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- PDB-6pwq: Crystal structure of Levansucrase from Bacillus subtilis mutant S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pwq
タイトルCrystal structure of Levansucrase from Bacillus subtilis mutant S164A at 2.6 A
要素Glycoside hydrolase family 68 protein
キーワードTRANSFERASE / Levansucrase / Glycoside hydrolase / Levan / Fructose polymers
機能・相同性
機能・相同性情報


levansucrase / levansucrase activity / carbohydrate utilization / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 68 / Levansucrase/Invertase / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Levansucrase / Levansucrase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Diaz-Vilchis, A. / Rodriguez-Alegria, M.E. / Ortiz-Soto, M.E. / Rudino-Pinera, E. / Lopez-Munguia, A.
資金援助 メキシコ, ドイツ, 3件
組織認可番号国
Other governmentCONACyT-BMBF- 2015-267620. メキシコ
Other governmentBundesministerium fur Bildung und Forschung (01DN16034). ドイツ
Other governmentInstituto de Biotecnologia, UNAM. Institutional budget. メキシコ
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: Implications of the mutation S164A on Bacillus subtilis levansucrase product specificity and insights into protein interactions acting upon levan synthesis.
著者: Ortiz-Soto, M.E. / Porras-Dominguez, J.R. / Rodriguez-Alegria, M.E. / Morales-Moreno, L.A. / Diaz-Vilchis, A. / Rudino-Pinera, E. / Beltran-Hernandez, N.E. / Rivera, H.M. / Seibel, J. / Lopez Munguia, A.
履歴
登録2019年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 68 protein
B: Glycoside hydrolase family 68 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,74431
ポリマ－104,8942
非ポリマー2,85029
水3,369187
1
A: Glycoside hydrolase family 68 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,82615
ポリマ－52,4471
非ポリマー1,37914
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycoside hydrolase family 68 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,91816
ポリマ－52,4471
非ポリマー1,47115
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.535, 109.535, 204.468
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase family 68 protein / Levansucrase


分子量: 52446.844 Da / 分子数: 2 / 変異: S164A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Calcium Sulfate Tetraethylene Glycol Glycerol / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: sacB, B4417_3269, ETA10_18085, ETL41_09350 / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0PFL2, UniProt: P05655*PLUS

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非ポリマー , 5種, 216分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.36 % / 解説: irregular octahedron
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 3.2 M ammonium sulfate and 100 mM citric acid/sodium hydroxide, pH 5.0.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.02 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.02 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→25 Å / Num. obs: 38955 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3.1 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 45.9 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.71 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 3808 / CC1/2: 0.81 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OYG

1oyg


解像度: 2.6→19.9782 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 2000 5.13 %
Rwork0.1835 --
obs0.1863 38952 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 108.68 Å2 / Biso mean: 48.7225 Å2 / Biso min: 29.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→19.9782 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6965 0 158 187 7310
Biso mean--69.06 45.51 -
残基数----878
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067246
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8519788
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491031
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051251
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.444247
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.6001-2.6650.32591400.26112598
2.665-2.73690.28941400.24932578
2.7369-2.81720.27991410.24642597
2.8172-2.90790.3251390.24582591
2.9079-3.01140.28461420.23792612
3.0114-3.13160.26511420.22272606
3.1316-3.27350.30111400.21662589
3.2735-3.44530.28941410.20392635
3.4453-3.65990.24561430.17642624
3.6599-3.94050.19121430.15862647
3.9405-4.33340.17561440.13722643
4.3334-4.95210.16371440.12862680
4.9521-6.20790.22651470.16832703
6.2079-19.9780.26631540.18772849

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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