1/2: 0.328 / Rpim(I) all: 1.136 / Rrim(I) all: 2.079 / % possible all: 98.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4RCK 解像度: 2.6→50.79 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 30.25
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.393 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→50.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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