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万見
- PDB-6pya: Sex Hormone-binding globulin mutant E176K in complex with IPI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pya
タイトルSex Hormone-binding globulin mutant E176K in complex with IPI
要素Sex hormone-binding globulin
キーワードHORMONE / Sex Steroid Transport Binding Globulin
機能・相同性
機能・相同性情報


androgen binding / steroid binding / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-[(1H-imidazol-1-yl)methyl]-2-phenyl-1H-indole / Sex hormone-binding globulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Round, P.W. / Das, S. / Van Petegem, F.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Molecular interactions between sex hormone-binding globulin and nonsteroidal ligands that enhance androgen activity.
著者: Round, P. / Das, S. / Wu, T.S. / Wahala, K. / Van Petegem, F. / Hammond, G.L.
履歴
登録2019年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sex hormone-binding globulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9243
ポリマ－22,6111
非ポリマー3132
水2,180121
1
A: Sex hormone-binding globulin
ヘテロ分子

A: Sex hormone-binding globulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8486
ポリマ－45,2212
非ポリマー6274
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_444-y-1,-x-1,-z-1/41
単位格子
Length a, b, c (Å)52.241, 52.241, 147.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+1/4
#8: -y,-x,-z+3/4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-416-

HOH

21A-435-

HOH

31A-439-

HOH

41A-520-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Sex hormone-binding globulin / SHBG / Sex steroid-binding protein / SBP / Testis-specific androgen-binding protein / ABP / ...SHBG / Sex steroid-binding protein / SBP / Testis-specific androgen-binding protein / ABP / Testosterone-estradiol-binding globulin / TeBG / Testosterone-estrogen-binding globulin


分子量: 22610.689 Da / 分子数: 1 / 変異: E176K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHBG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04278
#2: 化合物 ChemComp-P57 / 3-[(1H-imidazol-1-yl)methyl]-2-phenyl-1H-indole


分子量: 273.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H15N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.35 % / 解説: Crystals were diamond shaped
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% Peg 3350, 0.2 M potassium thiocyanate, HEPES pH 7.5, 2.5 mM Calcium Chloride
Temp details: Room Temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月17日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→26.12 Å / Num. obs: 23105 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 23.2 / Num. measured all: 277976 / Scaling rejects: 173
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
1.71-1.7412.90.5921578212240.9243.8100
9.05-26.129.90.03820172030.99946.596.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472)精密化
Aimless0.5.23データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.71→26.12 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.04
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2158 1998 8.68 %Random selection
Rwork0.1852 ---
obs0.1879 23009 99.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 100.5 Å2 / Biso mean: 32.5125 Å2 / Biso min: 14.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.71→26.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1357 0 22 121 1500
Biso mean--27.4 37.38 -
残基数----175
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.71-1.75280.2661400.23961476100
1.7528-1.80020.27661400.21851469100
1.8002-1.85310.25841390.21181465100
1.8531-1.91290.24531370.2426144099
1.9129-1.98130.31231400.27031462100
1.9813-2.06060.23831410.20141480100
2.0606-2.15430.22341410.20711485100
2.1543-2.26780.26911400.21051482100
2.2678-2.40980.24091410.20081484100
2.4098-2.59570.27281430.19821504100
2.5957-2.85660.23041450.19251514100
2.8566-3.26930.20861450.19011529100
3.2693-4.11640.18041480.16241557100
4.1164-26.120.1781580.15251664100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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