登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pxu |
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タイトル | Crystal structure of human GalNAc-T12 bound to a diglycosylated peptide, Mn2+, and UDP |
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要素 | - GAGATGAGAGYYITPRTGAGA
- Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 12
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キーワード | TRANSFERASE / GalNAc-T / mucin-type O-glycosylation / enzyme catalysis / substrate selectivity / colorectal cancer / CRC |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / protein O-linked glycosylation via N-acetyl-galactosamine / Defective GALNT12 causes CRCS1 / O-linked glycosylation of mucins / protein O-linked glycosylation / carbohydrate binding / Golgi membrane / Golgi apparatus / metal ion binding類似検索 - 分子機能 N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Nucleotide-diphospho-sugar transferases類似検索 - ドメイン・相同性 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / : / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 12類似検索 - 構成要素 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.007 Å |
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データ登録者 | Samara, N.L. / Fernandez, A.J. |
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資金援助 | 米国, 2件 組織 | 認可番号 | 国 |
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National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) | 1 ZIA DE000739 05 | 米国 | National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) | R01 GM113534 | 米国 |
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019 タイトル: The structure of the colorectal cancer-associated enzyme GalNAc-T12 reveals how nonconserved residues dictate its function. 著者: Fernandez, A.J. / Daniel, E.J.P. / Mahajan, S.P. / Gray, J.J. / Gerken, T.A. / Tabak, L.A. / Samara, N.L. |
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履歴 | 登録 | 2019年7月27日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
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改定 1.0 | 2019年9月25日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2019年10月9日 | Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title |
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改定 1.2 | 2019年10月23日 | Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last |
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改定 1.3 | 2019年12月18日 | Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization |
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改定 2.0 | 2020年7月29日 | Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation |
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改定 2.1 | 2023年10月11日 | Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession |
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改定 2.2 | 2024年11月6日 | Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification |
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