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- PDB-6pyo: Calcium Activated Chloride Channel Regulator 1 (CLCA1) VWA Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pyo
タイトルCalcium Activated Chloride Channel Regulator 1 (CLCA1) VWA Domain
要素cDNA FLJ56608, highly similar to Homo sapiens chloride channel, calcium activated, family member 1 (CLCA1), mRNA
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Chloride channel regulator / ion channel regulator / VWA domain
機能・相同性
機能・相同性情報


zymogen granule membrane / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / chloride channel activity / microvillus / Stimuli-sensing channels / metalloendopeptidase activity / calcium ion transport / metallopeptidase activity / cellular response to hypoxia ...zymogen granule membrane / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / chloride channel activity / microvillus / Stimuli-sensing channels / metalloendopeptidase activity / calcium ion transport / metallopeptidase activity / cellular response to hypoxia / monoatomic ion transmembrane transport / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Calcium-activated chloride channel protein, chordata / Calcium-activated chloride channel, N-terminal / : / Calcium-activated chloride channel N terminal / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-activated chloride channel regulator 1 / Calcium-activated chloride channel regulator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Brett, T.J. / Berry, K.B.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01-HL119813 米国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)UL1TR002345 米国
Other privateCFF BRETT-G018 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)F30-HL140783 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)T32-HL007317 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM007200 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Structural and Biophysical Analysis of the CLCA1 VWA Domain Suggests Mode of TMEM16A Engagement.
著者: Berry, K.N. / Brett, T.J.
履歴
登録2019年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cDNA FLJ56608, highly similar to Homo sapiens chloride channel, calcium activated, family member 1 (CLCA1), mRNA
B: cDNA FLJ56608, highly similar to Homo sapiens chloride channel, calcium activated, family member 1 (CLCA1), mRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6954
ポリマ－39,6142
非ポリマー802
水2,666148
1
A: cDNA FLJ56608, highly similar to Homo sapiens chloride channel, calcium activated, family member 1 (CLCA1), mRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8873
ポリマ－19,8071
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: cDNA FLJ56608, highly similar to Homo sapiens chloride channel, calcium activated, family member 1 (CLCA1), mRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8071
ポリマ－19,8071
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.860, 71.780, 74.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.761, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-870-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 cDNA FLJ56608, highly similar to Homo sapiens chloride channel, calcium activated, family member 1 (CLCA1), mRNA


分子量: 19807.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHLsec / Cell (発現宿主): Epithelial / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): Embryonic Kidney / 参照: UniProt: B4DUZ6, UniProt: A8K7I4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.52 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M HEPES pH 7.5, 0.1 M CaCl2, 28% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2017年8月9日
放射モノクロメーター: Sagittally focused Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→58.05 Å / Num. obs: 34813 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 36.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 1.814 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 2257 / CC1/2: 0.507 / Rpim(I) all: 0.996 / Rrim(I) all: 2.085 / % possible all: 86.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RCK

4rck


解像度: 2→58.05 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 25.93
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2251 1735 5.05 %random selection
Rwork0.1974 ---
obs0.1987 34366 97.04 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 44.74 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.284 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→58.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2342 0 2 148 2492
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01122366
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18063196
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0656383
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071415
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.57431432
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.060.3931110.35562026X-RAY DIFFRACTION73.13
2.06-2.130.32491440.30922634X-RAY DIFFRACTION94.68
2.13-2.20.29081680.2572761X-RAY DIFFRACTION99.83
2.2-2.290.27281340.25662788X-RAY DIFFRACTION99.83
2.29-2.390.22141560.20362783X-RAY DIFFRACTION99.9
2.39-2.520.21641330.1942817X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.680.23021550.19692781X-RAY DIFFRACTION99.9
2.68-2.880.22751290.20172840X-RAY DIFFRACTION99.83
2.88-3.170.27431590.21682773X-RAY DIFFRACTION99.8
3.17-3.630.23611570.1872777X-RAY DIFFRACTION99.53
3.63-4.580.19441410.1562794X-RAY DIFFRACTION98.49
4.58-58.070.18191480.1862857X-RAY DIFFRACTION99.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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